蒙元王朝的大汗越來越隔絕於臣民之外，也沒有采取有效措施阻止瘟疫的蔓延，他們隻能在西藏喇嘛僧那裏找到精神上的庇護所，僧人們鼓勵大汗從充滿虛幻社會問題的外部塵世中超脫出來，去做一些有助於淨化他們個人靈魂的事情。僧人們對蒙古皇室勸說道，每釋放一個犯人，就會為自己積累精神美德，來世就能得到更好的身份地位，不久，僧人們就把此事推向了高潮。在一次古怪的儀式中，一個僧人在宮廷上披著蒙古皇後的長服，騎著黃牛穿過各處宮門，然後是以放飛一籠鳥兒的方式來開始釋放囚犯。
西藏僧侶鼓勵用密教的新方法來修道，而密教主張通過性行為來開悟。這不僅產生出大批性藝術品，而且還促使皇室舉行各種與性有關的舞蹈和儀式，最矚目的是大汗本人也在喇嘛的注視下參與其中。有關放蕩行為的流言和這些儀式的神秘性，助長著漢地人民猜忌疑惑的心理，他們懷疑西藏喇嘛僧在宮廷中實行人祭，以此來延長大汗的壽命，挽救其搖搖欲墜的政權。
當蒙古統治者在全力表現出他們對靈魂和性方麵事物的興趣時，首都紫禁城外的社會接近崩潰。最明顯的一個征兆可能就是，蒙古統治者辛辛苦苦、小心翼翼建立的貨幣製度已經失控。經濟發展與紙幣發行之間的關係，變得更加複雜和不可預測，超出了官員們的想象，貨幣製度逐漸偏離正常軌道。至少是因為蒙古統治呈現出衰落的跡象，所以人們對紙幣的信心下降，導致紙幣貶值而銅幣和白銀的價值上升。通貨膨脹變得非常嚴重，到1356年，紙幣事實上已毫無價值。
在波斯和中國，崩潰很快就來到了——時間分別是1335年和1368年。波斯伊利汗國的蒙古人消失了，他們或是被殺，或是被人口眾多的、以前的臣民所同化。在中國，妥貼睦爾大汗和六萬蒙古人設法逃出明朝反叛者的手掌，但是他們卻扔下約四十萬蒙古人，這些人或是被俘虜、殺害，或是被漢地人民同化。那些退回到蒙古草原的人，重新開始畜牧主義的遊牧生活，這樣一來，蒙古人從1211－1368年對中國的統治，幾乎隻是一段插曲，僅僅是他們暫住於南方夏季營地的一段插曲。俄羅斯的金帳汗國分裂為許多小汗國，在四個世紀的滄桑歲月中逐步衰落。由於長期的互相影響，蒙古人和他們的突厥盟友彼此融合，形成許多不同的突厥－蒙古人族群，他們互相之間保持著各自獨立的身份，他們也遊離於廣大斯拉夫民族之外。
在推翻蒙古統治後，躊躇滿誌的明朝統治者頒布法令，禁止漢地民眾穿著蒙古服飾、給孩子取蒙古名字、接受其他外族習俗。為努力複興漢地政府、社會生活的傳統原則，明朝統治者有係統地廢除許多蒙古的政策和製度。他們驅逐穆斯林、基督徒和猶太商人，蒙古人曾經鼓勵這些人在中國定居，由於蒙古商業體係遭受了沉重打擊，所以明朝當局徹底廢止弊端叢生的紙幣，重新代之以金屬貨幣。他們拒斥蒙古人主張的西藏喇嘛教，代之以傳統的道家和儒家思想原則。在恢複蒙古貿易體係的努力失敗後，新統治者焚毀遠洋船舶，嚴禁外國人來到中國，並耗費一大部分國民生產總值，用以大規模地修築新城牆，既不讓外國人進來，也不讓中國人出去。如此一來，新的中國當局使住在東南亞各港口的數千中國公民陷入了進退兩難的境地。
為盡量避免蒙古再次入侵的危險，明朝最初把首都南移到南京——一個更加漢化的地方，但是根據大部分人的意見和要求，中國的統一與定都北方緊密相關，因此明朝不得不把朝廷遷到蒙古舊都汗八裏。明朝重建都城，消除蒙古的外觀特征，以自己的風格建造了一個新的紫禁城。經過短暫的爭論後，首都最終確定在那裏，隻不過名稱不斷變換而已，於是北京仍然成為中國的首都，而中國國內邊界劃分與蒙古人統治時期大致相同。
在一個又一個地區，本土的反抗運動驅除了蒙古人，當地的精英分子出來執掌政府權力。當朝鮮半島、俄羅斯和中國回到本地王朝手中時，伊斯蘭地區卻經曆著一個更加複雜的轉變過程。這些地區沒有回到阿拉伯人手中——他們已經成為商人、仲裁者、銀行家、托運人和聯係歐亞的商隊車夫，而是形成一個新的文化混合體，它把突厥－蒙古的軍事體製與伊斯蘭的法定製度、波斯的古老文化傳統結合起來。伊斯蘭世界的東部形成一個新的自由文化圈，人們仍然是伊斯蘭信徒，但阿拉伯人的統治不複存在，因為人們不允許他們再度掌權。一些新王朝，如土耳其的奧斯曼、波斯的薩法維、印度的莫臥兒——他們有時被稱為“火藥帝國”，他們有大量新式的蒙古武器，有建立在騎兵和武裝步兵基礎上的軍事組織，還會使用火器，他們憑借這些優勢條件來與外部敵人展開鬥爭，而也許更重要的是，用它們來維持對國內各民族臣民的統治。
盡管瘟疫橫行，商業體係瓦解，反叛加劇，以及隨之而來的蒙古帝國的肢解，但是甚至連反叛者也似乎不願意讓舊帝國完全消失。新統治者依靠舊體製的裝點和粉飾，為自己的統治披上合法的外衣。在蒙古帝國內部結構坍塌、蒙古人退出之後的很長時間內，帝國的外部特征繼續存在著。
在消除蒙古對公共生活的影響之後，明朝統治者下了很大的功夫去尋找蒙古的官方印章，他們在外交上保留蒙古文的使用，以此來保持與過去政策的連貫性。遲至奧斯曼人征服君士坦丁堡的1453年，中國朝廷仍然用蒙古文書寫外交信函。隨後的滿洲人——在1644年推翻明朝——出於戰略上的考慮，他們還是與成吉思汗的後代通婚，這樣，他們才能在血緣上和精神上以成吉思汗繼承人的身份獲得統治的合法性。
在中亞的心髒地帶，成吉思汗的後裔繼續在莫臥兒斯坦——蒙古之地的波斯名稱——掌權。到十四世紀末，中亞的蒙古土地落入帖木兒手中，此人也叫“跛子帖木兒”或“達莫南”，是一個突厥武士，他聲稱是成吉思汗的後人——但這缺乏可信的證據。他試圖恢複蒙古帝國，征服很多以前屬於蒙古帝國的領土，包括從印度到地中海的土地。為盡量把自己與成吉思汗聯係起來，帖木兒讚助出版多種將他們兩人聯係起來的書籍。為確保自己的世係獲得成吉思汗和蒙古人的血統，他的家族與一些成吉思汗真正的後裔通婚。盡管埃米爾帖木兒所做的一切都是為重建蒙古帝國，但是他卻沒有遵循成吉思汗的模式。他濫殺無辜，舉止乖張，在拷問和羞辱俘虜中尋找持久的快意。據傳，當帖木兒抓住塞爾柱突厥王朝的算端後，強迫算端在一旁觀看，其妻妾和女兒赤裸著身體在進餐時伺候帖木兒，並滿足帖木兒的性要求。據說，帖木兒就像對待牲口一樣，將馬具套在算端身上，讓他拖拉皇家戰車，然後又把他扔在籠子裏示眾。
因為帖木兒自稱是蒙古人，是成吉思汗家族的合法女婿，所以在被征服人民的心中，必然要把他的所作所為與早期的蒙古人糾纏在一起。人們不會把一個蒙古人與另一個蒙古人區別開來。當帖木兒因公開拷打俘虜或在被他征服的城市外將人頭堆成金字塔形而興奮不已時，人們已經認為他是在繼承蒙古人的傳統。帖木兒的所為陰差陽錯地被扣到成吉思汗的頭上。
帖木兒的後裔中，以印度莫臥兒人在曆史上最有名。巴布爾，是1519年這個新王朝的建立者，他是成吉思汗次子察合台的第十三代子孫。在巴布爾之孫阿克巴統治時期（1556－1608年），莫臥兒帝國臻於鼎盛。他有成吉思汗那樣的統治才能，也和成吉思汗一樣傾心於貿易。他廢除了令人憎惡的“吉茲亞”（jizya）稅——對非穆斯林征收的人頭稅。阿克巴把騎兵編組為十個傳統的蒙古單位（共五千人），他還唯才是舉，建立一套文官行政係統。就像蒙古人把中國變成那個時代最大的生產製造業中心和貿易中心一樣，莫臥兒人使印度成為世界上最大的製造業國家和貿易國家，而且——與穆斯林和印度人的傳統相反——他們還提高了婦女的地位。阿克巴繼續以普遍主義的態度對待宗教，試圖把所有宗教合並為一種“神聖宗教”“全民宗教”——天堂隻有一個神，世間隻有一個皇帝。
由於有這麼多帝國都力圖從政治到藝術的每個方麵維持住蒙古帝國的影子，因而普通民眾好像也絕對不會相信蒙古帝國已不複存在。對帝國的這種信仰，在任何地方都無法比在歐洲更長久、更突出，1492年——在末代大汗統治中國後一個多世紀，歐洲人克裏斯托弗·哥倫布說服伊莎貝拉和費迪南德兩位君主，使他們堅信，他能重建與蒙古大汗朝廷的海上聯係，恢複與之中斷的商業往來。由於蒙古交通體係的瓦解，歐洲人沒有聽到帝國崩潰和大汗被推翻的消息。因此，哥倫布堅持，雖然伊斯蘭阻斷歐洲與蒙古朝廷之間的陸路通道，但他可以從歐洲向西航行，橫穿世界海洋，到達馬可·波羅所描寫的那個國度。
哥倫布為找到蒙古人而開始了他的航行，他隨身攜帶著一冊馬可·波羅遊記的印刷本，在計劃到達蒙古朝廷的過程中，哥倫布草草地在遊記中作很多注解，記錄所見所聞。對哥倫布來說，馬可·波羅不僅是一個靈感，而且實際上也是一個向導。當哥倫布到達古巴、巡視了一些小島後，他相信自己已經位於大汗領地的邊境了，不久就會找到遼陽省。哥倫布始終認為，大汗之地離今天美國大陸的北部不遠。因為他沒有找到蒙古大汗之地，所以他認為他所遇到的人民就是蒙古人的南方鄰居印度人，這樣，哥倫布把這些美洲的土著居民稱為“印第安人”，從那時起到現在，他們就一直背負此名。
盡管文藝複興時期的作家和探險家公開以奉承的態度來對待成吉思汗和蒙古人，但十八世紀歐洲啟蒙運動卻產生出一股不斷增長的反亞洲精神，它往往把矛頭對準蒙古人，特別地，把他們看成是那塊大陸上一切邪惡或有缺陷事物的象征。早在1748年，法國哲學家孟德斯鳩在他的文章《論法的精神》中就透露出這種論調，他極其藐視亞洲人，指責蒙古人可憎的品性，把他們說成是“世界上最奇怪的民族”，同時把蒙古人描述為卑屈的奴隸和殘暴的奴隸主。他把所有對從希臘到波斯文明的進攻行為都算在蒙古人的頭上：“他們摧毀亞洲——從印度到地中海；使波斯東部地區成為荒漠。”孟德斯鳩讚揚歐洲人的祖先是民主的先驅，而譴責亞洲的部落民族：“摧毀希臘帝國的韃靼人，在被征服的國家建立奴隸製度和專製權力；哥特人，在征服羅馬帝國後，建立君主政體和自由。”基於這種曆史觀，他把所有亞洲文明都一筆勾銷：“奴役的思想統治著亞洲，它從來沒有被動搖過，在那個地方的一切曆史裏，連一段表現自由精神的記錄都不可能找到；那裏除了極端的奴役之外，我們將永遠也看不到任何其他東西。”
成吉思汗成為攻擊的中心目標。伏爾泰改編一部元代的雜劇——紀君祥寫的《趙氏孤兒》，以適應他個人的政治社會需要，他把成吉思汗描繪成一個殘暴無知的惡人，其實，伏爾泰是以成吉思汗來指代法國國王。這部雜劇被他更名為《中國孤兒》，1755年在巴黎的劇院中初次登台表演，當時伏爾泰正在瑞士悠閑地過著流亡生涯。他說：“我把時間限定在偉大的成吉思汗時代，我盡可能描繪出韃靼人和漢人的習俗：如果演員們不能表現出這些習俗，那麼最精彩的情節就沒有了；這段描繪，是劇本最吸引人的部分之一，如果它不能激起榮譽和美德的觀念，那麼它就隻能成為一種無聊的消遣。”伏爾泰形容成吉思汗是“萬王之王”，“凶殘的成吉思汗／他摧毀了肥沃的亞洲土地”，說成吉思汗是“一個野蠻的、全副武裝的斯基泰士兵／從事著殺人的勾當”。在經伏爾泰修正後的曆史中，蒙古武士隻不過是“野蠻的掠奪者，他們住在帳篷中，住在戰車上，住在草地裏”，他們“憎惡我們的藝術、我們的習慣和我們的法律；因此他們企圖把這些東西全部改變；想把這個輝煌的帝國中心變成一片大荒漠，就像他們自己居住的地方那樣”。
在伏爾泰的劇本中，成吉思汗性格中唯一的可取之處在於，他勉強承認受過良好教育的人所具有的精神優勢。伏爾泰援引成吉思汗的話作為格言：“我看到的越多，我就越羨慕這些奇妙的民族，他們有眾多的藝術和武器，有先進的知識和禮儀；他們的君主是靠聰明才智才擁有權力的。”該劇是以成吉思汗提出的一個問題來結束的：“……我有無數的勝利，有許多令我內疚的桂冠，它們沾滿了鮮血，但我最終得到的是什麼呢？”於是伏爾泰回答道：“……是眼淚，是悲鳴，是人類的詛咒。”憑著這些話，伏爾泰本人開啟了近代人對蒙古人的詛咒。
盡管刻畫成吉思汗的負麵形象，但伏爾泰的真正目標是法國國王，他很懼怕法王，不敢直接批評他，轉而以代表一切邪惡勢力的蒙古人來影射法國。其他作家很快就仿效這種方法，以蒙古人為世間邪惡的象征，蒙古人成為遭受大量文學、科學作品攻擊的受害者。新的批評間接地出現在意大利詩人、劇作家喬萬尼·卡斯蒂的作品中，他先後在哈布斯堡王朝和俄羅斯凱瑟琳大帝的朝廷中待了很長時間。他不想公開批評支持他的君王，於是就以蒙古人的形象作為《韃靼之詩》和1778年歌劇《忽必烈——韃靼人之大汗》中的襯托，安東尼奧·薩利埃雷——烏夫岡·莫紮特在哈布斯堡朝廷中的競爭者——曾為這部歌劇配樂。神聖羅馬帝國的皇帝看出劇本中暗藏的危險思想，懼怕它會激起革命運動，於是就查禁這部歌劇。
對亞洲劣根性進行最惡毒攻擊的，不是歐洲的哲學家和藝術家，而是科學家——啟蒙運動所孵化出來的新知識分子群體。在十八世紀中葉，法國博物學家浦豐編纂了第一本博物學百科全書，他在書中對主要的人群進行了描述，蒙古人被列為亞洲最重要的人群。他對蒙古人的描述，似乎又回到五百多年前馬修·帕裏斯和斯巴拉多的托馬斯那歇斯底裏的論述了。浦豐寫道：“‘嘴唇’又大又厚，有許多橫向裂縫；‘舌頭’很長、很厚，表麵很粗糙；‘鼻子’較小；‘皮膚’略呈暗黃色，缺乏彈性，使整個身體的體態非常臃腫。”他還說韃靼婦女“與男人一樣醜陋”。蒙古人的文化似乎與長相一樣，讓浦豐感到厭惡：“多數部落根本不懂宗教、道德和禮節。他們都是職業強盜。”浦豐的著作由法文翻譯成多種歐洲語言，在十八、十九世紀成了首要的信息來源之一。
歐洲科學家試圖將各種事物——從犬馬的品種到玫瑰、蒲公英的類型——進行分門別類。德國動物學家約翰·弗裏德裏希·布魯門巴赫，1776－1835年為哥廷根大學的醫學教授，他在比較解剖學的基礎上，特別是基於皮膚色素沉澱、毛發眼睛顏色、頭顱類型和麵部特征，如鼻子、臉頰、嘴唇的尺寸和形狀，為人類創造了動物學分類法。根據他的研究，人類天生地被分為三個基本種類，即非洲人、亞洲人和歐洲人，還有兩大次等子類——美洲人和馬來人。理論上，亞洲人發源於蒙古地區，所以他把所有亞洲人都歸在“蒙古人種”之下。歐洲的科學家很快就接受了他的理論，奉之為科學真理。
當然，這些分類也包含著一個不同人種的進化序列，蘇格蘭科學家羅伯特·錢伯斯在他那本1844年的暢銷書《自然創造史的痕跡》中有清楚的說明。他解釋道：“各個人種的主要特征，其實就是最高級人種即高加索人（白種人），在每個特定發展階段所表現出來的典型特征。”與白種人相比，“蒙古人就是剛出生的、發育不良的嬰兒”。