想不到自小在上海這個花花世界長大的葉企孫，對在山地奔走與叢林爭鬥缺乏應有的經驗，此次沒能騎上虎背，卻猛地撞到了傅斯年的屁股上。民間有雲，老虎屁股摸不得，這一撞不是不要緊，而是要緊得很，一下使得草木驚悚，蹲在山坳裏守望待機的傅斯年發出了衝天怒吼。
7月下旬，中央研究院總辦事處辦事員劉次簫在致傅斯年的信中附一消息說：“葉先生函商院長聘陳寅恪先生為專任研究員，月薪六百元外加暫加薪四十元，院長已批準照辦。俟葉先生將起薪月日函複核，聘書即當寄貴所轉寄桂林也。”【21】
這一突然而至的消息，令傅斯年“甚為詫異”，心想自己並沒有收到陳寅恪馬上來李莊的信函，又沒有變更此前的意見，“何以忽然有此？”盡管傅心中不甚痛快，但想到信中有“寄貴所轉寄桂林”一語，稍感釋然。按傅的打算，待聘書一到李莊，即將其壓下，而後再修書與葉企孫理論不遲。大出傅氏意料的是，7月31日又突然接到中研院辦事處職員王毅侯信，告之曰：“發寅恪兄聘書已辦好，企孫兄函囑徑寄桂林，免得轉遞之煩。並雲1月至5月領薪由院保留作抵消旅費之一部，弟本日寄寅恪一函，征其同意（函稿另紙抄奉）。”【22】
傅斯年看罷此信，如同憑空挨了一記悶棍，當場把信摔在地上，大喊一聲：“他憑什麼！”他跳將起來，晃動小山包一樣的軀體在室內來回轉圈，其狀甚似一隻剛剛被關進籠子的老虎，威中帶怒，又呈無可奈何狀。此前傅氏已說得非常明確，陳寅恪如任史語所專職，就必須來李莊，但陳氏尚未表態，自己亦未強行令其來川，兩邊當事者皆靜觀其變，以待形勢的發展，作為一個遠在重慶的中研院“閑曹”院長手下的總幹事，每天要處理的事務如此之多，何以迫不及待地跳將出來，踏著鼻子上臉，旁若無人地發號施令？如此不把自己這位“黃河流域第一才子”“孔子之後第一人”“學界大鱷”放在眼裏，這不是故意找練嗎？傅某不僅是史語所所長，而且還是前中研院總幹事，按照曆代王朝的章製法典，與葉企孫比起來，自己當屬太上皇級的高官大員，至少也是個“太上總幹事”。【23】有道是虎去山還在，山在虎還來，盡管自己大病在身，但還沒有行將就木，或者真的像孔祥熙之流期盼的那樣“快不行了”，說不定哪一天會百病俱痊，返老還童，再度躥出深山老林，笑傲江湖，號令中研院各路諸侯以威天下。如今，葉企孫竟公然蔑視自己這隻臥虎的存在，豈不是佛頭抹糞，犯上作亂？想到此處，傅斯年滿懷悲憤之情，提起如椽大筆，於8月6日向葉企孫發出了一陣連珠炮式的“聲明”：
一、弟絕不承認領專任薪者可在所外工作。在寅恪未表示到李莊之前，遽發聘書，而6月份薪起，即由寅恪自用，無異許其在桂林住而領專任薪。此與兄複弟之信大相背謬。
二、自杏佛、在君以來，總幹事未曾略過所長直接處理一所之事。所長不好，盡可免之；其意見不對，理當駁之。若商量不同意，最後自當以總幹事之意見為正。但不可跳過，直接處理。在寅恪未表示到李莊之前，固不應發專任聘書，即發亦不應直接寄去（以未得弟同意也），此乃違反本院十餘年來一個良好Tradition（傳統）之舉也。
三、為彌補寅恪旅費，為寅恪之著作給獎（或日後有之，彼雲即有著作寄來），院方無法報銷，以專任薪為名，弟可承認。在此以外，即為住桂林領專任薪，弟不能承認。
此事幸寅恪為明白之人，否則無異使人為“作梗之人”。尊處如此辦法，恐所長甚難做矣。弟近日深感力有不逮，為思永病費，已受同人責言。今如再添一個破壞組織通則第十條之例，援例者起，何以應付。此弟至感惶恐者也。【24】
信中提及的杏佛和在君，是指中央研究院最早的兩位總幹事楊杏佛與丁文江。
如此言辭激烈的戰鬥檄文做完後，傅斯年仍覺尚有千頭萬緒的複雜言語沒有盡情說出，於是繼續揮動大筆，以家長對孩子、老師對學生、長輩對晚生的口氣教訓、指導起來：
即令弟同意此事，手續上亦須先經本所所務會議通過，本所提請總處核辦。總處照章則（人事會議及預算）辦理。亦一長手續也。又及與此事有關院章各條文：
組織通則第十條“專任研究員及專任副研究員應在川研究所從事研究”；
組織通則第二條“本院各處所及事務人員之服務均須遵守本通則之規定”。
此外，間接有關者尚多，故領專任研究員薪而在所外工作，大悖院章也。【25】
傅斯年將一連串的“炮彈”傾瀉而出，憤懣之情漸漸緩解，心中生出了一股莫名的快感。他站起身，像一隻征戰歸來的虎之勝者，背著手在屋子裏轉了幾圈，突然覺得應該以最快的速度打消陳寅恪的念頭，否則將出現不必要的麻煩。於是傅再次坐到桌前，寫下了“總處所發聘書，乃假定兄到李莊者”【26】的電文，請管理圖書的助理員兼事務秘書那廉君連同信件一同發了出去。
8月14日，傅斯年的激憤心情已趨平和，經過理智思考，怕陳寅恪接到電報後產生誤會，“此固以寅恪就廣西大學之聘已解決，然或有得罪寅恪太太之可能”。於是又即刻修書一封，先是促陳寅恪盡速遷川，“瞻念前途，廣西似非我兄久居之地”，“若不早作決意，則將來更困難矣”。然後對自己不滿葉企孫發聘書之事，又向陳寅恪做了詳細說明和解釋：“此事在生人，或可以為係弟作梗。蓋兄以本院薪住桂，原甚便也。但兄向為重視法規之人，企孫所提辦法在本所之辦不通，兄知之必詳。本所諸君子皆自命為大賢，一有例外，即為常例矣。如思永大病一事，醫費甚多，弟初亦料不到，輿論之不謂弟然也。此事兄必洞達此中情況。今此事以兄就廣西大學之聘而過去，然此事原委就不可不說也。”【27】
陳寅恪接信後，於8月30日複信道：“弟尚未得尊電之前，已接到總辦事處寄來專任研究員聘書，即於兩小時內冒暑下山，將其寄回。當時不知何故，亦不知葉企孫兄有此提議。（此事今日得尊函始知之也，企孫隻有一書致弟，言到重慶晤談而已。）弟當時之意，雖欲暫留桂，而不願在桂遙領專任之職。院章有專任駐所之規定，弟所夙知，豈有故違之理？今日我輩尚不守法，何人更肯守法耶？此點正與兄同意也……以大局趨勢、個人興趣言之，遲早必須入蜀，惟恐在半年以後也。總之，平生學道，垂死無聞，而周妻何肉，世累尤重，致負並世親朋之厚意，唏已。”【28】
在信的附言中，陳寅恪補充道：“所中諸友乞均道念，如欲知弟近況者，即求以此函與之一閱可也。中山、貴大、武大皆致聘書，而中央大學已辭了，而又送來並代為請假（怪極）。弟於此可見教書一行，今成末路，蓋已不能為生，皆半年紛紛改行，致空位如此之多，從未見銀行或稅關之急急求人也。庾子山詩雲：‘何處覓泉刀，求為洛陽賈。’此暮年之句也。”【29】
陳氏不愧是傅斯年的莫逆之交，他已從傅信中解讀出“本所諸君子皆自命為大賢”的個中況味，為了不致引起諸位“大賢”的誤會，陳寅恪特以這種一切盡在不言中的方式，為傅斯年不動聲色地予以解困。陳氏出身家業正值興旺的名門望族，沒有破落大戶傅斯年那種自喻為“吾少也賤”的人生背景和複雜經曆，有人雲：“陳寅恪隻是一位兩耳不聞窗外事的書呆子式大師爾！”但通過此次對自己潔身自律，對世事的洞達明晰，以及為傅斯年巧妙解脫同人可能產生誤會所獻的移花接木之術，可見此言大謬矣！
陳寅恪這邊已得到安撫，重慶方麵的葉企孫迫於壓力，亦來信向傅斯年做了道歉式解釋，其理由大致是：梅貽琦在得知陳寅恪抵達桂林後，欲出川資招回這位史學大師繼續服務於聯大，以保存實際上的清華實力。葉企孫得知這一消息，既為中央研究院總幹事，自然要為中研院的興亡出謀劃策，為搶在清華之前抓住陳寅恪，才與朱家驊緊急協商，在得到朱的同意後，顧不得繁雜的典章製度，於匆忙中直接從重慶向陳寅恪發出了聘書。
葉的動機已經明了，傅斯年的“暴怒”之火卻未完全消解，他對葉的所作所為表示“盛意可感”之後，沒有就此打住，而是在複信中不厭其煩地大談清華、北大與中研院發聘書的不同，謂“此次清華發聘，係繼續舊辦法；本院發聘，是更改舊辦法”。言外之意是中研院的辦法要比你們那個清華大學先進和高明得多，你作為現任中研院的總幹事何以不明二者之高下？又謂“若當時兄囑毅侯兄去信時，末了寫上一筆‘盼大駕早來李莊，為荷’，弟亦不至著急矣”。言語中似乎仍是抓住不放，且不依不饒。最後，傅斯年表示“為國家保存此一讀書種子”，還是要聘請陳寅恪就任史語所職，並以長者或老子輩對待孫子的架勢，指令葉企孫再給陳寅恪發一聘書，傅在信中親自列出了聘書的文字格式：
專任研究員暫適用兼任研究員之待遇
月薪一百元外?暫加薪四十元
注：此為十年相沿之公式（最初“為適用特約待遇”）。有換文，兩方輪轉，後來不轉了。如改此式，恐須先在本所所務會議中一談，弟覺此式似可不必改也。
有此暫加薪否，由兄決定（彼接了廣大之聘而言，薪水甚少)。【30】
葉企孫接到傅斯年的指令，甚感不快，回想自己在清華的地位與勢力，曾幾度出任代理校長，掌管清華一切事務，就連德高望重的梅貽琦也讓著幾分。而今身為中央研究院一人之下的總幹事，居然連發個兼職人員聘書這種小事也要由“太上總幹事”親自授命，真是莫大的恥辱。想到此處，葉企孫臉呈紫紅色，憤怒地當著總辦事處工作人員的麵大聲說道：“傅斯年此人太過於high-handed（霸道）了！”【31】遂把傅信棄之一邊不再理會。盡管傅斯年“氣魄大，要錢、花錢，都有本領”，且在別人看來“曆來的總幹事，都敬重他而又多怕他”（董作賓語），但葉企孫卻不吃這一套。他敬傅而不懼傅，心中有自己的主張，見傅斯年來勢凶猛，大有不依不饒之勢，於心灰意冷中理智地采取了敵進我退，惹不起躲得起的戰略戰術，萌生了掛起烏紗帽一走了之的打算。盡管在傅斯年的遙控、指揮、施壓下，葉企孫最終還是給陳寅恪寄發了“兼任”的聘書，但從此不再過問此事，至於陳寅恪是走是留，是死是活，一切都與他無關了。
1943年1月16日，借梅貽琦赴重慶辦理公務之機，葉企孫與之進行了密談，二人商定葉可於夏秋離渝返昆，重操舊業。當天的梅氏日記有“午飯後與企孫久談”，“特種研究所將來並入各係。企孫明秋可返校”之語。【32】當然，這些談話都是背著朱家驊與翁文灝等人，秘密進行並達成協議的。同年8月，葉企孫不顧朱家驊再三挽留，堅決辭去中央研究院總幹事職，返昆任教。葉辭職的公開理由是自己“覺得長期脫離教書，不合適”，“當初離開昆明時，是向聯大請的假，按當時規定不能超過兩年”雲雲。但據葉的家人（侄女）說，其叔父在中研院的同事曾向她透露，最主要的一個原因則是“跟傅斯年合不來”。【33】許多年後，葉在中研院的助手何成鈞證實了這一說法，並謂：“葉企孫有東南大學（後並為中央大學）、清華大學與美國學術機構的人脈背景，當時的中央研究院十幾個研究所，人員大多都是這個係統的。葉人緣好，處事公道，很得這些所長與研究人員的歡心。而傅斯年是北大與歐洲係統的人物，這個係統在中研院的人數並不多，傅之所以能在此立腳，還有些作為，就是靠他性格中具有的山東響馬與水泊梁山好漢們那股敢打硬衝的狠勁。但他那一套不是很受人歡迎，葉先生就曾親自跟我講過傅斯年太過於high-handed（霸道），不能跟他共事等話。據說傅斯年到了台灣也還是很high-handed，這是他本人性格決定的，是沒辦法改變的事。葉辭職後，由留法博士、生物物理學家李書華繼任。1945年，李辭職，朱家驊聘請著名物理學家薩本棟出任中研院總幹事兼物理研究所所長。”【34】
◎ 李莊不複見
對葉企孫流露的不滿情緒和消極的工作態度，時在李莊的傅斯年有所風聞但並未放在心上。他在板栗坳山中那幾間土木結構的屋子裏，全力經營史語所並繼續遙控中央研究院各項事務的同時，仍沒有忘記陳寅恪的存在，多次去信勸其離桂遷川，速到李莊共襄大業。此時的陳寅恪夫婦則是貧病交加，難以成行。在傅的一再催促下，陳寅恪於1943年1月20日致信傅斯年道：“弟所患為窮病，須服補品，非有錢不能愈也。奈何奈何！”次日淩晨，陳氏繼續前一日因病情未能寫完的信，再道：“若如來示所雲，弟到李莊薪津約月千七百元，不識（知）何以了之也。弟明知如此非了局，然身體關係，省則病或死，未知如正式薪水之外，有何收入可以補貼日用（弟今則賣衣物為生，可賣者將賣盡矣，因怕冷不能賣皮衣棉被，皮鞋則早賣矣）。因無一解決之法，遂不得不采取拖延之法。”【35】
寫這封信的時候，陳寅恪尚不知，就在他為了生計不得不賣掉腳上穿的一雙皮鞋時，在李莊的傅斯年也開始了賣書生涯。據時在史語所工作的屈萬裏與傅斯年的侄子傅樂成等人回憶，在生活最困難的時候，傅斯年每餐隻能吃一盤“藤藤菜”，有時隻喝稀飯，實在接濟不上，就賣書度日。傅斯年嗜藏書，平日之積蓄，幾乎全部用在了買書上，可以想象，不到萬不得已的時候，他是不肯賣書的。而每當傅忍痛賣書換來糧食，除解決自家的燃眉之急，還要救濟史語所的下屬朋友。史語所董作賓家庭人口最多，遷往李莊後，生活幾無保證，傅斯年便拿賣書的錢給予接濟。麵對全所人員越來越艱難的生活和生存條件，向來不可一世、“目空天下士”的傅斯年，也不得不低下高傲的頭顱，忍辱負重，與當地政府飽暖終日的官僚交涉周旋，有時不惜打躬作揖，以求援手。據傅斯年留下的遺物顯示，在李莊期間，他曾用當地出產的竹紙，親筆給駐宜賓的四川第六區行政督察專員兼保安司令王夢熊寫過一封求助的長信，信曰：
請您不要忘記我們在山坳裏尚有一些以研究為職業的朋友們，期待著食米。……
敝院在此之三機關（曆史研究所、社會科學研究所、人類學研究所)約（需米）一百石，外有中央研究院三十石，兩項共約一百三十石，擬供之數如此。……夙仰吾兄關懷民物，饑溺為心，而於我輩豆腐先生，尤為同情（其實我輩今日並吃不起豆腐，上次在南溪陪兄之宴，到此腹瀉一周，亦笑柄也)，故敢求之於父母官者……【36】
此種窮愁、繁忙的工作環境和生存壓力，使傅斯年的高血壓病再度發作，白發劇增。他曾無限感慨地對史語所青年學者們說：“我沒有經過中年，由少年就跳到老年了！”【37】而這個時候的陳寅恪在致傅斯年的信中，似也不甘落後地道：“弟近日頂發一叢忽大變白，此憂愁所致，他日相見，與公之白發可互兢（競？)矣！”【38】陳氏的言談盡管包含了中國文人依靠精神的力量，舐血療傷、化解悲情的自謔氣度，但仍令人為之心酸。
正是鑒於這樣的生活困局，傅斯年才於1942年的8月力勸陳寅恪遷川，並毫不客氣地指出：“兄昔之住港，及今之停桂，皆是一‘拖’字。然而，一誤不容再誤也。目下由桂遷眷到川，其用費即等於去年由港經廣灣到川，或尚不止，再過些時，更貴矣。目下錢不值錢，而有錢人對錢之觀念，隨之以變，然我輩之收入以及我們的機關之收入，尚未倍之，至多未三之也。”【39】傅斯年所言不虛，戰前每月支350元之教授，戰後按當時生活指數折合，隻相當於13.60元，而越往後其指數越少，幾乎形同一堆廢紙。這個變數陳寅恪當然清楚，早在西南聯大時，他就有“淮南米價驚心問，中統錢鈔入手空”【40】的詩句，以形容當時的窘境。
麵對錢已經不再值錢，物價一日三漲，“中統錢鈔入手空”的殘酷現實，在傅斯年等人的提議下，中央研究院總辦事處決定不再發放廢紙一樣的錢鈔，而是直接發放實物。1943年3月1日，史語所每個職員都接到了一張由會計室送達的表函，上書“頃接總辦事處函，關於教職人員及工役食米，擬依據需要發給實物，前規定表式，即請盡速填寄處”【41】。想不到通行了幾千年的貨幣製度，如同滾滾流動的江河之水，終於在戰亂和社會劇烈動蕩的雙重擠壓下宣告枯竭，幹枯的河床再度翻起了漫天泥沙，社會流通機製又無可奈何地回到了遠古以物易物的原始時代。隻是史語所同人遠沒有原始的先民幸運，以殫精竭慮的研究成果換來的物質，隻是一點兒少得可憐的散發著黴爛氣味的大米。
既然史語所的研究人員與家眷維持性命的隻是一點兒黴爛大米，後果可想而知。很快，越來越多的人染上了疾病，竟至一病不起，甚至登上了閻王殿的鬼錄。經常與傅斯年唇槍舌劍並總占上風的史語所“第一勇士”董同龢，當年結婚時的皮鞋、西裝早已賣掉，隻穿褲衩和一雙自製的草鞋度日。1943年6月2日，他致書傅斯年曰：“同龢之子及妻先後患痢，適值本所醫師離所，聞本年曾訂有臨時輔助法，茲同龢之情形未悉仍能適用否，懇請設法予以救濟。”【42】
救濟之說無從談起，董的請求也自然成了廢紙一張。1943年9月23日，在所內主持工作的董作賓向在重慶參加會議的傅斯年拍發了急電：“（汪）和宗夫人產一女，夏作民（南按：作銘，即夏鼐）先生病，陳文水君之小孩已夭折。”【43】一個月之後的11月11日，史語所人類學組主任吳定良再次致電傅斯年：“弟目前經濟處於絕境，小女之醫藥費擬向紅十字會輔助研究院經費中申請，懇請吾兄予以惠助。”【44】董與吳的電報，皆在懇請傅斯年盡快設法改換醫生和購買藥品，以扼製病魔的大規模侵襲。身在重慶焦慮不安、坐臥不寧的傅氏尚未想出解決辦法，史語所研究員勞榦的母親又去世了。