對於“陰陽”本義之來源，現代人有多種解釋：有人認為“陰陽”來源於太陽的向背等自然現象，有人認為“陰陽”來自男女生殖器官，還有人認為“陰陽”取材於《周易》的陰爻陽爻……眾說紛紜，無有定論。而且，由於古文獻的缺少，更由於現有的古文獻的淆亂，以至於對具有哲學深意的“陰陽”觀念在何時出現也有爭議。梁啟超先生曾對《詩》、《書》、《儀禮》、《易》四經中的“陰”、“陽”兩字進行過徹底的考察，認為這些典籍中“所謂陰陽者，不過是自然界中一種粗淺微末之現象，絕不含何等深邃之意義。陰陽二字意義之劇變，蓋自老子始”梁任公：《陰陽五行說之來曆》，《古史辨》第五冊下編（上海書店影印本第四冊）。。但呂思勉先生對此提出批評：“此篇（指梁文）之誤，在過信經而疑傳”，並指出“陰陽”觀念蓋導源於原始宗教。呂思勉：《辯梁任公〈陰陽五行說之來曆〉》，同上。以筆者管見，“陰陽”思想來源於古人的生命體驗。古人認為萬物皆來源於生命大本，生命大本通過兩種根本的相對之力以生物的思想也應同時有之，隻不過當時不一定是以“陰”、“陽”二字將其表征。在文字未發明之前，最有可能的就是用《周易》中的陰爻、陽爻兩種符號表示。我們應該將“陰”、“陽”二字的出現，與“陰陽”思想的出現區別開來。譬如，我們心中有一種體驗，但一時無法用言語表達出來（這是常有的事），並不是說我們心中當下就沒有那種體驗。況且古人書寫極其困難，一些觀念思想大多口耳相傳，所以“陰”、“陽”二字見之於文獻或許較遲。但是如果伏羲畫八卦的傳說有一定事實基礎的話（即便此事不是真的，八卦卦體的出現應在文字出現以前，這是誰也無法否認的事實《中國學術名著提要》：“近幾年來，隨著考古的發現，人們從殷商甲骨文、青銅器銘文的‘奇字’上，發現了筮數與《周易》八卦的聯係。人類創造文化有一通則，即先有體驗之意，再有表現體驗之象。陰爻陽爻是符號之“象”，它們不是表現陰陽對待的意思又是表現什麼呢？古人將兩種簡單的符號搭配組合，以此預示人類對自然的和人事的變化的體驗。如此思維，已經脫離具體的物象，而帶有一定抽象哲學的意味。當然，古人的陰陽觀念也應有個逐步發展逐漸明晰的過程。最初的陰陽觀念肯定與卜筮、祭禮等宗教有關，多少帶些神秘色彩，這恐怕是哪個民族文化在草創階段都避免不了的。但我們不能因此，就定“陰陽”是妖孽而將其一筆抹殺，此觀念多少也記載著古人對生命體驗的成果。《漢書·藝文誌》說九流之學皆出於王官，也就是說，諸子學說均導源於原始哲學。而原始哲學來自原始宗教，這是當今學界的共識，也為世界各民族哲學史所證明。諸子之學於原始哲學中各取所需，這就出現了莊子所形容的“道為天下裂”。儒家最重實際的人生，故對相對比較玄虛的“陰陽”談得很少，《論語》中不見“陰陽”也可以理解。孔子也不是一點兒都不談陰陽，在《周易》之《彖》、《象》（這兩部分，定為孔子所作最為可信）中提到陰陽：《乾》初九《象》曰：“潛龍勿用，陽在下也。
《坤》初六《象》曰：“履霜堅冰，陰始凝也。”此兩處的陰陽明顯富有抽象意味。《周易》雖說是儒家經典，其實是中國古代文化的源頭，其卦體本身就含有陰陽思想，而孔子給學生上課，故不得不講“陰陽”。道家崇尚自然，多講抽象的玄理，故《老子》曰：“萬物負陰而抱陽。”由孔子、老子提到“陰陽”而又談得很少這一事實，我們不妨作兩點推測：一是在孔子、老子之時，應該還有大量的方士巫師在談“陰陽”。《漢書·藝文誌》中列入陰陽五行家者占總篇數的十分之一還強，與此等書同一性質者恐占四分之一到三分之一。見梁任公《陰陽五行說之來曆》。這些不能都是偽書，至少說明在孔子、老子之時，民間定有大量方士巫師存在。他們自有他們的傳係，筆錄之於冊便有《漢書·藝文誌》中提到的那些陰陽家著作。他們談“陰陽”，可能影響到孔子、老子，所以孔子、老子也偶爾論及。二是當時人們還沒有將對宇宙生命之根本二力的體驗凝聚於“陰”、“陽”二字，所以在孔子的《彖》、《象》中言“陰陽”，也言“剛柔”、言“動靜”；在老子《道德經》中言“陰陽”，也言“牝牡”、言“剛柔”。但到了戰國時期，《郭店楚簡》的《太一生水》中明白地提到哲學意義上的“陰陽”。莊子直稱：“《易》以道陰陽。”《莊子·天下》。《周易》的《係辭》、《文言》、《說卦》中已有大量的“陰陽”二字出現。但此時，儒家還是側重講人事，道家還是側重講天道。直到鄒衍，才將“陰陽”與“五行”結合，“陰陽”、“五行”之說才大興於世。關於“五行”的起源也頗有爭議。梁啟超先生認為《尚書·洪範》中的“五行”沒有絲毫哲學的或學術的意味，《墨子·經說下》中的“無常勝”也極平實雲雲。呂思勉先生著文辯之，樂調甫先生也與之商榷。見梁任公《陰陽五行說之來曆》、呂思勉《辯梁任公〈陰陽五行說之來曆〉》、樂調甫《梁任公五行說之商榷》，三文俱在《古史辨》第五冊下編（上海書店影印本第四冊）。筆者以為古代“五行”思想也起源於人的生命體驗，但有一個發展過程。說商周時期無鄒衍、《呂氏春秋》之“五行”說則可，說商周時期本無“五行”思想則不可。倘若商周時真無此思想，那麼到鄒衍、呂不韋時豈不是憑空臆造？生命世界本來就顯示著相生相克之理，人類通過對自然與人事的生命體驗，應該說不難察覺。隻是將這相生相克之理顯之於五種代表性的物象，則是一個漫長的過程。由於現存資料的缺乏，對這一過程我們隻能存而不論。而《尚書》中的資料所顯示出來的已是成熟的“五行”思想了。《尚書·洪範》：“一，五行：一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。水曰潤下，火曰炎上，木曰曲直，金曰從革，土曰稼穡。潤下作鹹，炎上作苦，曲直作酸，從革作辛，稼穡作甘。”將五種物質排列在一起，指出它們的性質和作用，其中就暗含著相生相克的生命之理。不然，為什麼恰恰隻說此五種而不是別的什麼呢？由此可解《尚書·甘誓》中大禹將要征伐有扈氏的一段誓師之詞：“有扈氏威侮五行，怠棄三正，天用剿絕其命。