同治帝親政後，當然不會忘記太後歸政的大恩大德。他在親政不久，又一次舉辦大典，再次給兩宮太後恭上徽號，慈安太後加的是“康慶”二字，慈禧加的是“康頤”二字。而且還主動增加了撥給兩宮太後的“交進銀”，從原來的每年銀十萬兩增至十八萬兩。
但慈禧並不滿足於此，她孜孜以求的仍是能握擁有朝廷大權。而同治帝在這一點上卻毫無表示，他天天獨自處理朝政，從不請示、彙報。剛開始，慈禧還能忍受，還能自我安慰一下。但慈禧的忍耐是有限度的，後來她發現同治帝不是自己想象的那樣聽話，就忍不下去了。她把同治帝召來大加訓斥，而同治帝性格剛強，非常執拗。她要幹預政事，同治帝偏不吃她這一套。這樣一來，母子倆的矛盾越積越深，慈禧更加不給同治帝好臉色了，更是動不動就訓斥，而且越發厲害。同治帝為此非常傷心，終於認清了自己生母的真麵目，沒想到自己的努力換來的卻是這樣的結果，因此對母親的感激之情蕩然無存。
令同治更為惱火的是，慈禧蠻橫幹涉他的私生活。同治八年，同治帝已年滿14歲，按照慣例，就該舉行大婚了，大婚之後就要親政。西太後權力欲極強，視權如命，她不願歸政給同治，所以，對同治的婚事也一再向後推延。到同治十一年（1872年），同治帝已經17歲了，西太後無論如何也沒有理由再拖下去了，隻好為同治帝議婚。當時，在備選的女子中，侍郎鳳秀之女富察氏，相貌出眾，而侍郎崇綺之女阿魯特氏，雖然相貌上較富察氏遜色，但雍容華貴，舉止端莊。東太後嫌富察氏輕佻，十分喜歡阿魯特氏，意立阿魯特氏為皇後；西太後則不喜歡阿魯特氏，因為阿魯特氏是西太後的政敵鄭親王端華的外甥女，不願把皇後這個位子讓給這樣的人，所以意欲立富察氏為皇後。東太後告訴西太後說：“鳳秀的女兒太輕佻，怎能選為皇後呢？隻能當一個貴人。”這話正刺中了貴人出身的西太後的痛處。兩太後爭議不下，就讓同治拿主意，結果大出西太後的意料，自己的親生兒子竟不向著自己，同治表示喜歡阿魯特氏，要選她為皇後。九月，同治舉行了大婚典禮，阿魯特氏入宮，被封為孝哲毅皇後，富察氏同時入宮，被封為慧妃。
結婚以後，同治和孝哲毅皇後相敬如賓，情投意合。孝哲毅皇後不苟言笑，氣度端凝，同治十分欽佩和敬重。宮中沒事的時候，同治常常向皇後提問唐詩，皇後都能對答如流，同治心中極為喜歡。可是，西太後卻不能理解兒子的心情，有意挑撥他們夫妻之間的關係，因此不僅婆媳關係不好，也使母子關係進一步緊張。西太後多次向同治說：“皇後太年輕，不懂禮節，皇上不要常到中宮去，以免妨礙政務。”並且還極力讚揚慧妃賢惠，要同治多加眷愛。不僅如此，西太後還派人時時刻刻監視同治。同治對其幹涉自己私生活的做法非常不滿，偏偏不聽母親的話，索性獨自一人居住在乾清宮，以示對母親的抗議。