石達開向眾將分析：我們以險阻擊湘軍，已收成效，但要想破敵，就得出擊，而打出城池與曾妖硬拚並無把握。湘軍水師強大，我軍戰船數量不多，裝備也遠遜於彼。欲破湘軍，必先敗其水師；而破其水師，隻能智取。
諸將向石達開詢問智取之計。石達開說：曾妖的水師船隻有長龍、快蟹、舢板三種。長龍與快蟹都是大船，行動緩慢，不利於前鋒戰鬥，而利於指揮、運兵、運械；舢板行動輕捷，利於戰鬥。二者相互配合，取長補短，相得益彰，過去的幾仗，皆仗大小船隻的配合而取勝。今天我們用計讓二者分開，使其分則兩敗，才是破敵良策。
諸將又問如何方能使其大小戰船分開。石達開說：用計之事，我來布置。但自此之後，九江、湖口、梅家洲各軍隻許堅守。湘軍來攻，一概置之不理。聽我用計安排。
曾國藩幾番進攻，皆遭挫敗。休整了兩日，不見敵軍動靜。於是，再令各路出擊。諸軍因有前番的教訓，隻是遠遠地開槍開炮，不敢再涉險境。即使如此，九江等城，亦不見太平軍的任何反映，連冷槍也不打一發。各路軍馬折騰了兩天，疲憊地返回營地。入夜正要休息，湘軍水師的宿營江麵突然槍炮齊鳴，並有無數小船衝入江中，把火箭、火球射向湘軍水師船上。湘軍水師欲戰無從戰、欲睡無法睡。連續幾夜，弄得湘軍驚恐不安，將帥們心焦氣躁。
石達開見時機成熟，便開始用計。
鹹豐四年十二月十二日（1855年1月29日），一串四十餘隻的太平軍船隊突然出現在江麵上，這個情況被湘軍斥侯看在眼裏，報告給曾國藩。曾國藩立即與諸將商量對策。按照常規，湘軍水師遠勝太平軍水師多倍，他們不該出動四十餘隻船在長江上行動，既然行動，必有原因，曾國藩本應小心對付。但適逢湘軍既驕又躁之時，也不做深入推想。反正是石達開的船隊，出來了就得打。曾國藩也認為再無攻敵良策，不能失此機會，便命蕭捷三等率舢板一百二十餘隻攻擊太平軍船隊。
蕭捷三又氣又急，想衝上敵船消除連日的躁氣，命令湘勇快速追趕。太平軍的船隊都是輕便小船，見湘軍大隊來攻，也拚命前駛。雙方你逃我趕，比賽速度，轉眼劃至湖口。眼看就要追上，蕭捷三正準備命令前鋒開炮。隻見太平軍船隊向右一轉，一齊向鄱陽湖駛去。蕭捷三仗著自己的船多，不假思索，也指揮水師進了鄱陽湖。誰知湖口外連長江，內接鄱陽湖，入口極窄，如同一個大肚口袋的袋口。
雙方船隊進入鄱陽湖後，太平軍立即封住湖口水卡，修上工事，安裝大炮，將其死死地鎖在湖內。如此一來，湘軍水師被肢解為外江和內湖兩部分。留在長江水麵的長龍和快蟹大船，失去快船的護衛，完全陷入被動挨打的境地。
曾國藩等到傍晚不見蕭捷三的消息，正在焦急，突然有大隊太平軍船隻向湘軍水師攻來。湘軍的大船離開了舢板，猶如鷹隼失去了翅膀，在敵船的進攻中，隻能笨拙地移動。太平軍輕便的小船在湘軍的大船夾縫中，穿梭般劃來劃去，投出串串火把、火球。不一時，便燒毀湘軍大號船、中號船四十餘隻。曾國藩、彭玉麟仗著大船炮火猛烈，打得太平軍快船無法靠近，才免遭滅頂之災。
太平軍船隊勝利撤走後，曾國藩急忙調回在武穴養病的楊載福，又調回羅澤南、胡林翼各部，集中力量，再攻九江。就在羅澤南回九江的當天夜裏，即鹹豐四年十二月二十五日（1855年2月1日）夜間，太平軍對湘軍水師發動了更大規模的進攻。石達開命數十隻小船滿載各種火器，鑽入湘軍船隊中間放火延燒。當夜月黑風高，咫尺難辨敵我。太平軍小船夾在湘軍大船之間，大船的炮火完全失去效用。大火燃起，湘軍戰船紛紛向上遊逃跑。曾國藩的主帥船行動不便，落在後麵。太平軍認得這是湘軍統帥的船，便高呼：“活捉曾妖！”紛紛跳上指揮船，與曾國藩的親兵展開了白刃格鬥。太平軍蜂擁而上，親兵死傷越來越多。曾國藩眼看著船上的廝殺，自己無能為力，心膽俱裂，四肢痙攣，料想此次必死無疑。突然，他見到一名高大的太平軍戰士向他衝過來，便猛地推開艙門，跳入黑沉沉的大江之中。幸好一名貼身警衛發現了他，也飛身跳下，將他拖出水麵，送到正要逃跑的一條小船上，劃向江邊。