1855年初，湘軍在兩湖戰場大獲全勝，轉戰江西卻遇到了大麻煩。在九江、湖口一帶，曾國藩的湘軍與石達開帶領的太平軍西征軍遭遇了。針尖兒對麥芒兒，水火不相容。兩強相爭，石達開技高一籌，大破湘軍，還俘獲了曾國藩的座船，逼得曾國藩險些自殺。曾國藩領著湘軍坐困於江西，進退失據。更慘的是，大將塔齊布病亡，主力羅澤南、馬繼美先後戰死，周鳳山兵敗被革職，隻有劉於潯率領的湘軍水師駐守於南昌、臨江，但也隻是勉強盤踞。從太平軍中傳唱的一首順口溜，就可以看得出曾國藩的窘境：“破了鑼（羅），倒了塔，殺了馬，飛了鳳，徒留（劉）一個也無用。”到1856年4月4日，江西太平軍已經控製了江西13府中的8府54州縣，曾國藩被困在南昌和南康兩府間的狹小地帶，湘軍的命似乎要完了。
正值太平天國在軍事上達到鼎盛局麵之時，一場嚴重的內訌發生了，這就是“楊韋事變”。
自從永安建製起，東王楊秀清的地位就遠高於其他諸王，西王以下俱受東王節製。隨著定都天京以後革命形勢的穩定與好轉，楊秀清的野心也一天天地膨脹了起來，他不再滿足於做“九千歲”，他要打破“一人之下萬人之上”的局麵，取洪秀全而代之，或者把洪秀全完全架空，自己做真正的天朝領袖。其實，楊秀清當時已經是天朝真正的當家人，因為洪秀全自從進入南京城後，便重蹈了曆代封建皇帝的覆轍，滿足於奢靡享樂，“從此君王不早朝”，把一切軍政大權都交給了楊秀清。
在主政的3年間，楊秀清將其天生的軍事、政治才幹發揮得淋漓盡致，不但攻破了江南、江北大營，西征也取得了輝煌戰績，而且內政也算井井有條。但同時，他也越來越不知收斂，甚至利用自己“代天父傳言”的特權，杖責了天王洪秀全，還逼迫洪秀全封自己為“萬歲”。1856年9月2日，北王韋昌輝突然率部從江西前線趕回天京，殺死了楊秀清及其眾多部屬。後來因韋昌輝濫殺，被洪秀全所誅，石達開被急召回天京主持大局。
然而，經此一變的洪秀全已經不再相信他的那些異姓兄弟了。很快，忠心耿耿的石達開由於被洪秀全猜疑，率領約20萬太平軍負氣出走，脫離了天朝體係。
天朝的變亂直接影響了戰局，為湘軍“突出重圍”創造了機會。死於內訌的數萬太平軍將士，大多數是太平軍的精銳，其中不少是功勳卓著、能征善戰的大將。石達開的率部出走，則使太平天國少了一位智勇雙全、德高望重的翼王，也使曾國藩和湘軍少了最為懼怕的對手。石達開率領約20萬人獨立行動後，便再也沒能發揮出其傑出的軍事天才，最後在四川大渡河畔兵敗被殺。
“楊韋事跡”這一年的年底，胡林翼率湘軍重新占領了武昌；石達開率軍出走的當月月底，江西湘軍攻陷了湖口，使內湖水師得以衝出鄱陽湖，與外江水師會合。1858年5月19日，李續賓率領湘軍攻克九江，林啟容與17000餘名守城將士全部戰死，江西戰場的主動權落入到湘軍手中。
太平軍與湘軍的對抗，可以分為3個時期。前期的爭奪圍繞著九江，中期的爭奪圍繞著安慶，後期的爭奪則圍繞著天京。這三座沿著長江自上而下的城市，恰好印證著曾國藩所提出的“踞上遊之勢”破竹而下的戰略設想。
當然，曾國藩之戰略設計雖妙，但是太平軍將士的鬥誌更堅。在每一次的爭奪戰中，太平軍都讓湘軍付出了慘重的代價。隻是令人遺憾的是，每一次爭奪戰最後的失敗，又都是由於太平天國的戰略性失誤，這最終幫了湘軍的忙！
3.太平天國比清政府腐敗得還要快
1860年以後，湘軍與太平軍之間的對抗，逐漸形成了3個主戰場：曾國藩直接領導的西線戰場，李鴻章率淮軍開辟的蘇南戰場，左宗棠率湘軍開辟的浙江戰場。這從戰略上形成了對天京的包圍態勢。
欲打破這一包圍態勢，太平軍隻有一條路可走：集中兵力，密切配合。可惜，此時的太平軍卻變得一方麵內部意見不一致，難以形成統一的戰略行動與密切的戰役配合；另一方麵又被湘軍牽著鼻子走，東征西進，疲於奔命，消耗實力，坐失戰機。
湘軍圍攻安慶、攻打天京，靠的都是一股堅韌，太平軍缺少的恰恰就是這種堅韌。更可怕的是，由成千上萬革命者用血肉之軀建立起來的太平天國大廈，早就被內部滋生出來的蛀蟲腐蝕得岌岌可危、搖搖欲墜了！
當初，太平天國能夠迅速壯大，關鍵在於得民心。因此，在北上東進的征程中，太平軍能如滾雪球般迅速壯大起來，許多活不下去的老百姓都攜家帶口地投入到了太平天國的懷抱。在曆史上，每當被壓迫者受壓迫到了難以忍受的地步，總會把希望寄托在新興的反抗力量身上，滿懷熱情地謳歌，極盡所能地支持。然而，事情的發展往往會令他們極度失望，因為這些新興的反抗力量往往比舊勢力腐敗得還要快、對他們盤剝得還要猛烈。