2.以境內名山大川為名諸如清徐金河書院、太穀鳳山書院、交城卦山書院、靈丘太白書院、渾源翠屏書院、平定冠山書院、左權山書院、興縣嵋山書院、永濟王官書院、聞喜香山書院、鄉寧鄂山書院、應州龍首書院、長治雄山書院、夏縣涑水書院等等。如安邑秀山書院，因在縣治東郊，其地“左峙條嶺，右繞河渠，雉堞屏其前，茂林擁其後”，所以顏其匾曰“秀山書院”。襄汾姑汾書院，因汾水環其左，姑山峙其右而得名。屯留傳經書院更名麟山書院，是因為“三嵕山，一名麟山，鼎峙邑西北境，最為靈奇，取名以此，固將一邑蔚秀之氣，而儲自裏社，達於朝廷者也”。沁水碧峰書院，縣城北有碧峰山以“取其方位在東，受氣最先，且居本邑雄勝，有拔地倚天之象也”。平遙古陶書院改名為超山書院，取境內東南巽方位有超山聳立，足以促進本縣文風文運高長之意。隰州紫川書院，取名紫川，是因為紫川水發源於縣境之內，以“西流之水主文主貴，故洙泗之水皆向西，紫川西入於河，靈秀之所鍾必有時而發”，其意不隻是表明它的所在，更有吉祥的含義。
3.以鄉賢名宦或創建者命名諸如平定呂公書院、陵川棣華堂書院、沁州吳文端公書院、河津文清書院、夏縣溫公書院等。如寧武府寧文書院之所以取名為寧文書院，是因書院為右都禦史文登叢創建，為了紀念文登叢“施教之誌”，取其姓氏“文”，命名為寧文書院。又如解州元代人歧裕齋，以學行鳴，隱居不仕，於所居建孔、顏、曾燕居堂及學舍，誦讀課士其中，故人稱裕齋書院。
4.以儒學典訓命名如稷山思文書院取《詩經》“思文後稷，克配彼天”之語。靈石修身書院，取《禮記·大學》“欲齊其家者，必修其身”之義。
5.以書院原址命名如太原縣晉溪書院，原址初名晉溪園。興縣嵋山書院，是用孫昌源廢宅一區所建，在小峨嵋山下，因而得名。陽城縣鏡山書院，則是知縣王正茂購買本縣人士田六善的鏡山堂遺址，改建為書院，故名鏡山書院。長治蓮池書院，原名沁水，取育才之心，如蓮池泉水深廣之意，後改為蓮池，是因蓮花池，本是一處園林。
6.以曆史故事命名如太原縣桐封書院的得名，源於“桐葉封弟”的故事。榆次鳳鳴書院的得名，源於“鳳集於榆次”的傳說。據傳西晉時，荀藐任榆次縣令，政績清明，百姓安居樂業。鹹寧二年（276）天降鳳凰，落於榆次，轟動全國。書院取名“鳳鳴”，意為教誨學子以荀藐為榜樣，讀書時心係百姓。晉城回轍書院，建在縣南關天井關，因“孔子回車”的故事而得名。稷山杜陵書院，院址在稷山縣小杜村，小杜村舊有廟，相傳為唐杜甫（子美）讀書處，“題為杜陵書院，所以述先賢、召來學也。”又如永濟首陽書院，尚書議曰：“首陽山，名山也；伯夷叔齊，古賢人也，宜可以先賢故事立書院。郡治東南有山曰首陽山者，伯夷叔齊兄弟讓國而逃，諫伐而死，孔子曰伯夷叔齊餓於首陽之下，即謂此也。”於是賜額“首陽書院”。
7.以寓意命名如太原縣尋樂書院，以其《尋樂大旨》為辦院宗旨，要求授業者引導從學者博學經史詞章，並重經學訓詁、考證，以求聖賢治學之樂趣，因此命名為“尋樂書院”。岢嵐州雞鳴書院，取“雞鳴而起，孳孳為善”之意。寧武鶴鳴書院，取意於“考寧武郡治，翼以左右郛，古名鳳城，鶴與鳳為同侶，昔唐鳳閣侍郎杜景佺文章知識，時好鶴鳴雞樹易之中孚，雲：鶴鳴在陰，其子和之；我有好爵，與爾糜之。公心之所期於士者，意在斯與？”五台崇實書院，以“事有基則易集也，顏其額曰‘崇實書院’，欲其顧名思義也”。汾陽仰高書院，寓意“宜仰子夏之文、狄公之武也”。芮城樂善書院，取義“行之善而樂之也”。曲沃橋山書院，取義《尚書·櫬材》：“伯禽與康叔，朝於成王，見乎周公，三見而答之，乃問於裔子。曰：南山之陽有木名橋，南山之陰有木名櫬，橋木高而仰，櫬木晉而俯。橋者父之道，櫬者子之道也。”《先天集》詩二：“橋櫬風流滿腹經，桂花香裏識魁名”。靈石王家書院取名為“桂馨”，意在期望王氏子孫金榜題名，一舉折桂，文氣有如丹桂的馨香般綿延不絕。
8.以環境特色命名如平定槐音書院，起初欲名梵宇書院，後因附近古槐參天，濃蔭蓋地，山風時至，聲動疑為絲竹音，因而直隸總督那彥成（1763—1833）題額“槐音書院”。平遙卿士書院，是為紀念周宣王時卿士尹吉甫最先修建平遙古城而得名。聞喜義倉書院，是因為“此倉與學並建，亦猶教養兼資之遺意”。
9.皇帝賜名或官府賜額如金大定元年（1161）敕賜永寧州“龍泉講院”匾額。元至正十年（1350）汾陽人樊宗英世居卜山下，建祠請於朝，得敕額“卜山書院”。永濟首陽書院，元至正三年（1343）河中人王無矜與弟無伐，願以所居設立書院，尚書議曰：“首陽山，名山也；伯夷叔齊，古賢人也，宜可以先賢故事立書院。”（郡治東南有山曰首陽山者，伯夷叔齊兄弟讓國而逃，諫伐而死，孔子曰，伯夷叔齊餓於首陽之下，即謂此也。賜額“首陽書院”。長治藩府書院，敕賜“勉學書院”。交城縣積秀書院，是因為從明末到清初，武姓文武庠生積至100餘名，於是地方有司旌其名曰“積秀”。