內部組織的經濟學（EconomicsofInternalOrganization）是對傳統的企業理論的某種替代。1975年《BELL》雜誌1975年春季特刊號上，斯彭斯（A.MichaelSpence）作序，刊載了5篇相關論文：阿羅（KennethJ.Arrow）的《垂直整合與信息交流》、威爾遜（RobertWilson）的《信息的規模經濟》、拉德勒（RoyRadner）的《降低成本的行為模型》、布拉曼（ScottBoorman）的關於信息網絡的論文，以及威廉姆森（OliverE.Williamson）等人關於內部勞動市場的論文。所謂組織，是指“為一定目的而組織起來的一群人”。內部組織經濟學的宏觀分析對象是內部組織結構，內部組織結構是指“組織中的權力分配，集權組織和分權組織，水平組織和垂直組織，以及比它更具體的事業部製組織和職能製組織等”。莫（Moe）揭示了組織經濟學的三個典型特征：合約觀、等級控製、委托-代理。
一、政府的內部組織結構
組織結構是指組織係統各個部分的構成方式。政府組織結構是國家行政組織內部的權責關係、分工協作方式、職權職能劃分、機構設置和崗位設置等的綜合表現。
從世界範圍來看，現有的政府組織和管理體係是工業時代的產物，是一種以“管”為中心的大政府模式。就其組織方式而言，它是由縱向層級製和橫向職能製構成的二維模式，這種結構具體特點如下：在縱向上，傳統的行政組織係統由若幹層次構成，除最高層外，每一層次依地域行政單位劃分為若幹板塊，層次越低塊數越多，層次越高塊數越少，整個係統形成一個金字塔式的自上而下的科層製結構；在橫向上，傳統政府又由若幹部門構成，部門的設置一般按業務職能劃分，每一部門行使不同的但多是單一的管理職能，每一部門在全國範圍內形成一個相對獨立的係統，在這些係統內部則實施金字塔型的垂直領導。
金字塔式的科層製政府組織結構決定了政府機構運行具有如下特征：一是講究權力中心，權力過分集中在上級。二是采取自上而下的層級節製，每一下級層次直接對上一層次負責。三是中間層過多，必須配置多級行政機構和多級領導層。四是交叉的運行方式，許多工作必須要多部門協同才能完成。
科層製政府結構穩定，是效率較高的一種組織形式。但是，隨著信息化社會的來臨，這種組織結構的弊端也是明顯的：
首先，科層製中層級越多，委托－代理鏈條越長，內部交易成本越大，發生道德風險和逆向選擇的可能性就越大。
其次，決策過分集中在上層，導致行政效率不高，而且帶來了嚴重的官僚作風。這種結構一個重要的特征就是講究權力中心，講究“官本位”及等級製，它在提供了眾多權力職位的同時，成為官僚作風和衙門習氣產生的重要根源。另外，決策過分集中，基層自主權過小，剛性較大而彈性較小，就難以對形勢和市場的變化做出及時和正確的回應。特別是在公共危機事件發生時，這樣的管理體製很難應對公共危機管理的需要。
再次，中間層過於臃腫，導致政府規模過大，而且嚴重阻礙了信息的流動。這種管理模式在很大程度上依賴於中間的管理層，既依靠他們處理政府內部的縱向信息流，又要通過他們對政府的活動進行協調和控製。其結果之一是中間管理層變得越來越臃腫，成為政府結構中最龐大的一塊。隨著政府管理服務範圍的拓展，最終也就導致了政府規模的不斷擴大。更為嚴重的是，中間層次設置過多，既減緩了信息傳遞的速度，又易造成信息的嚴重失真。在這種模式下，越級行為一般是不允許的，信息向上向下的傳遞通常情況下必須通過各個中間層次一級一級地進行，這樣不但延緩了信息傳遞的速度，而且給了中間層對信息進行過濾、篩選、封鎖的機會，很容易導致信息最後變得麵目全非。事實上，由於各種各樣利益的權衡，層層掂量層層平衡的現象在我國現行的行政管理體製中是十分常見的。
最後，政府權力部門化，導致條塊矛盾突出，而且形成了信息共享障礙。
由於這種模式在橫向上劃分為若幹職能部門，部門間容易形成各自為政、扯皮推諉等問題，甚至當部門的利益與整個組織的利益發生衝突時，部門利益與個體利益就可能淩駕於組織發展目標之上，產生嚴重的本位主義。從信息交流的角度來看，由於各部門之間缺乏有效的溝通協調機製，給信息的共享帶來了巨大的障礙。信息從一個部門轉到另一個部門，也增加了交接環節和複雜程度。此外，相同的信息也往往在不同的部門都要進行收集、存儲、加工和管理，導致了重複建設和資源的浪費。
二、內部組織分析
（一）委托-代理理論及模型構建
委托-代理理論是20世紀60年代末70年代初，一些經濟學家諸如Wilson（1969）、Spence（1971）、Mirrless（1974、1976）、Hart（1983）在研究企業內部信息不對稱和激勵問題時發展起來的。委托-代理理論的中心任務是研究在信息不對稱的情況下，委托人如何設立激勵機製，使代理人努力工作以實現委托人效用最大化。由於信息不對稱、不確定性及契約的不完備性，代理人會利用自己的私有信息謀取私利，損害委托人的利益；委托人為了實現自己的效用最大化，必須對代理人進行激勵，並輔之以必要的監督，以避免代理人的“偷懶”與效率低下。
委托-代理理論遵循以經濟人假設為核心的新古典經濟學研究範式，以契約雙方利益衝突和信息不對稱為前提。在委托-代理理論中，委托人和代理人都是為了實現自身效用最大化的經濟人，委托人最關心的是結果，代理人最關心的是付出的努力。委托人的收益取決於代理人的成本（付出的努力），代理人的收益是委托人的成本（支付的報酬）。由於利益相互衝突，因此需要建立契約以協調委托人和代理人雙方的利益。在委托-代理關係中，委托人無法知道代理人的努力水平，代理人可能利用自身的信息優勢，謀求自身效用最大化，委托人必須設計某種契約或機製，防範代理人的道德風險，誘使代理人選擇適合委托人利益最優的努力水平。
除了以上兩個前提，要建立委托-代理關係還必須具備兩個條件：（1）委托人支付給代理人報酬帶來的效用不低於代理人從事其他事務所獲得的效用（代理人的市場機會成本或保留效用）；（2）在信息不對稱情況下，委托人必須考慮代理人的利益，才可以使契約得到執行。委托-代理理論的基本邏輯是：委托人為了實現自身效用最大化，將其所擁有（控製）資源的某些決策權授予代理人，並要求代理人提供有利於委托人利益的服務或行為。代理人也是追求自身效用最大化的經濟人，在利益不一致和信息不對稱的情況下，代理人在行使委托人授予的資源決策權時可能會受到誘惑，把自己的利益置於委托人利益之上，從而損害委托人的利益，即產生代理問題。由於代理問題的存在，委托人就必須建立一套有效的製衡機製（契約）來規範、約束並激勵代理人的行為，降低代理成本，提高代理效率，更好地滿足自身利益。基本路徑是：委托人設計契約→代理人根據情況選擇接受（或拒絕）契約→代理人提供努力→隨機因素決定現狀態→委托人根據結果進行支付。