第二年（公元411年）正月，劉裕班師回朝，受到了英雄般的熱烈歡迎，劉裕搖身一變，成了東晉的大恩人，兩個月後，被朝廷任命為太尉，正式接管東晉的軍政大權。但有件事，有個人，劉裕必須要麵對。
那就是劉毅。劉裕對這位患難兄弟一直懷有很特殊的感情（別想歪了呦），都說戰場上錘煉出來的戰友情是最牢固的兄弟情，但賭場上也不例外，要是沒有何無忌和劉毅經常資助（主要是何無忌，劉毅家裏也窮的要命），劉裕早被大卸八塊了。
“京口三賭友”中，何無忌戰死，劉裕就把對何無忌的兄弟情全盤加到了劉毅身上。細數劉毅的罪狀：抗令不遵，結黨營私...隨便一條都夠他死上八回的。但劉裕從未下罪，甚至連輕微的責怪都沒有。恰恰相反，劉裕還許他荊州半壁江山。
戰亂已平，是到兌現承諾的時候了，劉裕說到做到，讓劉毅都督荊、寧、秦、雍四州，兼任荊州刺史，也就是說，尋陽以西的國土全部由劉毅治理——這已經遠遠超出了先前的許諾。
劉毅笑嗬嗬地收下了這份大禮，並向劉裕索要劉敬宣，讓其擔任南蠻長史。劉敬宣誰都惹不起，就跑去問劉裕怎麼辦。劉裕哈哈大笑道：“老兄你就安心地上路吧！兄弟我一定不會虧待你的！”有了這句話，劉敬宣才接受任命。
可惜，劉毅並沒有見好就收，荊州早無戰事，劉毅吃飽了沒事幹，就常常向左右發牢騷，一開口就是生不逢時，不能和劉邦項羽那樣的英雄逐鹿中原雲雲。言外之意就是你劉裕不行，和我差遠了。時間一長，劉毅開始想著怎麼把牢騷變成現實。
為此，劉毅注意結交朝中的讀書人，暗暗積蓄實力。劉裕不喜歡讀書，對讀書人也不感冒；而劉毅不同，他滿腹經綸，學富五車，除了不會打仗，氣量小點，其他方麵都不比劉裕差。於是乎，朝中有文化的士子都交好劉毅，喜歡聽他胡亂吹牛皮。
在建業磨蹭了一個多月，終於到了出發的日期。遠行之前，劉毅上表請求回京口祭祖，劉裕和劉毅兩人同住京口，論輩分，劉裕還得管劉毅叫哥。於是，劉裕不僅答應，還提出陪堂兄一同前往。部將孟藩問劉裕：“將軍覺得劉毅會甘心做為您效力嗎？”
劉裕沒有回答，而是陷入了長久的沉默中，然後淡淡問道：“那該怎麼辦？”孟藩接著
將軍不擅長的，正是劉毅引以為傲的所在，如今他結交白麵書生，恐怕就是為以後造反做準備，不如早點除掉他，以絕後患！”
劉裕長歎一聲道：“天要下雨，娘要嫁人，隨他去吧！”
劉毅剛到江陵，就大刀闊斧地開始了準備工作，首先是大規模的人事調動，荊州官員幾乎被大換血，直接的人事安排就有一萬多例，估計連接頭的掃地大媽都換人了。在萬事俱備隻欠東風的緊急時刻，劉毅突然病倒了。
郗僧施等一群白麵書生怕劉毅哪天咽氣，就勸說劉毅把堂弟劉藩喊來做副手，隻待劉藩一到，立即在江陵起兵。對於州一級幹部的人事調動，必須要經過中央批準，劉藩的人事調動書自然落到了劉裕的案頭上。
事情明擺著，劉藩就是荊州集團的“東風”。劉裕也不戳穿，隻是把劉藩召回建業述職，結果劉藩剛到建業，就被劉裕控製了。劉裕將劉毅的罪狀昭告天下，命劉藩和謝混自殺，謝混是謝安的正牌嫡孫，劉毅交好的那幫白麵書生中，他高居榜首。