但是，尼斯湖“水怪”是史前遺獸的學說，有一些很難解釋通的方麵。這是因為，地質學家對尼斯湖的地質起源進行了研究，發現尼斯湖處於兩個地質斷層之間，曆經幾次冰河時期的侵蝕才慢慢形成湖泊，每次的侵蝕都使湖變得更深一些，後來與大海相通，最終形成了尼斯湖。
地質學家認為，尼斯湖在每次冰河時期，都被厚厚的冰層覆蓋，表層完全凍結。這樣寒冷的條件，大型動物中隻有溫血哺乳動物有可能生存下來，而蛇頸龍是冷血動物，在尼斯湖生存下來的可能性非常小。
另外，尼斯湖的湖水非常渾濁，水中光線不足。因此，尼斯湖中的生物並不多，大型動物能在這種環境下獲取足夠的食物以保證繁衍嗎？
還有一種解釋，“水怪”是尼斯湖的另一種大型魚類——鮭魚，最大的鮭魚個體可長達12~15米。也有可能是從海洋中偶爾逆水而上的鱘魚或鰻魚，這些魚類的個體也很大。
但目擊者不接受這些解釋，他們堅信他們看到的不是這些魚類——這些魚類的外形與他們所見到的“水怪”外形相差太大。
1981年，在尼斯湖水深超過213米的地方，竟然發現了北極嘉魚的蹤影。據此人們心中不免產生疑問：是否有可能還有其他未知生物生存於湖底呢？
還有一些科學家們表示，所謂的“水怪”，其實隻是幾條生長在湖中的百年老鰻魚。
科學家們依據拍攝到的“水怪”影片，以及對湖中生態的判斷，認為所謂的尼斯湖“水怪”，實際上是好幾條七八米長的老鰻魚，年紀大概超過了100歲。這些住在尼斯湖裏的鰻魚，通常長到10歲就會遊進大西洋，遊到美國佛羅裏達州產卵，然後老死。但是有些鰻魚因為沒有繁殖能力，就留在尼斯湖中，而且在尼斯湖中沒有任何天敵，鰻魚越長越大，就成了大家眼裏的“水怪”。
1982年5月，工程師羅伯特·克雷格在英國《新科學家》雜誌上撰文稱：尼斯湖“水怪”並不是動物，而是古代的鬆樹。一萬多年前，尼斯湖附近長著許多鬆樹。冰期結束時，由於冰雪融化，湖水上漲，許多鬆樹深埋湖底。後來因為樹幹內的樹脂排到表麵，使樹內產生的氣體排不出來，於是這些鬆樹有時就會浮上水麵。它們在水麵上釋放出一些氣體後又沉入水底。這在距尼斯湖較遠處的人看來，就像是“水怪”的頭、頸和身體。
但這種觀點無法使那些聲稱親眼目睹了“水怪”的人們信服。由於在20世紀70年代，人們幾次拍下了水怪的照片，因此，仍然有很多人相信尼斯湖中確實有“水怪”。
尼斯湖“水怪”究竟是什麼？是鱘魚，是史前動物，還是外星生物？
一位名叫謝恩的研究者曾經宣稱，這個困擾世人的尼斯湖“水怪”之謎可能什麼也不是，隻是湖麵下的暗流而已。
為了對世人所稱的尼斯湖“水怪”之謎作出科學解釋，25年來，謝恩一直在測量尼斯湖的水溫，探究其潮汐模式。謝恩解釋，尼斯湖的狹長形狀及迎著西南風的位置是產生暗流的原因。
他認為，“水怪”很可能隻是大範圍的湖下暗流。他已經建立了一套激光驅動的裝置來向人們再現這一潮汐現象。1993年，謝恩還曾提出尼斯湖“水怪”隻是一條大魚之說，並向湖中放養了一條波羅的海鱘魚以進行試驗。
但是一位叫喀麥隆的目擊者卻宣稱，他在1965年的一個夜晚，看到的“水怪”，絕不是謝恩所述的鱘魚或潮汐現象。
喀麥隆說：“我看到的那個龐然大物肯定長有像蛇的腦袋，那樣的怪物。”
喀麥隆的陳述得到了其他七名目擊者的認同，喀麥隆稱這頭“水怪”浮出水麵達50分鍾之久，也是所有記載中最長的一次目擊。