1969年5月1日，贛州地區革委會保衛部查抄了位於贛州市陳家巷七號的李九蓮家。
在她房裏，抄出同年元月至4月14日寫的三十餘篇日記。保衛部認定李九蓮寫給曾昭銀的那封沒有署名的信為反動匿名信，搜繳的李九蓮日記是反動日記，於同年5月15日，以“現行反革命罪”將其正式拘留審查。
1970年元月，贛州地委常委會，依據地區革委會保衛部審查結論和贛州冶金機械廠黨委、群眾意見，討論研究了兩次，擬定對李九蓮教育釋放。
贛州地區李九蓮問題調查委員會分工主管政法工作的地區革委會的一位副主任，也是“支左”部隊的一名副師長，不同意此意見，即去南昌，直接將李案材料麵呈程世清。程世清聽完彙報，匆匆翻了幾頁案卷後即說：“這不是坦白交代，這是向我們示威！像李九蓮這樣全麵係統地反林副主席，在全國還是少有的！”
程當即批示：“性質是敵我矛盾，要從嚴處理。”
副師長回到贛州，在地區“工代會”上傳達程世清的指示後說：
“李九蓮犯的罪都夠殺頭了，有人還說放了她！”
程世清幹預的結果，迫使地委常委會決議被推翻。在拘押李九蓮已經一年零八個月之後，地區革委會保衛部擬就了判決書，稱“其手段惡劣，罪惡嚴重，本應重判。但認罪態度尚好，根據黨的‘坦白從寬、抗拒從嚴’政策，依法判處罪犯李九蓮有期徒刑五年。”
程世清的定性和幹預，多少“先承旨意”：李九蓮的遭際，不過是日後造反派、紅衛兵命運驚天逆轉的前兆。當然，也標誌了其中的一切懷疑和叩問者，與他們早先雀躍投入的“文革”的徹底決裂。
遇羅克、吳曉飛、李九蓮，都是“思想犯”，或者幹脆說是“良知犯”。倘若說有所區別，遇羅克還有批判“血統論”的文章印在公開賣的小報上，一時洛陽紙貴，滿國傳抄；吳曉飛既然寫好了兩篇“反動”文字，早晚可能投寄出去，或張貼去大街上；但李九蓮案發時，隻是將自己不合時宜的某些想法，寫在了日記和給男友的信件中。
李九蓮一案還表明，時代車輪真是滾滾向前，革命歲月可謂天地翻覆——
在1966年炙手可熱的“紅八月”裏，“老子英雄兒好漢，老子反動兒混蛋”盛極一時，你的出身可以決定你的命運。可到了1970年的“一打三反”運動，則不管你血統如何，隻要你有被當局視為異端的思想，就可以治你的罪，殺你的頭，而且，一切經過堂而皇之的法律程序。按照古人的說法，這便是“誅心”，哪怕是藏在靈魂最深處的東西，哪怕僅僅是親友間的悄然私語，都得一網打盡，無所逭逃。
這一“誅心”之術，並沒有因為“文革”的結束而土崩瓦解，它至少延續到了1977年。1977年2月22日，中共中央以“中發[1977]六號”文件的形式，轉發了鐵道部於當月中旬下達的《全國鐵路工作會議紀要》。《紀要》主張：“對攻擊毛主席、華主席和以華主席為首的黨中央的現行反革命分子，要堅決鎮壓”；“對極少數罪大惡極、證據確鑿、不殺不足以平民憤者，則殺之”。
於是，言論有罪、思想有罪的政治秩序，依然被又一批官員捍衛為不可逾越半步的雷池，不能更改一句話乃至一個字的天條；
於是，舊的“惡攻”罪造成的如山冤案，還未來得及昭雪，新的“惡攻”罪製造的又一批冤案，迷漫著新一輪的暴戾與血腥氣，在中國紛至遝來——
繼長春的青年工人史雲峰，死於粉碎“四人幫”之後兩個月；
繼上海華東師範大學的在校學生王申酋死於粉碎“四人幫”半年後；
在江西，在程世清年代還能僥幸留住腦袋的李九蓮，經兩次加刑後，終被認定十惡不赦，死於粉碎“四人幫”的一年又兩個多月之後。與她同時被處以極刑的，還有因同情、支持她，並懷疑“英明領袖華主席”的小學教師鍾海源。
筆者至今還保存著一封1989年間的讀者來信，寫信人叫曾安林，曾經與李九蓮同一單位——
李九蓮槍斃時，是我們贛州冶金機械廠的民兵負責押送的，開宣判大會時，刑車由北門進體育場，由南門出體育場。宣判時，李九蓮在刑車上，當時她的心情可以理解，她努力地想抬起頭，看看體育場上的鄉親父老，兄弟姐妹。同時，想挺起胸證明自己的無罪。但是，四個五大三粗的警察卻死死地按著她的頭，頂死在車廂板上。由於用勁太大，使她的麵孔發紫，兩隻鞋在掙紮時竟被丟失了（最後槍斃時腳上隻剩下襪子）。
此時，我站在一輛解放牌車上，手持輕機槍，作為押送犯人的民兵，我本來是感到自豪的，但一看竟是我們熟悉的李九蓮，我們一個個的心都很難受，說不上是啥滋味。我有一個同事竟臉色發白，嘴唇哆嗦……
宣判會後，不知出於什麼原因，汽車以極快的速度從西門出城，途經商校，直奔青光嶺……在到鳳崗和二糖廠的一個岔路口，刑車停了。李九蓮被從車上提下，此時的她，兩腳隻穿著襪子，沒有鞋。臉上流露出煩躁、厭世之感。大概是由於虛弱，她被放在地上時不由自主地倒下了，一位警察將她重新提起，從各個角度給她照了相。此時的她緊閉著眼睛，似乎不想再看這個世界一眼了。槍聲很快響了，是用半白動步槍打的，距離隻有一米半，從後胸打進，共打了三槍，又補了兩槍，共是五槍。末了，一公鴨嗓警察報告執行官問要不要再補槍？執行官背著手，聲音有些發虛地說：“算了，活不了了……”
而“誅心”之術留在人們內心的創痛與惕懼，可能至今仍在，如同懶洋洋地臥在大沼裏的巨鱷，一旦睜開雙目，便是一片冷洌的寒光……