對於申訴與再審的關係在理論上也有很多爭議，如有學者建議將刑事申訴製度修改為刑事再審製度。我們認為，申訴和再審屬於不同的製度，兩者之間的區別是很明顯的。兩者都是審判監督程序的一環，都是審判監督不可缺少的部分。
但是我國的《民事訴訟法》、《行政訴訟法》和《刑事訴訟法》對申訴的規定是不同的。
1《民事訴訟法》的規定
《民事訴訟法》第一百一十一條第(五)項規定：“對判決、裁定已經發生法律效力的案件，當事人又起訴的，告知原告按照申訴處理，但人民法院準許撤訴的裁定除外。”而在第十六章規定了“審判監督程序”，也就是說申訴和申請再審不是同一個程序。然而《民事訴訟法》並未規定民事訴訟申訴的具體程序和處理方法。
2《行政訴訟法》的規定
《行政訴訟法》的第六十二條、第六十三條和第六十四條分別規定了行政訴訟申訴製度和行政訴訟再審製度。第六十二條規定：“當事人對已經發生法律效力的判決、裁定，認為確有錯誤的，可以向原審人民法院或者上一級人民法院提出申訴，但判決、裁定不停止執行。”該條規定了當事人享有對生效的行政判決或裁定提出申訴的權利。第六十三條規定：“人民法院院長對本院已經發生法律效力的判決、裁定，發現違反法律、法規規定認為需要再審的，應當提交審判委員會決定是否再審。上級人民法院對下級人民法院已經發生法律效力的判決、裁定，發現違反法律、法規規定的，有權提審或者指令下級人民法院再審。”該條規定了再審的決定主體即法院的審判委員會、上級人民法院享有對再審案件的決定權。雖然《行政訴訟法》沒有規定當事人能夠申請再審，但是在《最高人民法院關於執行〈中華人民共和國行政訴訟法〉若幹問題的解釋》中規定了當事人能夠申請再審。該解釋第七十三條規定：“當事人申請再審，應當在判決、裁定發生法律效力後2年內提出。當事人對已經發生法律效力的行政賠償調解書，提出證據證明調解違反自願原則或者調解協議的內容違反法律規定的，可以在2年內申請再審。”和《民事訴訟法》一樣，《行政訴訟法》對申訴的程序、處理方式等也沒有作出明確的規定。
3《刑事訴訟法》的規定
《刑事訴訟法》在審判監督程序中規定了當事人的申訴權，但並未規定當事人能夠申請再審。《刑事訴訟法》第二百零三條規定：“當事人及其法定代理人、近親屬，對已經發生法律效力的判決、裁定，可以向人民法院或者人民檢察院提出申訴，但是不能停止判決、裁定的執行。”《最高人民法院關於執行〈中華人民共和國刑事訴訟法〉若幹問題的解釋》對申訴的規定要比民事訴訟和行政訴訟詳細。
（1）明確申訴受理審查機關。該解釋第二百九十八條規定：“受理、審查申訴一般由作出發生法律效力的判決、裁定的人民法院進行。直接向上級人民法院申訴的，如果沒有經作出發生法律效力的判決、裁定的人民法院審查處理，上級人民法院可以交該人民法院審查，並告知申訴人；如果屬於案情疑難、複雜、重大的，或者已經由作出發生法律效力的判決、裁定的人民法院審查處理後仍堅持申訴的，上級人民法院可以直接受理、審查，下級人民法院也可以請求移送上一級人民法院審查處理。”第三百條規定：“第二審人民法院對不服本院維持第一審人民法院裁判的申訴，可以交由第一審人民法院審查。第一審人民法院審查後，應當寫出審查報告，提出處理意見，報第二審人民法院審定。”第三百零一條規定：“對最高人民法院核準死刑的案件或者授權高級人民法院核準死刑案件的申訴，可以由原核準的人民法院直接處理，也可以交由原審人民法院審查。原審人民法院應當寫出審查報告，提出處理意見，逐級上報原核準的人民法院審定。”
（2）申訴案件製度。該解釋第二百九十九條確定了申訴案件的卷宗製度。該條規定：“原審人民法院審查處理的申訴、上級人民法院直接處理的申訴和轉交下級人民法院審查處理的申訴，應當立申訴卷。”
（3）申訴時限製度。該解釋第三百零二條規定：“人民法院受理申訴後，應當在三個月內作出決定，至遲不得超過六個月。經審查，認為有《刑事訴訟法》第二百零四條規定的情形之一的，由院長提請審判委員會決定重新審判；對不符合《刑事訴訟法》第二百零四條規定的申訴，應當說服申訴人撤回申訴；對仍然堅持申訴的，應當書麵通知駁回。”
（4）申訴救濟製度。該解釋第三百零三條規定：“申訴人對駁回申訴不服的，可以向上一級人民法院申訴。上一級人民法院經審查認為申訴不符合《刑事訴訟法》第二百零四條規定的，應當予以駁回。經兩級人民法院處理後又提出申訴的，如果沒有新的充分理由，人民法院可以不再受理。”
行政訴訟受民事訴訟的影響較大，很多製度直接來源於民事訴訟，因此也導致行政訴訟對申訴的規定和民事訴訟一樣，都非常的不明確和不具體。而刑事訴訟申訴製度比民事訴訟和行政訴訟都有較為明確的規定。為此，我們認為，非常有必要對司法申訴通過專門的法律製度做出明確規定，我們可以製定一部《司法申訴法》或《申訴法》，讓申訴製度法製化，成為我國公民權利救濟的有生力量。
當司法機關法律適用可能對當事人的權益造成損害時，不能再通過訴訟、複議等程序進行，而申訴卻很明確的是對司法機關法律適用最合理、合法的救濟方法。但是目前申訴製度的模糊化使得申訴製度沒有發揮其正常的功效。為了更好地保護公民的合法權益，促進社會更加公平，司法機關更好地從事司法法律適用活動，建立一套完整的司法申訴或申訴製度是當務之急。
二、信訪
據《瞭望東方》一份權威官方資料統計，僅從2003年7月1日到8月20日短短不到兩個月的時間，到北京市委門前上訪的就達19萬人次，群體上訪達347批；到中紀委門前上訪的人員達1萬多人次，群體上訪453批，平均每天達100多人，最多一天達到152人。趙淩：《中國信訪製度實行50多年走到製度變遷關口》，載《南方周末》2004年11月4日。信訪已經成為公民尋求救濟的一個重要途徑。
信訪，《現代漢語詞典》的解釋是：“人民群眾來信來訪(多用於機關團體)。但這種解釋是不明確的。也有學者認為，信訪就是社會組織管理者受理社會成員來信來訪的活動。還有人認為，信訪是人民群眾通過寫信和訪問等形式，向各級黨政機關及其領導人反映個人或集體意願的一種特殊政治交往活動。但如何界定信訪可能成為一個難題，而國務院製定的《信訪條例》或許是個好的開始，該條例對行政信訪作出了界定：“信訪，是指公民、法人或者其他組織采用書信、電子郵件、傳真、電話、走訪等形式，向各級人民政府、縣級以上人民政府工作部門反映情況，提出建議、意見或者投訴請求，依法由有關行政機關處理的活動。”這一規定對信訪的界定具有很大的指導作用。
作為新中國成立後建立的一項法律製度，信訪製度一向被認為是共產黨人的發明，是共產黨人創造的新中國法律傳統。實際上，在古代的中國也存在一種類似於信訪的製度--直訴製度。《周禮》中已有路鼓和肺石製度的記載；漢代不僅繼承了西周擊鼓鳴冤的做法，還出現了上書、邀車駕等做法；到了晉武帝時期正式形成擊登聞鼓的製度，懸於朝堂或都城內，百姓可擊鼓鳴冤，有司聞聲錄狀上奏；到了唐朝，直訴的方式得到了更大的擴充，唐朝的直訴製度除了擊登聞鼓外，還有邀車駕、上表和立肺石等方式；宋代的直訴製度更加完善，設立了專門的機關予以受理；明朝則對於直訴進行嚴格限製；而後的清朝允許當事人在出現地方司法機關審斷不公時，可以赴京呈控，稱為叩閽，又稱京控；晚清法律製度改革，民國時期引入西方大陸法係模式，中華法係解體之後，這種直訴製度就不複存在了。
中國共產黨在建黨初期就積極鼓勵人民用來信、來訪等方式向黨表達各種意見。然而，這時候的信訪活動更多的隻是一種偶然性的行為。信訪作為一項規範性的製度真正形成還是在建國之後。1949年3月，中共中央遷到北平，當年8月就正式成立了中央書記處政治秘書室，負責處理群眾來信來訪。到1954年，中央人民政府各部委和直屬機構大多建立了信訪機構或配備了專、兼職信訪幹部，全國有很多省和縣也按照中央的要求建立了相應機構。這一時期逐漸形成了“分級負責，歸口辦理”原則。1954年至1957年，來信來訪猛增，信訪機構進一步完善。這一時期，創立了領導接待來訪日、縣市長定期接見人大代表、與調解委員會合作、對集體上訪妥善處理等方法。在接下來的運動中，更多的是上麵的工作隊下來，拋開各級黨政機構，直接由上下訪。到“文革”開始後，黨的各級組織普遍受到衝擊，信訪機構也大多處於癱瘓與半癱瘓狀態。“文革”結束後，國家機關逐漸恢複了信訪機構，並製定相關工作規程，如1980年6月20日發布的《最高人民法院信訪處接待來訪工作細則》；1986年12月10日發布的《最高人民檢察院發人民檢察院控告申訴檢察工作細則》；1995年國務院頒布的《信訪條例》。隨後中央各政府部門、全國很多省市政府也陸續發布了條例、信訪工作辦法、暫行規定、守則等。
從現有的資料來看，信訪製度的正式規定始於1951年6月7日政務院頒布的《關於處理人民來信和接見人民來訪工作的決定》。同時信訪製度也在隨著時代的改變而發生著變化。我們可以從三個階段來看信訪製度的發展曆程：第一階段是1961年至1979的大眾動員型信訪。這一階段的信訪受到政治運動的帶動和製約，往往是每逢政治運動一開始，來信來訪猛增，其內容主要是揭發他人的問題；至運動後期及運動結束後相當一段時間裏，反映運動中存在的問題或要求落實政策的信訪開始增多。信訪量的多少隨運動的始終兩極呈現周期變化。第二階段是1979年至1982年的撥亂反正型信訪。在這一期間，信訪迅速從國家政治生活中的邊緣前移到中心位置，信訪人數之多，解決問題之多，都是史無前例的，主要內容是要求解決大批量的曆史遺留問題和曆次政治運動的積澱問題，平反冤假錯案成了主流。第三階段是1982年至今的安定團結型信訪。隨著國家在1982年宣告撥亂反正任務的基本完成，信訪製度最主要的功能轉變為化解糾紛、實現救濟。從上述幾個階段我們可以看出，在前兩個階段信訪並未發揮其真正的救濟作用，反而成為了政治運動的工具，尤其是在第一階段。曆史經驗表明，隻有法製化的製度才是正常的製度，才能有效解決糾紛，維護社會公平正義，維護社會秩序。