１.ＢＴ方式
投資者參與項目建設，在建設期，投資者自籌資金進行項目建設。項目建成後，項目公司按事先商定的方式回購。
２.部分ＢＴ方式
項目中的部分土建或設備工程，由投資者投資建設，竣工後項目公司按事先商定的方式購買。
３.專營權方式
投資者向項目公司購買一定年限的專營權，到期無償收回。
在專營權年限內，投資者負責項目運營，承擔運營成本支出。投資者的專營權收入主要包括票務、廣告、商鋪等經營收入。投資者也可以采用化整為零的方式購買專營權。
４.保底回報率方式
申通公司通過某種方式確保投資者獲得一定的投資收益。
５.其他方式
社會投資者與項目公司聯係洽談，采取其他合作方式。
四、關於申通公司體製機製及運行的幾點思考申通公司的組建是上海國有資產管理體製和城市建設體製改革創新的產物，申通公司的體製機製在運行過程中還將不斷的磨合完善。
１.公司與政府主管部門的關係
申通是上海國有資產管理體製改革和城市基礎設施建設創新的產物，申通在公司形式上已是多元化投資主題組建的股份製公司，不存在國資委授權經營等問題。但是，申通又是政府指定的作為全市軌道交通投資建設的國有投資公司，因此，申通既要進行現代企業製度建設，完善公司治理結構和業務流程，又要體現政府意誌，實施完成政府在軌道交通方麵的建設規劃。
因此，在政府宏觀的行業管理方麵，政府要明確對軌道交通的管理采用審慎的商業化原則：製定法規和規章，確定網絡規劃，製定宏觀發展規劃；確定總需求；提出功能要求；對社會功能性和綜合性的標準進行評審和審批；進行行業監管，避免直接管理。由於申通集團是標準的股份製公司，國有資產管理部門要通過對上級母公司（上海城投、上海久事，都是國有資產授權經營公司）的監管，實現對申通集團的國有資產進行間接監控管理。上海城投和久事公司要按照《公司法》的原則，通過發揮董事的功能和作用，在董事會的框架裏實施對申通集團的管理。
２.公司與項目公司的關係
城市軌道交通建設是通過組建一個個獨立的項目公司形式完成的，通過項目公司既能集中人力、財力、物力，保證項目的順利完成，也能鎖定投資風險，防止單個的項目風險外溢。申通集團作為出資人代表，與項目公司是資產紐帶關係；同時，在現階段公司還起到政府和市場的橋梁作用，體現政府資本的引導作用，為項目公司市場化運作創造條件。
在實際操作過程中，申通公司通過方案設計，吸引社會多元投資，提出給投資者貼息回報的方案，推動了項目公司的組建。同時，在已組建多家多元投資的項目公司，申通公司的投資比例逐步下降，充分體現了政府資本的引導作用。如２０００年共組建了明珠線二期、共和新路高架、磁懸浮和莘閔線４家多元投資的項目公司。申通公司的投資比例從５５％降低到了３５％。經過前一階段的運作，項目公司作為真正意義的獨立法人走向市場的條件已經成熟，下一步深化改革的關鍵在於項目公司市場化運作。
在具體運作中，申通下一步的基本目標是推進並協助項目公司市場化運作。項目公司在吸引社會多元投資後，必然要體現社會資本的意誌，追求經濟效益，實現市場化運作。當項目公司市場化運轉後，建設、運營等其他環節必然轉向市場化運作，由此，上海軌道交通的商業化環境開始形成，項目公司的市場化會帶動全行業的市場化。
當然，政府也要創造有利於項目公司走上良性循環的政策環境，提供必要的政策扶持，鼓勵和推動項目公司的市場化運作。
３.新體製下的投資、建設和運營關係
申通公司通過梳理投資與建設的關係，基本建立起建設總承包的框架，明確了項目公司與建設公司之間的合作分工界麵，使各個項目順利地啟動起來，投資與建設初步劃分了職責。同時，在投資與運營關係上，通過簽訂委托運營協議，項目公司與運營公司建立起委托運營關係。這樣作為業主的項目公司可以獲取項目投入運營後的資產使用費。由此，投資、建設和運營各司其職、優勢互補。
“四分開”體製改革方案在體製層麵確立了引進市場機製的原則，但在實際運作層麵上的商業模式還需進一步探討。從長遠來看，政府要逐步按照商業化的原則進行管理，並提供相關扶持，讓軌道交通在一定期限內有回報，能夠經營；投資者與建設承包商和運營承包商建立起真正的商業合作關係；項目公司是獨立法人，承擔經營責任和市場風險。當前，科學合理地理順投資、建設、管理、運營之間的關係和界限是市場化運作的關鍵，例如，作為申通集團融資窗口的申通地鐵股份公司自上市兩年多來，雖然在淨資產收益率方麵具備融資條件，但是國家證監會認定申通地鐵采用的是完全委托運營模式，無獨立運營能力，無主營業務，且收入和成本均受製於運營方（上海地鐵運營公司），所有者卻無經營權，形成“兩頭在外”，無法進行擴容和籌融資。這種狀況的產生就是投資和運營管理界限不清，權責不明的結果。