風水輪流轉，建業城轉眼間又該劉裕做大了。劉裕打仗生猛，在政治上也毫不遜色，他第一時間廢除了先前的弊政陋習，並以身作則，朝廷上下為之一新。司馬德文被桓玄強行帶走了，劉裕就拉出武陵王司馬遵總理朝政。
這頭再說桓玄。桓玄拉著司馬德文，被何無忌、劉道規一路攆到尋陽。眼看就要火燒屁股了，桓玄留下何澹之、郭銓殿後，自己則繼續跑路。在逃命之餘，桓玄還不忘寫起居注，詳細總結了這次失敗的教訓。（起居注記錄皇帝的日常生活，曆來都是宦官近侍記錄，像桓玄這種親自操刀的皇帝真是不多）
在起居注裏，桓玄把責任推得幹幹淨淨，責怪將軍們不聽號令，為了寫這本書，甚至沒工夫吃飯睡覺。書成後，桓玄還自費出版了數百本，供大臣們傳閱。這下，將軍們終於hold不住了，大罵桓玄狗屁不懂信口雌黃。桓玄集團分裂得更加厲害。
在桓玄寫日記的同時，尋陽江頭也在發生著一場血戰，何澹之剛留下就被何無忌堵在尋陽，因為戰場發生在江麵上，雙方都以水軍為主。何澹之為了迷惑對方，在“旗艦”上插了好多帥旗，司令部卻設在一條小船上。
帥旗迎風飄揚，很是惹眼，簡直是在示威。何無忌兩眼噴火，立即指揮部下攻擊這條賣戰旗的破船，部將們都說何澹之不在船上，打下來也沒用。何無忌卻說：“你們知道，不代表敵軍士兵們知道，一旦打下這條‘冒牌’旗艦，敵軍肯定士氣大跌。我們伺機進攻，必然大獲全勝！”
因為是假旗艦，何澹之並沒有在附近部署多少兵力，何無忌幾乎不費吹灰之力就把船開了回來，何無忌在上麵又差了好多旗，命士兵們大呼小叫：“我們抓到何澹之啦！貴軍趕緊投降吧！”
這一招果然奏效，荊州兵都嚇得四散逃命，何無忌一舉攻克湓口，進占尋陽，風卷殘雲般結束了戰鬥。前線接連慘敗，坐鎮江陵的桓玄又急又氣，趕緊率主力東行。其實，這個“主力”隻是相對前線而言，如今的荊州兵早已不複當年之勇，前幾次戰鬥，荊州兵幾乎損失殆盡，而桓玄新募的兵士穿上盔甲還不足一月，其戰鬥力可想而知。
桓玄任命苻宏（還沒死？）為梁州刺史，作為前鋒先行出發；派散騎常侍徐放為使，去招降劉裕。（真是病急亂投醫啊！劉裕不招降你就不錯了）
劉裕用實際行動表明了對徐放的態度，那就是向江陵進軍。不久後，兩軍相遇與崢嶸洲（在今湖北黃岡西北長江中的沙洲），劉道規手下隻有一萬人，而各路楚軍則有數萬人之眾，眾將都建議死守尋陽。劉道規怒吼道：“不行！現在敵眾我寡，如果我們逡巡不前，必會為敵軍所乘，退守尋陽？守得住嗎？！楚軍雖然人數眾多，但人心盡失，士氣不高，不如放手一搏，兵在精而不在多，隻要我們一鼓作氣，勝利必定屬於我們！”
桓玄打仗有個習慣：把旗艦停泊在大的戰船旁邊，以方便隨時逃命，這次也不例外。有這樣的主帥，楚軍士氣能高得了嗎？劉道規一麵放火，一麵進攻，士兵們奮勇爭先，大破楚軍，桓玄狼狽逃回江陵，狗頭軍師殷仲文見桓玄靠不住了，以集合潰散士兵為由投向了劉裕的懷抱。
經過這次慘敗，桓玄再也不幹了，收拾鋪蓋準備向西逃到漢中，結果當天夜裏城內發生了動亂，桓玄隻帶著一百多騎兵出城。就這可憐兮兮的一百多人還遭到了滅頂之災。路過城門時，守軍想要拿桓玄腦袋換酒錢，桓玄跑得快，僥幸逃脫，但侍衛們全部喪命。
桓玄帶著一大家子，向漢中進發，同時命令蜀地官員迎接。為擺脫劉道規的追擊，桓玄精心挑選了一條逃亡路，從貴州一帶入雲南，北上入蜀。正是這條路，斷送了桓玄的小命。