不久，這些理論家就發現蒙古人種與猩猩、亞洲猿存在近親關係。他們之間的相似之處不僅在於麵部特征，還在於身體姿態，亞洲人與猩猩一樣，以“蒙古人”或“佛”的姿勢圈腿而坐。蒙古人種的範圍不斷擴大，包括所有美洲印第安人和愛斯基摩人，還有“中國北方人、中國南方人、中國南方的部落民族、蒙古人、部分突厥人，以及通古斯人、朝鮮半島人、日本人和古亞洲人”。
蒙古人種的分類體係一度被西方科學界廣泛接受、十分流行，並被應用於新的領域。由於一些智障兒童被描述為具有亞洲人的麵部特征，於是那個時代的科學家就確信，他們肯定屬於蒙古人種，這種傾向很明顯。第一次記述智障兒童和“蒙古人種”關係的是羅伯特·錢伯斯，在1844年的研究中，他把疾病與亂倫聯係起來：“血緣太相近的父母容易生出蒙古人種的子女——換句話說，這些人即使到成熟期，還是有點像小孩一樣。”1867年，英格蘭薩裏的埃斯伍德精神病院負責人、醫師約翰·蘭頓·海登·唐，在英國《精神科學雜誌》上發表《低智商人種的觀察》一文，正式確定這種新的分類體係。除亂倫和其他不正常行為方式是導致蒙古人種缺陷的原因之外，內科醫生們還提出，飲食不足，母方的焦慮、過多使用香水，父方的酒精中毒、雙頭精子等也是重要因素。
為說明這些兒童具有亞洲人身體特性的原因，科學家們還試圖從曆史中找到更直接的解釋，在回顧十三世紀蒙古入侵歐洲這段曆史後，他們發現一個生物學因素。根據他們的新解釋，在漫長的歲月中，以劫掠為生的匈奴人、阿瓦爾人和蒙古人，大概在他們強奸白種女人時，把遺傳因子留在了歐洲。看似“正常”的歐洲婦女生出的孩子，其特征上會有一種返祖現象，在現代，這些遺傳基因的性征有時會在其後代身上暴露出來。唐醫師的兒子進一步提煉他父親的觀點，作為一個內科醫生，他在研究中發現，這些低能者來源於一個早期形態的蒙古血統，他們更多地被認為是“前人類，而不是人類”。
在1924年的一本流行著作《我們中間的蒙古人》中，英國內科醫師弗朗西斯.G.寇拉克沈克認為，蒙古種人既是一個人種類別，又是一個精神等級，他在書中詳細描述“蒙古人特征”，包括不大的耳垂，突出的肛門，較小的男女生殖器。把智障兒童和另一人種聯係起來以後，得出的一個明顯結論就是，這些兒童不屬於他們出生的群落，甚至不屬於他們出生的家庭。寇拉克沈克解釋說，這些個體“是一個單獨的人種。不論好壞，他們‘完全’不同於周圍的其他男人和女人。他們是真正的‘蒙古流亡者’”。由於這些兒童屬於一個不同於他們父母的人種，因此醫生和官員就提出，他們應該被趕走。智障兒童隻是普遍存在的“返祖性蒙古症（或橙色症）”現象的極端例子，根據這個理論，“西方蒙古人”不僅要對智障，而且還要對西方發現的許多犯罪和低能現象負責。根據這個理論，尤其是猶太人，因為與哈紮拉人及其他草原部落雜居通婚，所以他們身上承襲蒙古人種的很多影響，然後就帶著這些低等的遺傳因子在歐洲四處活動。
在人種進化和智障理論中，科學界試圖提供可靠的、盡量不帶偏見的證據，以說明十九世紀和二十世紀初的政治煽動者、報紙編輯們所謂的“黃禍”到底是什麼。因為很多東亞民族顯然不肯接受西方的殖民，所以歐洲殖民者不斷地肆意辱罵這些民族。雖然所謂的“黃禍”也針對如菲律賓和朝鮮這樣的民族，但它還是集中於兩個主要的威脅——中國和日本。由於日本進行工業化並建立一支龐大的軍隊，而中國仍然拒絕被殖民化、限製人們皈依基督教，因此在西方公眾的認知中，亞洲人就變成了敵人。
整個十九世紀中，對亞洲人的畏懼情緒在歐洲不斷增長；在俄羅斯象征主義詩人弗拉基米爾·謝爾蓋維奇·索洛維耶夫寫於1894年的一首詩中，可以清晰地看到這種情緒，其詩名叫《泛蒙古主義》。在他看來，中國和日本對現代文明價值的威脅與成吉思汗時代相似，那時，“一個來自東方的陌生外來民族”攻擊並摧毀文明，同樣的事情又一次在今天發生：“一群覺醒的部族正準備發動新的進攻。從阿爾泰山到馬來群島的海濱／東方島嶼的領袖們／聚集了一支強大的軍隊／踏過中國廢棄的城牆。／就像無數的蝗蟲／餓極而貪，／以一股神秘的力量將天空遮蓋／於是這些部族不斷北進。”不久，“你們那些破爛的旗幟”將被“當成玩具，在黃種兒童的手中傳遞”，他警告讀者，“泛蒙古主義！這是個很可怕的名詞”。
在文藝複興和蒙古帝國結束後的那段歲月中，成吉思汗被貶到人類曆史的最底層。現代歐洲獲得新殖民權力，自願承擔統治世界的使命，他們沒有給亞洲征服者留下餘地。成吉思汗及其蒙古部落將野蠻獨裁和嗜殺暴政強加在亞洲人身上，並成為一份可怕的遺產，基督教殖民主義者和共產主義者都想把亞洲人從這份遺產下拯救出來。蒙古人問題備受關注，成為亞洲問題的根源，所以，關於歐洲人征服蒙古人種——從日本到印度——的根本原因，就演變為一個綜合性話題，即歐洲的征服理論和殖民思想。成吉思汗和蒙古人被假想得非常可怕，這就為更文明的英國、俄羅斯和法國殖民主義者進行統治提供了借口。
與歐洲科學家和政客針鋒相對的是，這套思想理論的受害者——亞洲知識分子和激進主義者，在成吉思汗身上找到了一個新的英雄形象。縱觀亞洲，從印度到日本，二十世紀的新一代亞洲人，渴望擺脫歐洲人的統治，他們在成吉思汗和蒙古人身上找到靈感，把兩者作為曆史上最偉大的亞洲征服者，鮮明地樹起一個對立麵，反駁歐洲人優越性的學說。包括俄羅斯人在內的歐洲人，激烈地攻擊人們腦海中成吉思汗的形象，徹底地否定他在世界曆史上的角色，部分是出於這種原因，越來越多的亞洲政治激進主義骨幹分子追思成吉思汗，希望得到他的指引，並以此來譴責西方的霸權和價值觀。
在最先重新評價成吉思汗的人中，有一個是前途渺茫的候選人：非暴力主義者賈瓦哈拉爾·尼赫魯——印度獨立運動之父。1931年元旦，當尼赫魯孤獨地坐在一間牢房中時，他得到消息，英國殖民當局剛剛逮捕他的妻子，將她關在另外一所監獄裏，而且根據報道，她受到了虐待。他們十三歲的女兒英迪拉——長大後成為印度總理——感到非常害怕和沮喪，特別是因為她隻能兩周一次看到父母，得知這一情況後，尼赫魯開始給女兒寫一係列的長信，向她講解曆史，書信成為她在殖民學校中所學知識的解毒劑。在接下來的三年多裏，尼赫魯幾乎每天都寫四五頁的信；盡管他接受西方式教育，但在信中，他還是努力去了解祖國印度和亞洲大陸在世界曆史中的地位。他就是以這種方式來“聯想過去，並找到使將來比過去更加輝煌的道路”，在給女兒的第一封信中說道：“不認識到西方的偉大是愚蠢的；但是忘記亞洲的偉大，也同樣是愚蠢的。”
作為一個亞洲人、一個亞洲學者，尼赫魯的任務之一就是要在思想上盡全力去了解成吉思汗的曆史角色，西方就是用他來塑造亞洲的醜陋形象的。相比之下，尼赫魯卻把成吉思汗描述為亞洲人民長期反抗歐洲統治鬥爭的一部分。關於蒙古人在世界舞台上的突然出現，他寫道：“可以想象，在這火山爆發的時刻，歐亞世界會是怎樣的驚愕。它看上去很像一次巨大的自然災難，像一次地震，而在這之前，人類幾乎不能做什麼。他們是一群堅強的男人和女人，這些來自蒙古的遊牧人，生活在亞洲北部遼闊草原的艱苦環境中，習慣於住在帳篷裏。但是如果沒有一個最卓越的首領，他們的力量和吃苦耐勞精神可能幫不了他們什麼大忙。”隨後尼赫魯形容成吉思汗是“一個謹慎小心的中年男人，在做每一件重大事情之前都經過深思熟慮和精心準備”。
尼赫魯認識到，雖然蒙古人沒有生活在城市裏，但他們還是創造出引人注目的文明。“當然，他們不了解多少城市藝術，可是他們形成了一種適合於那個世界的生活方式，並創造出一套複雜的組織機構。”尼赫魯認為，雖然他們人數少，但“在戰場上卻取得了巨大勝利”，因為“他們有嚴明的紀律性和組織性，這首先要歸功於成吉思汗超群的指揮才能”。尼赫魯仿照喬叟的描述，斷定，“毫無疑問，成吉思汗是人類曆史上最傑出的軍事天才和領袖”。在和歐洲最偉大的征服者直接相比之後，他寫道：“亞曆山大和愷撒在成吉思汗麵前顯得非常渺小。”盡管擁有強大的軍事威力，但成吉思汗還是想和世界保持友好關係：“他的思想就是要把文明與遊牧生活結合起來，但無論是過去還是現在，這都是不可能的。”蒙古大汗相信“永遠‘不變的法律’，沒有人可以違反它，甚至連皇帝也要服從它”。然後尼赫魯提出個人的見解：“我已經向你提供很多關於成吉思汗的詳細資料和信息，可能超過你所需要的，但這個人確實讓我著迷。”
隨著西方對“黃禍”的畏懼日益增長，亞洲人越來越關注“泛蒙古主義”這個概念，他們把它看成是一條塑造亞洲人身份認同的可行之路。如果他們能用蒙古帝國曾經用過的方式，把所有亞洲人團結起來，那麼他們就能更有力地共同擊退西方國家不斷增長的霸權。這個理論給亞洲人指明方向，超越民族主義者個人的狹隘忠誠觀，為共同的追求而一起戰鬥。在內蒙古，新精神即時地創造出一部曆法，它以1206年——成吉思汗創建蒙古民族的那一年——為起始，即元年，按照這部蒙古曆法，公元1937年就是成吉思汗731年。
尤其是在日本，泛蒙古主義產生出越來越大的吸引力，因為這個國家日益把自己看成二十世紀上半葉亞洲的領導者，而且還需要將自己同歐洲區別開來。在爭當新亞洲領導者的過程中，成吉思汗的形象成為頗具價值的競爭目標。無論是誰，隻要得到他的遺體，他的祠堂或他的故鄉，就可以名正言順地繼承他的遺產，從而控製他曾經統治過的土地。一些日本學者還傳播著這樣一個故事，成吉思汗實際上是一名日本武士，在一次權力鬥爭後他逃離了故鄉，來到草原遊牧部落中避難，然後他領導著他們征服世界。
在第二次世界大戰爆發前夕，不僅在意識形態的宣傳中，而且在軍事理論的運用中，成吉思汗又戲劇性地具有新的重要價值。蘇聯人、日本人和德國人，都爭先恐後地破解、翻譯、詮釋《秘史》，他們希望它能提供一把有用的鑰匙，解開使之縱橫中國和俄羅斯的蒙古軍事戰術秘密。
二十世紀坦克的發展，在某種程度上使騎兵和炮兵再次合成為一個軍事單位，而這種情況自蒙古人設置弓箭騎兵之後就沒有出現過。為摸索現代坦克戰的打法，所有國家的軍事思想都關注著以前蒙古人的戰例。德國人發現了最有效的蒙古閃電戰術，它使蒙古軍以高度的機動化形式突然出現，在戰場上快速穿插，給敵人以出其不意，弄得他們暈頭轉向。為更加準確地理解蒙古戰術，德國人計劃把《秘史》譯成德文。柏林腓特烈·威廉大學社會學教授埃裏希·海尼士，準備進行德文翻譯。他去蒙古尋找《秘史》的原始蒙文版本，但是沒有找到，他以漢蒙對照的文本作為詞典，設法完成翻譯。德國的戰時匱乏狀況延誤書籍的印刷，直到1941年，小型本才得以印刷，但即使在那時，運輸上的困難又使發行工作推遲，一箱箱書籍滯留在萊比錫，直至1943年，在盟軍的一次轟炸襲擊中，它們化為灰燼。曆史的秘密神秘地遺留在納粹分子的腦海中。
當德國人在軍事上不斷向蒙古人學習時，蘇聯人也在做同樣的事情。成吉思汗和帖木兒這兩個亞洲征服者令斯大林困惑，他派人挖出了帖木兒的遺骨，並多次派兵去不兒罕·合勒敦地區探險，企圖找到成吉思汗的遺骨，可是都沒有成功。另外，學者們則忙於翻譯，並研究那些關於蒙古曆史的離奇說法，比如，太陽照射蒙古地麵時的角度和能量，不同於世界其他地方。從這些既荒唐又莊嚴的東西中，蘇聯人在二戰中對蒙古策略產生出自己的看法和理解。速不台曾大規模地運用這些戰術，於1223年在迦勒迦河打敗俄羅斯人，而蘇聯則誘使德軍不斷深入俄羅斯境內，直到他們絕望地被分割在一塊廣闊的區域內為止，然後俄羅斯人開始反攻，將他們逐一消滅。
事實上，有件事情沒有引起人們的注意。1944年，當二戰發出最後的咆哮聲時，離鄉近四分之一世紀的賽義德·阿裏可汗在阿富汗喀布爾去世，他是布哈拉的前埃米爾，也是最後一個保持王位的成吉思汗後裔，他被驅逐出故鄉布哈拉時還是一位年輕的統治者。這位埃米爾聲稱是術赤和金帳汗的後代，他比這個家族其他世係的成員要活得長。1857年，英國軍隊廢黜印度莫臥兒王朝的最後一個皇帝巴哈都兒·沙二世，接下去的幾年中，他們將他流放到緬甸，這麼做可能為了把他的稱號贈予維多利亞女王，於是她在1877年成為印度女皇。
當馬格特王朝的阿裏可汗在1910年以布哈拉埃米爾的身份掌權時，俄羅斯人控製他的故鄉已有兩代人的時間了，與數個世紀前的祖先相比，他更像是一個衣食傀儡。1189年，在黑“心”形狀山旁的藍湖岸邊，第一次部落忽裏台大會召開，七百三十一年後，一次完全不同的聚會被召集起來——它也叫忽裏台，但卻由布哈拉共產黨的代表組成——討論廢黜阿裏這個成吉思汗後裔的王位。
1920年8月的最後一周，阿裏逃離布哈拉，他試圖在塔吉克斯坦組織一次反抗，但不久之後，就在英國的保護下跑到阿富汗避難，在那裏度過餘生。當這位埃米爾離開故鄉時，布爾什維克軍隊在米哈伊爾·瓦西裏耶維奇·伏龍芝的率領下進攻布哈拉大本營，同樣是在這個戰略要地，七個世紀以前，成吉思汗的“精神之旗”指揮蒙古軍取得他們在中亞的第一個勝利。1920年9月2日，伏龍芝向列寧報告：“古老的布哈拉要塞在紅軍及其布哈拉支隊的猛烈攻擊下，於今日被占領。”他又用生動的字眼補充道：“暴政和壓迫已經被擊垮，革命的紅旗在雷吉斯坦廣場[ 位於烏茲別克斯坦撒馬爾罕。——譯者注。
]上空高高飄揚。”
在二十世紀的大部分時間裏，俄羅斯和中國維持著分治成吉思汗故地的現實，中國管理內蒙古——戈壁之南，蘇聯則控製另一半，即外蒙古——戈壁之北。蘇聯把蒙古變成一塊緩衝區，在自己和中國之間保持很大的一個空間。就像英國在十九世紀處死印度莫臥兒末代皇帝的子孫一樣，蘇聯在二十世紀清洗留在蒙古的知名的成吉思汗後裔，或是把他們趕入森林射殺、並埋葬在不知名的地點；或是將他們流放到西伯利亞的“古拉格”（gulag）[ 俄文“勞動改造營總管理局”的縮寫，泛指蘇聯勞改集中營。——譯者注。
]，他們在那裏勞動到死；或是讓他們神秘地消失在曆史的黑夜中。
1964年4月，蘇聯官方報紙《真理報》發出嚴厲警告，反對“把殘忍野蠻的成吉思汗作為一個曆史進步人物來崇拜”的企圖。中國共產黨人反駁蘇聯的攻擊，指出，俄羅斯人應該更加感謝蒙古人，因為蒙古人對俄羅斯的戰爭為俄羅斯人“接觸一種更高文明”提供機會。不管蒙古人對於蘇聯攻擊他們的英雄是如何的氣憤，他們還是非常忠於俄羅斯人的。
在蒙古，接二連三的迫害運動摧殘了整整一代的語言學家、曆史學家、考古學家和其他學者，其實，他們所專門研究的主題與成吉思汗或蒙古帝國無關。大約在二十世紀六十年代——成吉思汗出生八個世紀後，他的“蘇勒德”，即他縱橫歐亞時帶著的“精神之旗”，在當局控製的地方消失了，在這次清洗運動以後，成吉思汗的“蘇勒德”再也沒有被看見或說起。許多學者推測，當局在最後一次褻瀆成吉思汗靈魂的行動中把它摧毀。但仍然有部分學者希望，也許“蘇勒德”剛巧被遺忘在某個布滿灰塵的地下室或用磚圍砌的房間裏，總有一天，它還會被拿出來，再次領導和激勵蒙古人民。