唐高祖擔心李建成等人去世，會造成朝野動蕩不安，為了進一步促使李逍遙登基為帝，不受任何的幹預。他任命秦王府麾下宇文士及為太子詹事，杜如晦為左庶子，高士廉與房玄齡為右庶子，秦王府舊臣虞世南為中舍人，褚亮為舍人，姚思廉為太子洗馬，大肆重用秦王府的舊臣，目的就是讓這些人與李逍遙相處融洽，使得大唐更加的繁榮昌盛。
接著，唐高祖李淵又大肆的加封逍遙王府麾下將領，秦瓊為左衛大將軍，又以程知節為右武衛大將軍，尉遲恭為右武候大將軍，右內副率張公謹為右武候將軍，右監門率長孫安業為右監門將軍，右內副率李客師為領左右軍將軍；還加封太子及秦王麾下將領，左虞候段誌為驍衛將軍，副護軍薛萬徹為右領軍將軍。
太子李建成、秦王李世民及齊王李元吉的餘黨流散逃亡到民間，雖然朝廷連續頒布赦免令，他們仍然感到內心不安，圖謀僥幸獲利的人爭相告發捕捉他們，以此邀功請賞。諫議大夫魏徵將這種情況告訴了太子李逍遙。於是，李逍遙首次以太子的身份，頒布太子令曰：“六月四日玄武門之變以前與東宮、秦王府及齊王府有牽連的人、六月十七日以前與李瑗謀反有牽連的人，一概不允許相互告發，對違反規定的人以誣告罪論處。”
太子令頒布一個月後，李逍遙擔心之前的人心中還有所芥蒂，就派遣諫議大夫魏徵安撫崤山以東地區，並且給予魏徵他見機行事，先斬後奏的權力。諫議大夫魏徵來到磁州的時候，遇到州縣枷送前任太子千牛李誌安、齊王護軍李思行前往京城。
他們兩人看見魏徵，就準備遠遠地逃遁而去，卻被魏徵所擒。他見眾人惶恐不安，尋思道：“我奉命出使的時候，對原來的東宮與齊王府的屬官已經一概赦免，不予追究。現在又押送李思行等人，那麼誰會不對赦令產生懷疑呢！雖然朝廷為此派遣了特使，又有誰會相信他呢！我不能夠因顧慮自身遭受嫌疑，便不為國家考慮。何況我既然被視為國中才能出眾的人士而受到禮遇，怎敢不以國中才能出眾人士的本色來報答太子呢！”
於是，他將李誌安等人一律釋放。此事，魏徵沒有絲毫的隱瞞，毅然決然的上報給朝廷，李逍遙得知此事後，不僅沒有絲毫的怪罪，還大加讚賞魏徵機智過人。隨後，李逍遙一紙詔令讓魏徵將之前流放的王矽和韋挺召回，重新錄用，唯有杜淹依然在外流放；還任命秦王府的將領屈突通、屈突蓋為陝東道行台左、右仆射，鎮守洛陽。
屈突蓋得知李逍遙不盡前嫌，不僅沒有怪罪自己賣主求榮，還重新重用，願意誓死追隨李逍遙；屈突通得知李逍遙的詔令來到他的麵前時，他都無法相信李逍遙如此寬宏大量。但是，屈突通知道這一切都是拖了自己弟弟的福，不然不會重新被朝廷重用。
至於逍遙王府的其他人等全部都被唐高祖李淵賞賜，擔當朝中重要職位，並且兵權也交給了李靖手中，就連逍遙王府的家丁都成為皇宮大內的侍衛統領，地位水漲船高。‘曉’組織中的餘下之人，也全部都被李逍遙冊封，成為東宮宿衛，他們也是真正第一次走上台麵，李逍遙成為太子後，組織就被解散了；但是形成了新的機構，成為直屬於皇上的獨立部門，表麵上是東宮宿衛，實際上是監察百官的官職，而這支機構由伍氏兄弟兩人掌管，伍氏兄弟被百官暗地裏稱之為‘黑白雙煞’。凡是被他們兩人抓住的官員，無論是職位高低，還是達官貴人一律嚴懲不貸，甚至是原本是同僚的大臣們，隻要犯事的把柄被他們兩人抓住，那根本就沒有任何的情麵可將。
由於朝中在無人能夠與李逍遙相抗衡，百官對李逍遙的能力也是心悅誠服，眾人都在期待著李逍遙登基的那一天。時間悄然而逝，李逍遙早已將原屬於太子李建成、秦王李世民、齊王李元吉等人勢力全部拉攏至自己身邊，為了考慮平衡，他也重用了這些人，避免逍遙王府舊部一家獨大。若是不及早處理，對於日後的大唐皇上就留有很大的掣肘。
公元六百二十六年九月三日，唐高祖李淵頒布製書，在紫宸殿中宣布，將皇帝位傳給太子李逍遙，自稱為太上皇，仍然居於大內皇宮正殿——太極殿。李逍遙聞之大驚，他反複拒絕，卻被李淵強逼著接受。李淵這些年來，他已經身心疲憊，隻想早點退下皇位，好生休息一下。於是，李逍遙接替皇位後，唐高祖李淵就將李逍遙與長孫秀敏所生的李昇等孫兒全部帶在自己的身邊，終日逗孫為樂。
高祖頒布傳位製書的第二天，即武德九年八月初九甲子日，太子李逍遙在東宮顯德殿即皇帝位，是為唐太宗，並大赦天下；李逍遙冊立長孫秀敏為皇後，一國之母，掌管後宮，是為文德皇後，李昇為皇太子，入主東宮。李逍遙汲取唐高祖李淵在位的教訓，就是一直沒有確定太子之位人選，導致手足相殘。於是，他就早早的將李昇立為太子，重點培養。
由於李逍遙在大唐初建時，為大唐立下赫赫戰功，文治武功皆是曆史少有；登基之後，李逍遙在位期間更是大漲闊斧的改革，重視商人的地位，打擊地主以及貴族層級，使得百姓安居樂意，人民豐衣足食，國運昌隆。並且，李逍遙在即位第二年，也就是正月初一乙酉日改元號‘太平’，史稱“太平盛世”。