在元軍到來之前的那段短暫的時間，他飽受著這樣的思想煎熬。
當元軍出現在地平線上的那一刻，他帶著全家老小棄城而逃。
當他發現前有元朝大軍，後有朝廷問罪，已經逃無可逃的時候，便投降了。
我一定要活下去，我一定要做這亂世之中的幸存者！
導致他性格發生變化的誘因也許還有下麵這件事情。
至元十四年，元朝的南征大軍離開福州，留同為南宋降臣的潛說友為福州宣慰使、王積翁為宣慰副使，福州城內的南宋降軍“淮兵”由降將李雄統領。沒過多久，李雄以籌措軍糧不力為借口，襲殺了潛說友，實為響應在南方堅持抗元的張世傑。王積翁迅速殺掉了李雄，平定了事件，在因這一功勞升任福州宣撫使、福州路總管兼府尹、提刑按察使之後，又挫敗了淮兵殺他舉事的計劃。王積翁在鞏固元朝在福州的統治方麵可以說是立下了汗馬功勞的，但這期間宋將張世傑曾經給他寫過一封信，邀請他回到宋朝一邊，而王積翁也確實是給張世傑悄悄寫過回信的。世上沒有不透風的牆，沿海經略使劉深不知道從什麼途徑知道了這件事情，向忽必烈打了小報告，彈劾王積翁“既降複叛”。麵對忽必烈的質詢，王積翁很坦然地上書解釋：“若不暫從，恐為生靈害。”——在張世傑軍圍城之際，我給張世傑寫回信，假裝順從於他，是為了不讓百姓受到傷害。多麼為民著想啊！其實我們都知道，他這麼做更多是為了自己。
忽必烈似乎認可了他的說辭，沒有再追究下去。但王積翁心裏很明白，忽必烈並不是對他沒有懷疑，而是他此時對忽必烈還有用處。
在馬背上打下江山的蒙古人並不能騎在馬背上治江山，像王積翁這樣擁有政治經驗的漢人官僚正是蒙古人坐穩偌大江山所需要的。忽必烈清楚這一點，王積翁也清楚這一點——如果自己到了毫無用處的時候，死期也就不遠了吧。
至元十五年（1278），多次詔諭日本的行動包括一次對日本的試探性進攻（文永之役）都已經失敗，第二次更大規模的東征（弘安之役）即將開始，忽必烈派中書左丞張文謙去征詢王積翁對日本問題的看法。王積翁知道忽必烈對日本問題頭疼已久，因此早就做足了功課想好了應對之法。他將事先準備好的招徠之策對張文謙和盤托出，張文謙回去向忽必烈進行了稟報。據說忽必烈對王積翁定下的計劃非常滿意，不久之後，便授王積翁刑部尚書、福建道宣慰使，賜金虎符，並在便殿設宴為他踐行。在宴會上甚至讓另一位功勳卓著的大臣中書左丞呂文煥當場為王積翁表演舞蹈，可謂恩寵有加。次年返京，遷兵部尚書。十九年，又拜江西行省參知政事，但由於左宰相耶律鑄執意留他在京，故而未能赴任。但耶律鑄也未給他安排別的任務，這讓王積翁很是著急。
沒有事情做就無法體現自己存在的價值，必須得幹點什麼能夠引起忽必烈注意的事情了！
做點什麼呢？王積翁想到的是修運河。這時，中國的經濟重心南移已經完成，由於五代十國和南宋對江南地區持續不斷的苦心經營以及一年多熟品種農作物的引進培育成功，南方已經成為帝國的糧倉。與此同時，帝國的政治中心卻在北方的大都，而北方由於數百年長期的戰亂，農業生產遭到巨大的破壞，解決帝都數百萬軍民的溫飽是擺在忽必烈麵前的一個棘手問題。如果能夠想出辦法解決這個問題，那一定會繼續得到忽必烈大汗的賞識。要將南方魚米之鄉的糧食運到北方，在海運尚無法保證安全的情況之下，發展內河航運顯然是首選，並且，隋朝時候所修建的大運河雖然淤塞嚴重，但基礎仍在。
王積翁的這個建議被忽必烈欣然采納。忽必烈命令將軍來阿八赤等負責疏浚舊河道、開挖新河道等河工事宜。廚師出身的將軍來阿八赤雖然很認真地執行命令，無奈不懂水利，把新河挖得太淺，隻有在漲潮的時候船隻才能通過，結果很多漕運糧船一不小心就會因為擱淺而損壞，搞得民間怨聲載道。加上後來忙古歹開辟了大規模從海上南糧北運的航線，這修運河之事自然就不了了之了。
至元二十一年（1284）已經是王積翁蟄居京師的第三個年頭了。朝廷仍然沒有委派新的任務，難道我王積翁真就已經沒有用了嗎？這一次，他找到的突破口是忽必烈一直有苦說不出的日本問題。
王積翁上書忽必烈，聲稱自己非常有信心能夠詔諭日本來朝。他說道：“對日本，用武力是難以讓他屈服的，隻能智取。讓我當使者去詔諭日本，如果成功了，不用動用軍隊也花不了多少錢；即使不能成功，也不會損害咱大元的國際形象。”前麵n次詔諭都失敗了，杜世忠等人甚至不明不白就被日本人拉去砍了頭。打也打過了，結果卻是損兵折將。既然如此，權且死馬當活馬醫吧。
忽必烈任命王積翁為國信使，免除了他所欠的所有公私債務，並賞賜玉環、琴瑟、衣服鞋帽和馬鞍等物。又因為日本信奉佛教，任命普陀山的如智和尚為國信副使，陪同他前往。