造成農村公共產品供給不足的最主要原因是國家經濟政策偏向和組織製度的不公平。非均衡的發展道路的代價就是廣大農民沒有受到公平和公正的對待，遊離於國家的優惠政策之外，成為國家重工業、重城市發展戰略的“機會成本”。具體而言，原因如下：
（一）公共產品供給製度二元化，重城輕農
在計劃經濟體製下，我國農村實行“政社合一”人民公社的形式，基層政府的主要任務是按照國家的計劃要求，組織農業生產，為國家的工業化和城市化服務。改革開放後，我國的鄉鎮政府依然承擔了大量的資源配置功能，特別是改革開放初期，為發展地方經濟，基層政府大量使用公共資源從事私人產品的生產。在權責不對稱和收益分配監督製度弱化的情況下，私人產品的收益被少數人所占有，不能轉化成為公共資源，而失敗的投資造成經濟損失卻成為地方政府債務，債務的償還反過來擠占大量的公共資源，造成廣大農村地區與農業生產和農民生活密切相關的公共產品難以得到及時而有效的供給。
重城輕農的二元供給製度主要表現為：城市所需的公共產品由政府包攬供給，所需資金主要由財政預算安排，而農村所需的公共產品政府提供較少，許多方麵主要由農村基層負責提供，所需資金主要通過籌措方式解決，成本支出主要由農村居民來承擔。並且，政府承擔提供公共產品的責任及其界限不明確，本應完全由政府提供的一些公共產品，如義務教育等，由於受財力限製，政府並未提供或未完全提供。這就使得在各級政府財力一定和有限的情況下，重點或優先把財力、社會資源用於城市公共產品的供給，而對農村公共產品供給的投入嚴重不足，從而造成了城鄉公共產品供給的嚴重失衡，形成了很大的曆史欠賬。
（二）財權與事權不相稱
我國過去的財政體製，是一種向城市傾斜的財政體係和體製，在財政預算支出中，用於城市建設、發展和公共產品供給的資金偏重，而用於農村的偏輕，甚至過少，並常常出現“擠農補城、保城”的現象。並且，由於財政轉移支付製度欠缺、不規範，從而使落後地區農村公共產品供給資金更得不到有效保障。
一般統計資料顯示，在我國的鄉鎮政府的財政支出中，人員經費占整個財政支出的比重為60%—80%，其中中小學教師工資又占2/3以上，而基礎教育是全國性的；公共安全、公共衛生、交通服務支出為10%左右，而這些設施主要集中在鄉鎮政府所在地，難以惠及到所有農民；與廣大農民密切相關的農田水利及農業技術服務並不占主要地位，僅占財政支出的5%左右。當公共產品的受益範圍超越了地方，而生產公共產品的成本卻由地方政府承擔，在沒有更多的資金來源的情況下，政府要麼少提供公共產品，要麼將提供公共產品的責任轉嫁給農民承擔。事實上，農村公共產品供需矛盾激化和農村稅費改革前農民負擔過重的現象正好說明了這一點。
（三）財政資源使用效率低下
我國的鄉鎮政府普遍存在機構臃腫，官僚作風、人浮於事的狀況，大量的財政資金用於人員經費開支，加之製度上對官員的尋租行為缺乏強有力的監督，財政資源難以用到農業生產最急需的地方，被挪用和浪費現象嚴重。高額的財政支出在稅費收入的約束下，地方政府在自己的利益與農民利益、短期利益與長期利益的權衡中，必然選擇減少公共產品的供給，犧牲農民的利益。
（四）農村公共產品供給體製缺乏科學性
在農民自己出資提供公共產品的農村公共產品供給體製下，公共產品供給的決策權在地方政府，農民缺乏表述其對公共產品需求、偏好的機製，缺乏監督手段和評價程序，不具有參與公共事務決策的實際權利。加上在現行的行政體製下，鄉鎮政府以服從上級政府而不是以轄區內農民意誌為主，這使鄉鎮政府常常偏離其職能，忽視農民的利益，農民難以享受到與其實際負擔一致的公共產品。
三、政府公平供給公共產品的措施
借鑒其他國家和地區的經驗，在農村公共產品供給中實施多元化戰略是一條可行之路，就是要改變傳統的完全依靠政府來提供公共產品的供給模式，在供給主體、資金來源和供給方式上實現多主體、多渠道和多方式共存的供給模式。
首先，統籌城鄉發展，給農民以國民待遇，確保農民享有平等的發展權。十六屆三中全會提出要統籌我國經濟社會全麵發展，其中統籌城鄉發展是我們要解決的重大問題，是對工業與農業、城市與農村、城市居民與農民通盤考慮、整體發展的戰略思想。統籌城鄉發展指城鄉物質、政治、精神文明共同進步，城鄉經濟與社會協調發展。它不是將經濟社會的資源配置的重點轉向農村，而是構建促進城鄉一體化協調發展的合理框架下配置全社會資源。這要求首先在觀念上消除對農民的歧視；其次，在產業布局上，城市與農村合理分工，建立以市場為導向的城市與農村資源、產品有序流動機製；最後打破城鄉市場的分割狀況，建立城鄉統一的商品、勞動力、資本市場，引導社會資本對農村、農業的投入。
其次，必須確保農民的平等就業權。就業的不平等是由於城鄉分割的公共產品供給和城鄉分割的戶籍製度造成的，1958年《中華人民共和國戶口登記條例》規定：“公民由農村遷往城市，必須持有城市勞動部門的錄用證明。學校的錄取證明，或者城市戶口登記機關的準予遷入的證明。”從此，城鄉二元分割的戶籍製度開始形成。這種戶籍製度阻礙了農業人口向城市的合理有序流動。而農村的現實情況是：一方麵，農村人口基數大，增長快，從1978年到2010年，我國新增城鎮人口4.93億，其中農業戶口人口2.62億人，占53%；另一方麵，農村土地資源有限，且耕地麵積不斷縮減，農業經營規模不斷縮小，農業生產率提高緩慢。兩個方麵的現實造成農村就業不充分和潛在失業問題嚴重，這正是農民收入增幅下降的最深層次的原因。保障農民的平等就業權，首先要允許農民在城鄉之間的流動。《國民經濟和社會發展第十個五年計劃綱要》明確規定：“打破城鄉分割體製，逐步建立市場經濟體製下的新型的城鄉關係。改革城鎮戶籍製度，形成城鄉人口有序流動的機製。”要從製度上保證進城農民在就業機會、勞動報酬、社會保障等方麵與城市居民享有平等的權利。其次，建立全國統一的勞動力市場，降低交易成本，建立健全各種類型的勞動力市場，發展勞動力中介機構，經常發布勞動力市場的供求信息，對勞動力的轉移給予必要的指導與支持。最後，加強對農村外出務工人員的職業技能培訓和勞動政策法規教育，提高勞務人員的就業競爭力。以縣為基本單位，勞動保障、農業、建築、教育等部門開展多種形式的職業技能培訓和職業教育，對外出民工進行就業意識、職業技術、職業道德方麵的教育培訓，提升外出就業人員的競爭力。