2.弘治、正德年間
隨著時間的推移，學生漸將官方學校作為取得應試資格的場所，鶩馳科舉，不肯向心專學。一些有誌於學術研究的學者紛紛創建書院，講學授徒，傳承學術。明朝幾個學派的大師，如曹端、薛宣等人創辦書院，進行講學和研究，對山西影響頗大，促進了山西學術空氣的活躍。弘治、正德間山西書院建設擺脫了百餘年來的沉寂狀態，開始複蘇並逐漸進入發展高潮。在地方官的主持下，山西修複了一些前代書院，如臨汾晉山書院、蒲州首陽書院、黎城滄溪書院。同時又創建了一批新書院計有14所：
3.嘉靖、萬曆年間
嘉靖時期，由於湛若水、王守仁的“心學”以及薛宣理學一派，還有以呂柟為代表的關中之學等學派並存，學術大師四處講學，刺激了明代的思想界，導致了思想的活躍，也帶來了教育方麵的變化。各學派都把書院作為傳播自身學說的重要途徑之一，雖然這類書院以講學為主旨，但它們本身在所希望達到的目標上，則與儒學教育殊途同歸，因此也就得到了官方的讚同，極大地推動了各地書院的建立。使書院衝破沉寂，發展迅速，至嘉靖年間達到鼎盛。明朝統治者先後掀起了四次禁毀書院的運動，前三次運動中，全國共禁毀書院64所，其中就包括山西太原的三立書院和運城的河東書院；但每次都是禁而不止，書院重建的速度也很快。嘉靖十六年（1537）明朝統治者第一次禁毀書院。當時所禁止的書院，其實僅限於湛若水、王守仁及其門徒所創立的書院，明朝統治者第二次查禁書院，是在嘉靖十七年（1538）針對官員擅自將衙門改建的書院，以及那些私自建立的書院。因此嘉靖十六年（1537）以後，書院的建設顯然較以前有所減少，這種情形，應該和這兩次對私創書院的禁止有關。
在嘉靖的45年中，全國新建的書院高達657所，居明代各朝新建書院之冠。山西書院發展也達到了高峰。書院遍布全省各地，很多縣份建有兩所以上的書院。
第三次禁毀書院是在萬曆七年（1579）張居正明確地對書院的設置進行了限定，他反對“別標門戶，聚黨空談”，擔憂書院講學“徒侶眾盛，異趨為事”。在張居正大權在握的萬曆前十年中，書院一直處於被抑製的地位，有些書院確實被禁毀，如正學書院——明嘉靖十三年（1534）由巡鹽禦史餘光視鹺河東時建，在創辦44年後，趕上張居正禁毀天下書院，它就被毀廢了。更有不少書院名毀實存，以各種方式得以延續，如山西的河汾書院——萬曆七年（1579）停辦，二十一年（1593）巡撫魏允貞建“三立祠”，實際上恢複書院活動，不久便改稱“三立書院”。又如運城的河東書院，萬曆八年（1580）將書院改名三聖廟得免於毀，十三年（1585）更名崇聖館，十六年（1588）更名育才館，清初恢複河東書院的名稱。也有一些書院根本未受觸動。但總的來說這個時期所建書院不多。萬曆十年（1582）張居正去世後，張居正的反對者們以禁毀書院作為他的罪狀之一，建議修複全國各地的書院。因此又掀起一輪建設書院的高潮。
嘉靖至萬曆年間，山西各地新建了大批書院，其中有些書院我們無法從史籍中了解到它們具體的興建時間，但各地方誌中確有記載，它們大多數建於嘉靖、萬曆時期。
嘉靖至萬曆間的近百年中，山西各地除新建了大批書院外，還於嘉靖三年（1524）修複榆次源池書院，萬曆四十二年（1614）修複汾陽卜山書院兩所前代書院。嘉靖、萬曆年間，山西書院的發展達到極盛，山西書院發展臻於成熟，形成書院發展史上的第二次高潮。
4.天啟、崇禎年間