比如，《21世紀經濟報道》矩陣式采編結構容易造成廣州總部的編輯平台和各新聞中心之間的信息不對稱。也就是說，在總部的編輯很難預先知道其他商業社會區域發生了什麼事，這樣對新聞價值的判斷和敏感性就會受到製約，並導致新聞中心記者的判斷和編輯中心編輯的判斷產生差異。當報紙是周一刊時，報社可以有更多時間解決這個問題，但2003年報紙變成周二刊後，這個矛盾顯得更加尖銳。
上述五種組織結構類型都各有其優缺點，對傳媒組織而言並沒有一種放之四海皆準的固有模式，組織結構形式是否合適，必須與本媒體組織特點相吻合。具體而言，建立最合適的組織結構應綜合考慮以下四個因素。
成本最小。越複雜的組織結構——例如像矩陣型結構——其管理成本就越高，因為需要花費大量的成本去進行管理、監督、協調和溝通。《21世紀經濟報道》主編劉洲偉坦承，報紙由以前周一刊改為周二刊後，最大的困難就是來自編輯中心與新聞中心的協調。因此，如果合適的話，應盡可能避免複雜結構。
簡單性。組織結構要容易被理解，並且方便員工的參與執行。
人員激勵問題。在任何進行的組織結構設計或變革中，都要考慮到參與者的激勵問題。例如，文彙新民聯合報業集團實行的功能垂直型結構以及“十個統一”，在一定程度上挫傷了《文彙報》和《新民晚報》員工的積極性（本章後文將對這一問題展開進一步的討論）。
組織文化特點。組織文化的形成不僅來自組織的過去、現在以及組織的員工、物質等資源，而且也取決於員工的價值觀、目標等。在進行組織變革、改變組織結構時，需要考慮到任何事物的改觀都不可能在一夜之間完成，而會遇到各種困難。
專題實例9-2《北京青年報》的業務流程再造：采編分離
對報社而言，編輯部的工作流程設計顯得尤為重要和複雜，其中核心問題就是對“編采合一”與“編采分離”的權衡與比較。2002年下半年《北京青年報》進行了編輯部的業務流程再造，開始實行“采編分離”。
采編領域的新型工作流程
2002年10月，《北京青年報》開始實行新型的業務流程——“采編分離”，明確規定，編輯不準寫稿，記者不能編版。在業務上，編輯有權用電話、網絡等手段指揮相關的記者，同時對記者的稿件負責，用或不用均要有所交代。這一工作流程的核心特征是實行嚴格的編采分離，編輯、記者分屬兩個不同部門，崗位分離，職責分離，避免了工作的交叉；由此並確立了編輯的業務主導地位，突出了“版麵質量”這一價值判斷核心。
為配合新的工作流程，報社采編部門的組織結構也進行了徹底的變革。改變後的組織結構是：采編部門劃分為編輯中心、采訪中心和相關部門三塊。其中，編輯中心下設要聞版組、本市版組、國內版組、國際版組、財經版組、體育版組、文化版組、副刊版組、產業專刊版組、生活專刊版組等十個版組；采訪中心共設青年時政部、都市新聞部、經濟新聞部、文化新聞部、體育新聞部、副刊部、記者部、特稿部、攝影部等九個部室；相關部門共設美編室、社評部、信息中心、新聞中心、群工部、校對室等六個部門。三大部門各司其職，責任明確。
為確保采編分離的工作流程達到預期效果，報社實施了新的管理方式並建立了相應的考評體係。就新的采編流程管理方式而言，報社相應出台了一係列規章製度，包括：執行主編每日與記者定期溝通、各版組與相關采訪部門每周選題研討會、在每日出版流程中增設了13：00的要聞通報會等等。在考評方麵，報社在編輯部增設了信息中心，專門負責質量的考核與監控，同時建立了以數量為考核基點的“工作補貼製度”、以質量為考核基點的“質量考評條例”、以即時引導編輯記者業務方向為目的的“每日總編輯獎”等三項製度。
新流程的特征
新流程的一個突出特征是分工明確。
《北京青年報》在此次改製過程中對編輯、記者的職責是這樣描述的：編輯是辦報人，是報紙編輯方針的執行人，是報紙版麵的製作者，對版麵的質量負責。編輯一般不采寫稿件，不得在所主持的版麵上刊發自己的稿件。編輯崗位按職責又分為主編（各版組的負責人）、執行主編（版組內特定版麵的負責人）、編輯（版組內特定版麵的具體操作者）。記者是撰稿人，是新聞事實的發現者、開掘者、記錄者，是報道內容的實現主體，是稿件的寫作者，對稿件的質量負責。專欄作者也是記者，是報紙副刊的撰稿人，表達事實，也表達思想，同樣對稿件的質量負責。記者（專欄作者）一般不參與版麵的編輯，不得為自己的稿件編輯組版。記者崗位按職責又分主任記者、記者兩個層次。記者按領域分工全麵負責分管領域的新聞采寫，對稿件質量負責。