這樣，太平軍經營多年的水師毀於一旦。一年多西征的成果也被葬送掉了一半。
占領武昌城後湘軍充分暴露了他們殘忍、暴虐、嗜殺的特點。曾國藩也把他曾剃頭、曾屠戶的名號發揮得淋漓盡致。當天他便親自下令，對敢於反抗的太平軍和居民一律剜目淩遲。而羅宗南甚至誘迫和慫恿他的部下士兵生吃被俘太平軍的血肉心肝。武昌城內一時成了閻王的地獄。
當時，鹹豐皇帝正被太平軍攪得暈頭轉向，六神無主，不料湘軍竟能異軍突起，如此迅速而輕易地拿下武漢這個軍事重鎮。消息傳到北京時，他高興得簡直不知如何是好。
10月26日，當曾國藩的捷報送至鹹豐帝的龍書案前時，這位飽受太平天國困擾的天子欣喜異常，龍顏大悅之後，立刻下旨任命曾國藩為署理湖北巡撫。第二天，他還眉飛色舞，興衝衝地對軍機大臣祁雋藻說：“不意曾國藩一書生，乃能建此奇功。”祁雋藻聽後小心翼翼地進言道：“曾國藩不過一在藉侍郎，猶匹夫耳。匹夫居閭裏，一呼百應，恐非朝廷之福”。鹹豐聽了這番話後，立刻像被矢中的，很快從興奮中清醒過來。他沉吟良久，想起漢人掌握兵權，如果再讓他擁有地方實權，將來實在不好駕馭。弄不好還會像當年康熙年間的吳三桂、尚可喜、耿精忠一樣，為番作亂，於是嚴奉祖訓，另下一道聖旨收回成命，賞給曾國藩兵部侍郎的頭銜，辦理軍務，在以後的六七年間，也一直都是讓曾國藩處於客軍虛懸的地位，始終不肯授予他地方實權。
更為可笑的是在接到皇上賞給“署理巡撫”職務的聖旨時，曾國藩曾高興萬分，以為自己從此可以掌握地方行政實權，行兵募餉不再受地方官員的掣肘。但自己是墨絰（dié）出山，尚有母孝在身，如果自己毫不謙讓地接受了這個職務，怕遭別人恥笑。於是還假意推辭一番，說攻克武昌都是部下的功勞自己實在沒有什麼功績，接受這一職位實在內心有愧；另外母喪未過，自己如果遠就官職，恐怕會“外得罪於名政，內見譏於宗族”。因此，請皇上收回成命。然而，曾國藩的這一辭謝奏疏還沒送到北京。大夢初醒的鹹豐帝就已改變了主意，收回成命。接著，鹹豐又倒打一耙，說曾國藩在上奏時官銜後麵沒有署上巡撫，有違旨之罪，要對他“嚴行申飭”。
曾國藩辛辛苦苦攻占武昌，還不如遠遠觀望的荊州將軍和署理湖北都督楊霈。他們都得到重賞。而自己在受了一番嘲弄之後，又被莫名其妙地扣上了抗旨不遵的罪名，這不能不引起曾國藩的深思。一樁往事，又湧上他的心頭。
在自己由衡州出兵之初，由於湘軍糧餉缺乏，朝廷又不給銀錢，隻有自己想辦法籌借。向當地幾個有名的大官紳發出倡議書，希望他們能捐出一部分錢來，以解燃眉之急。
當時衡州城首富楊江向曾國藩提出條件：自己可以捐銀二萬兩，但曾國藩必須代他向皇上奏明，允許為他的祖父在原籍建鄉賢祠。並允諾事成之後再向湘軍捐五萬兩銀子。
楊江的祖父楊健是衡陽人，嘉慶年間中進士，授戶部主事，累官郎中，外任府、道、運司、藩司。道光初年，外任湖北巡撫，道光二十五年在衡州病逝。當時有人上奏請求讓他入祀鄉賢祠，道光皇帝因為他在任湖北巡撫時貪汙受賄，官聲惡劣而沒有允許。曾國藩當時也知道這件事，深知此事不可為。
但轉念又一想，現在軍情緊急，餉銀難得，道光帝又已換成了鹹豐帝，說不定皇上可以體諒。於是就上了一份奏折，以為自己純粹是為國家作的一時權變之策，皇心必能理解自己一番苦心。
但自己剛誓師不久，就接到皇上的一封上諭，說自己這種做法“大幹律令，革職嚴辦”，最後因為自己要率領湘勇北上剿賊，故改作降二級留用。
想到這裏，曾國藩心裏明白透亮了，皇上是信不過自己這個帶兵的漢人啊！從此，曾國藩看透了朝廷對他的猜忌心理，時時懷著警惕之心，處處謹慎言談、書信都小心措詞，深怕哪天會被什麼人抓住了把柄。