公司內部組織結構不同，其總體稅負水平也會產生差異。這主要因為子公司與分公司的稅收待遇不一致。
從《稅法》的角度看，子公司是獨立納稅人，而分公司作為母公司的分支機構不具備獨立納稅人資格。許多國家對外國公司的分支機構所實現的利潤，在征收正常的公司所得稅以外，還要開征一種“分支機構稅”，即對分支機構扣除已征的公司所得稅後的全部利潤再征一道稅，而不管其稅後利潤是否全部彙回給國外母公司的股息部分征收預提所得稅。也有些國家隻就分支機構未再投資於固定資產的利潤部分征稅，還有些國家隻就利潤的彙出部分征稅。因此，對跨國投資者而言，一般在國外建立子公司較分公司有利。而對於國內投資者來說，情況就不一樣。因為分公司不作為獨立納稅人，其利潤或虧損結轉給總公司，由總公司統一集中納稅，這樣總公司與各分公司之間則不享有這一納稅優待。
案例2：假設某一總公司在國內擁有兩家分公司 A和B，某一納稅年度總公司本部實現利潤1000萬元，其分公司A實現利潤100萬元，分公司B虧損150萬元，設企業所得稅稅率為33％，則該公司年度應納稅額為：
（1000+100-150）×33％=313．5（萬元）
如果把上述A、B分公司換成子公司，總體稅負就不一樣了。
公司本部應納所得稅=1000×33％=330（萬元）
A子公司應納所得稅=100×33％=33（萬元）
B子公司由於當年虧損150萬元，該年度無須交納所得稅。
公司整體稅負=330+33=363（萬元），高出總分公司的整體稅負49.5（363-313.5）萬元。
如果總機構與子公司或分支機構適用稅率不同，則上述情況又將發生變化。
案例3：我國北京某外貿總公司在深圳和珠海兩地各設一家子公司，北京地區企業所得稅稅率為 33％，深圳和珠海都為15％。某納稅年度公司本部實現利潤1000萬元，深圳和珠海兩子公司各實現利潤 100萬元。總公司規定，子公司稅後利潤50％彙回總公司，50％自己留用。則
公司本部應納所得稅額=1000×33％=330（萬元）
深圳公司應納所得稅額=100×15％=15（萬元）
珠海公司應納所得稅額=100×15％=15（萬元）
總公司分回子公司利潤額=2×（100-15）×50％=85（萬元）
分回利潤應補稅=85×（33％-15％）=15.3（萬元）
公司整體稅負=330+15+15+15．3=375.3（萬元）
若將上述兩家子公司變換成分公司，則
公司整體稅負=（1000+100+100）×33％=396 （萬元）
這樣，設立子公司比設立分公司減輕投資者總體稅負20.7萬元，如果子公司稅後利潤全部彙總公司，則總體稅負與設立分公司一致。
通過上麵的分析可看出，設立子公司與設立分公司的節稅利益孰低孰高並不是絕對的，它受到國家稅製、納稅人經營狀況及企業內部利潤分配政策等多種因素的影響，這是經理人在進行企業內部組織結構選擇時必須加以考慮的。
202.怎樣通過籌資方式的選擇節稅
創業者要成立企業首先需要籌集一定數量的資金。企業籌資的方式一般有以下幾種：
自我積累資金。即自己積累下來的資金或向親人、父母借來的資金；
向金融機構貨款；
企業之間的相互拆借或融資；
向社會集資，即通過發行股票、債券方式籌集資金。
不同籌資方式會產生不同範圍內的稅收後果。各國稅法一般規定，企業的借款利息支出則不能在稅前扣除，隻能在企業的稅後利潤中開支。這樣，僅從節稅的角度考慮，向金融機構借款和企業之間的相互拆借在利率和回收期的確定等方麵，均有較大彈性和回旋餘地，在國家稅法沒有對利息扣降標準進行限定的情況下，相互之間提高利息支付可以衝減企業利潤，從而減輕應納所得稅額。這裏必須注意，稅法對企業利息支出的計稅扣除一般都有明確規定。比如，《中華人民共和國企業所得稅暫行條例》第六條規定：“納稅人在生產、經營期間，向金融機構借款的利息支出，按照實際發生數扣除；向非金融機構借款的利息支出，不高於按照金融機構同類、同期貸款利率計算的數額以內的部分，準予扣除。”因此，如果企業之間在資金拆借活動中人為地過分抬高利率，對納稅而言是無效的。