獨立學院的舉辦高校、社會力量以其有形資產與無形資產入股後，存在著明確各自的所有權、持有的股份數或持股比例以及承擔的應盡責任與義務的問題，需要采取所有權與經營權分離的方式進行；在經費使用上要強化監督，如通過政府部門介入獨立學院經費管理機製，宏觀地掌握獨立學院的經費使用；同時，在獨立學院內部運作中要建立健全資產投入、清算、監控等一係列製度，保證原始資本與增值資產合理地用於與高等教育發展直接相關的行為。
2．建立合理融資機製
在沒有政府財政撥款注入，經費隻能依靠自身運作籌集的情況下，獨立學院必須廣開渠道吸納資金，促進辦學良性循環和可持續發展。獨立學院可以認真研究市場情況，通過製定優惠政策吸引相關的組織和個人對其進行投資，在格局上形成社會或個人投資、政府出資、教育貼息貸款、個人或企業讚助、學生交費等多元籌資渠道，解決資金短缺難題；也可嚐試創新獨立學院的籌資模式，實行資產證券化、聯合發行教育債券、組建教育基金、發行教育彩票等方式吸收社會資金，形成良性資本運作模式。
二、探索產學研合作機製
獨立學院從產生到發展，其各個方麵都會存在社會認同的問題。無論是獨立學院本身還是獨立學院的教師，都會有一個產學研結合的“磨合期”。
在這期間，獨立學院和區域內企業的合作隻能停留在“試探”這一步，實質性的合作不多。獨立學院產學研合作更多的是獨立學院內部的一部分教師個人的信譽所帶來的。因此，在獨立學院的學科基礎相對較薄弱的情況下，如何加強與區域經濟的融合，如何加強與企業的合作，是關係獨立學院發展十分重要的問題。
（一）創新產學研合作模式
產學研合作模式形式非常多，包括技術轉讓、技術谘詢、技術服務、合作開發、委托開發、共建研發機構、共建聯營企業、共建學院、人才交流、人才培訓、信息交流、共同組織重大項目的投標和技術引進等。對於獨立學院來說，開展高層次、高水平的產學研合作條件尚不成熟，但針對獨立學院立足於區域經濟發展這一特點，產學研合作模式可以在以下幾個方麵實現創新：
1．互補性合作
企業、獨立學院各自需要什麼？基於兩者的需求進行互補。獨立學院可在企業建立科研、實習基地，聘請企業人士加入學校谘詢發展委員會、專業指導委員會等，進一步提高人才培養質量；企業可在獨立學院建立研發中心，吸收獨立學院的畢業生，進一步提升企業的競爭力。
2．項目合作
通過獨立學院出人、企業出錢的方式進行合作，也可以聯合申報項目，通過項目合作，提高獨立學院在區域的影響力；同時通過合作可以加深與企業的溝通，為進一步合作奠定基礎。
3．共同培養人才
如學院與企業開展“訂單式”人才培養，由學院招生和主要負責理論教學，企業負責實踐培養，畢業後直接到企業就業。學校拓展了學生就業，企業解決了人才來源。此外，獨立學院還可以在專業的設置和調整、教學計劃的製訂和修改、教學的實習和實訓等方麵充分發揮用人單位的作用，使學校的培養方向與社會的需要協調一致。
4．技術谘詢、掛職鍛煉
獨立學院的教師可以通過進入企業開展技術谘詢或者專業講座，為企業解決技術上的難題，也可通過掛職鍛煉的方式在一定時期內進駐企業，利用智力優勢開展服務，提高獨立學院的知名度。
（二）協調產學研合作的主體關係
獨立學院承擔著應用型人才培養的主要任務，而產學研合作教育是實現應用型人才培養目標的基本途徑。獨立學院參與到產學研合作過程中，作為主體要與企業發生直接關係，必然要注意協調好與企業的關係。
1．更新合作觀念
獨立學院以新機製和模式辦學，應當更新觀念，充分重視產學研合作，實行全新的人才培養模式。在與企業合作過程中，不能隻考慮學校受益，要樹立以服務求支持、以雙贏為宗旨的理念。