1948年年底，饒毓泰本來在國民政府搶救學者的名單中，但是他沒有乘飛機離開北平。據說，當年國民黨政府計劃“搶救”的學者共60人，但實際上除了胡適、梅貽琦、毛子水等人外，大多數人沒有從命。有人做過統計，中央研究院81位院士有60人留了下來，中國科學社27位理事除一人去了海外，全部留在大陸。
1949年以後，饒毓泰繼續擔任北大校務委員會委員兼理學院院長、物理係主任。1952年“三反運動”開始後，饒毓泰最得意的一個學生在大會上指責他主張要“趕上世界學術水平”，是自私自利的思想在作怪。饒不能接受，北大一位副校長說他思想有問題。3月初，饒在家中暈倒，隨後又精神失常。當竺可楨看望他時，隻見他“眼睛直視無睹，不能認人，但雲‘為什麼緣故’。”（《竺可楨全集》第12卷，573頁，上海科技教育出版社2007年版）“三反運動”以後，饒毓泰就基本上“靠邊站”了。“文革”開始時，他備受淩辱，於1968年上吊自殺。中國物理學奠基人的最後20年，居然會是這樣。
對於饒毓泰，胡適總是念念不忘。1962年，“中央研究院”在台灣舉行院士會議，院長胡適在歡迎新院士的酒會上說：“我是一個對物理學一竅不通的人，但我卻有兩個學生是物理學家：一個是北京大學物理係主任饒毓泰，一個是曾與李政道、楊振寧合作驗證‘對等律之不可靠性’的吳健雄女士。而吳大猷卻是饒毓泰的學生，楊振寧、李政道又是吳大猷的學生。”（《胡適之先生年譜長編初稿》第10冊，3898頁，台灣聯經出版事業公司1984年版）遺憾的是，此話說出不久，胡適因心髒病突發，倒地身亡。