1887年，張之洞以“廣東南洋首衝，邊海兼籌，應儲水陸師器使之材，較他省為尤急”，奏設水陸師學堂。隨即以原所設“博學館”（前身為光緒六年兩廣總督所建“實學館”）為基礎，擴充成廣東水師學堂。該校“講習水戰、陸戰之法”。設水師、陸師兩部，各以70名為額。陸師部聘德國人為教習，學生學習德文，分馬步、槍炮、營造三項，“其規製、課程略仿津、閩成法，複斟酌粵省情形，稍有變通。大抵兼采各國之所長而不染習氣，講求武備之實用而不尚虛文”。
總體而言，早期的陸軍軍事教育較之海軍教育發展慢，不僅規模極小，而且也沒有形成配套的體係。這也反映了清政府在軍事改革上的保守心態，認為海軍初設，而陸軍舊製尚可一用。而且在軍官選拔上仍沿用封建體製，這樣就成為新式軍官發揮功能的嚴重阻礙，出現舊式軍官“積資負功者坐食祿，無大過終不能易其位，向也以戰為教，今無戰則無教耳，故新進之士終不能為所容焉”。武備學堂畢業生無法真正成為軍事人才，處處受到舊式軍官的排擠和打壓，以致1894年甲午戰爭爆發，盡管中國的總兵力約100萬人，遠超過日本，結果卻是棄城失地，一路潰敗，被迫簽訂《馬關條約》，割地賠款而結束。
甲午戰爭的慘敗極大地震驚全國，朝野上下開始反思戰爭失敗的原因，而軍事教育的落後則是最受詬病者。張之洞批評說：“外洋新式快槍快炮，精巧非常，舊日將領大率不解，亦不愛惜，粗疏者任意拋擲，動致損壞，謹慎者收藏不用，聽其鏽澀，其於擦拭、拆卸、裝配、修理、測準諸事，全不講求，將弁不知，何論兵勇？操練不能，何論臨陣？”在他的奏章中一口氣提出了9條建議：亟練陸軍、亟練海軍、亟造鐵路、分設槍炮廠、廣開學堂、速講商務、講求工政……由於缺乏經過軍校教育的合格軍官，清軍基層軍官的素質極為低下，直接影響了清軍的作戰能力。甲午戰爭末期，李本方在致徐邦道信中言道：“查其致此之由，皆因將不得人，兵不嫻器。以極貴極精之槍炮，付諸毫未練習之勇丁，倉促臨敵，手忙足亂，或出隊而錯帶子彈，或臨時而忘記用法，乘以強敵，不奔何待？中國之論兵事者，人人皆曰槍炮不精；船械不利，眾寡不敵，吾獨謂所以致敗之故，不係乎此。”李本方的話可謂一針見血。甲午戰爭一役充分暴露了晚清軍事教育思想的混亂。