（3）府級書院：唐代沒有府級書院，宋代開始出現，大部分都設在南方。元代由於府的數量很少，而且大多分布在今西北、東北、西南等地，當時皆為邊遠之區，沒有建立書院。明清時期，府的建置穩定下來，府署書院開始建立。清代各個府城都有自己的書院，以此作為所屬州縣生童的肄業之所。府級書院位於府城所在地，大部分創辦於知府之手。由於政治經濟因素，有時一城之內有府、縣、總督三個政治中心，或先後或同時建有不止一所書院，如寧武府有府署鶴鳴書院，同時右都禦史總製邊務，駐兵於寧武關，為了加強寧武關的固守功能，命三關兵備使修建了寧文書院。
作為所屬州縣生童的肄業之所，在當時人們的心目中，府、州、縣級書院的等級概念是相當明確的。在《霞浦先生教澤碑誌》中清楚地表明了這種等級的存在：“（道光二十四年，福建霞浦人陳德先）始主山西之洪洞玉峰書院講席。越二載，知平陽府長白延公聞其賢，禮聘主郡之平水書院，洪之士如失慈母，相與奔命籲留，得允。歲餘，延公複申前請，曰：‘所以為大賢者，將為人人師也。郡屬十縣一州之士斐然可栽，顧不獲明師，而先生獨私在下邑，非所以廣教也。且洪士皆吾弟子，先生來郡，豈患不被其澤者，而吾且得朝夕備谘諏，助治化。’敦迫就聘，洪之士負笈而從者蓋中分學矣。”
（4）省級書院：明代嘉靖、萬曆年間始有省級書院出現，隻可惜這一省級書院維持的時間不長，至天啟初年魏忠賢禁毀書院時就被迫停止了。清代雍正十一年（1733）詔令各省總督巡撫建立省會書院，但在此之前的90年內，省級書院承明代之餘緒，仍然存在，並得到繼續發展。如晉陽書院，原名河汾書院，明嘉靖九年（1530）建，萬曆七年（1579）張居正奉詔毀天下書院，河汾書院也即行停辦。萬曆二十一年山西巡撫魏允貞將河汾書院三賢堂移建於右所街，改名為三立祠。天啟五年（1625）魏忠賢矯詔盡毀天下書院，三立書院廢止。魏被誅後，書院很快又得以恢複。雍正十一年（1733）清政府令各省省城設立書院，三立祠改為晉陽書院，成為省立官辦書院。省級書院有許多優勢：一是經費充足；二是受到皇帝的關照；三是師資水平高，有些為當代一流學者；四是肄業諸生須在全省範圍內經過嚴格篩選方可入院。這是同期府、州、縣級書院做不到的，也是唐、宋、元、明各朝所未曾有過的。
清代中後期，省級書院又有新的發展，省會城市又增設了一些省級書院，如令德書院。這批書院有自己的特色，其創建的目的是講求中學，引入西學，為傳統的書院事業注入新的活力，嚐試著將中國古老的書院製度與西方近代教育製度接軌，是書院改革的產物，記錄著書院由古代開始近代化的情況。
書院是一種包含多層次的綜合教育體係，它是高等教育和基礎教育、應試教育和素質教育相結合的產物。書院的分層次發展，對於文化教育和學術研究起到了積極的作用。其中鄉鎮書院的增加，對國民的啟蒙教育和初等教育貢獻很大。正是由於書院的分層次發展，在辦學條件上有明顯區別，教學效果也有所不同，因此在光緒末年改製時，書院便根據各自的層次，分別改為高等、中等、初等學堂。
3、書院的命名
書院的名稱，雖然隻是該書院的一個標記和名分，但大多有其內在的含義，體現著創辦者的辦學宗旨、目的、要求和期望。從書院的名稱中，可以窺見中國傳統文化的厚重積澱和書院教育體係的特殊品位。山西書院的命名，大體有以下幾種情況：
1.以書院所在地命名，尤以古地名為主諸如太原晉陽書院，清徐梗陽書院，大同雲中書院、平城書院，忻州秀容書院，長治上黨書院，沁州銅鞮書院，平陽府平陽書院，蒲州府河東書院等等。又如平陸傅岩書院因何得名呢？“顏曰傅岩，誌地也”。“平，古虞國，有商傅相版築之跡……傅岩之名因版築而誌地也。夫築以成基，於學亦猶是耳”，故名。天鎮縣培風書院，因在城北2裏培風堡，故名。榆社縣書院名曰箕城書院，是因為榆社乃箕子之遺封。和順縣梁餘書院的得名，是因和順本晉大夫梁餘子的采邑，北齊建邑初名梁餘縣，梁餘書院取意於此。