李淵見王矽、韋挺兩人毫不猶豫地承擔起所有的罪責，他心中甚是寬慰，接著他的目光又看向了秦王府的杜淹，對於杜淹李淵絲毫不客氣，猛地大喝一聲：“杜淹，你可知自己的罪過？”
杜淹根本就不知道自己所犯何罪，他毫不退縮地昂起頭，恭敬地回道：“臣不知！”
“既然你不知自己所犯何罪，朕就讓你知道你自己的罪行！”唐高祖李淵命人將李逍遙所奏之事，折成一部分交予杜淹看了一遍。霎時間，杜淹整個人都愣住了，他沒有想到自己所做的事情居然被李逍遙調查的一清二楚，李淵見杜淹目瞪口呆的模樣，心知他知道了，再次出聲問道：“你可知罪！”
“臣知罪！”杜淹萎靡不振，兩眼無神的呆滯回道。
“知罪就好！”唐高祖李淵大喝一聲，道：“汝身為秦王府的幕僚，又是文學館學士，寒窗苦讀這麼多年，聖賢之道都被你遺忘了嗎？你居然沒有絲毫的阻攔，反而推波助瀾，其心可誅。朕念你年事已高，且為大唐立下不少功績，死罪可免，活罪難逃，逐出京師，發回原籍，永世不得入京！”
杜淹聽到唐高祖李淵對自己的懲罰，他心急如焚地看向了李世民，卻見他給自己使了一個眼神。頓時，杜淹就明白了李世民的意思，他無奈地暗歎一聲，然後恭敬地回道：“謝皇上不殺之恩！”
隨著李淵突如其來的旨意，朝中大臣根本就不知道到底發生什麼事情，唯有當事人知道事情的真相。秦王李世民也在顫顫驚驚的，他看見杜淹的責罰比王矽、韋挺的要嚴厲許多。雖然同是流放，但是李淵對待王矽、韋挺留有餘地，對於杜淹直接斷了他的前程，李世民擔心李淵知道這一切的黑手是自己暗中布局的，沒想到朝會結束後，李淵將李世民單獨留了下來。
秦王李世民心中更是擔心不已，他顫顫驚驚的來到了李淵麵前。頓時，李淵直接拿起手中的奏章丟在李世民的臉上，怒氣衝衝的大喝一聲道：“你這個逆子，居然真的能夠狠下心，你看看上麵寫的到底是什麼？”
秦王李世民強忍著臉上的疼痛，將奏章撿了起來，越看心中越是驚訝，上麵詳細地記載著他李世民在廢除太子的這件事的種種事情，就連杜淹與他暗中使計唆使寧州刺史前去玉華山仁智宮舉報等事情，還有他將那些人全部斬殺等等全部一一記錄在案，使得黑暗中的一麵全部都暴露在李淵的麵前，無處躲藏，也無法爭辯。
李淵大罵道：“朕在朝堂上沒有將此事公布出來，就是給你留了顏麵。若不是逍遙的功勞，朕到現在一直都會蒙在鼓裏，你這個逆子，居然栽贓陷害自己的兄長。朕給了你們公平競爭的機會，不是讓你為達目的不擇手段，殘害自己的手足。這件事，朕不打算再追究，要是再有下次，休怪朕不念父子之情；你就給朕安心的在府中閉門思過，沒有朕的旨意，任何人都不允許接見。若是發現有人前去秦王府，或者你與他人還有聯係，到時候一並清算，給朕滾出去！”
李世民忐忑不安地回道：“兒臣告退！”
“慢著！”李淵見李世民離去，他猛地出聲製止，嚇得李世民整個人都傻了，他以為李淵改變主意了，想要將自己治罪。沒想到，李淵猛地大喝一聲：“將這個也帶走，朕不想對著它！”
李世民匆忙的將奏章整理出來，快速地離開了此地，他在朝堂上就發現李淵看自己的目光與之前的大不相同，仿佛心中的怒火一直壓抑著。如今，他被李淵劈頭蓋臉的責罵一番。如果不是李淵不願意將此事再次腦大，人盡皆知的話，那他皇家的顏麵何在，隻能強壓心中的怒火，使得李世民逃過一劫。
李世民暗中布局陷害李建成的事情，東窗事發被李逍遙知曉，而且上奏給李淵，他將一切的過錯全部歸於李逍遙的身上。若是沒有李逍遙橫插一腳，李建成必定會被遣送出京，送往蜀地成為蜀王，到時候他的計劃就會圓滿成功，沒想到到頭來一場空，功虧一簣，使得他自己賠了夫人又折兵。
李世民陰冷的笑了笑，暗暗地發誓道：“逍遙，本王與你勢不兩立，你給我等著，本王必定會卷土重來！”
於是，楊文幹事件牽扯出來的事情就這麼結束了，而李世民東窗事發後直接被李淵下了禁足令，沒有他的聖旨，不得出府半步，就連他麾下的將領全部都不允許踏入秦王府半步，違令者殺無赦，使得李世民隻能留在府中，不敢再與外界之人取得聯係，隻能在府中修生養性。