四年二月，惲世臨罷，李瀚章為湖南巡撫。朝廷以洪寇平，垂意滇黔，下曾國藩、李鴻章等籌論全局。三月，國藩奏曰：“查滇省於天下為最遠，黔省於天下為最貧；當此事局糜爛之餘，實有鞭長莫及之勢。然皇上紹承大統，雖在新疆萬裏之外，猶且尺土在所必爭，一民在所必救。況滇黔尚屬內地，豈得不力圖遠略，規複舊基？自古行軍之道不一，而進兵必有根本之地，籌餉必有責成之人。故言江南者，必以上遊為本；謀西域者，必以關內為本。理有固然，古今不易。臣愚謂謀滇當以蜀為本，即以籌餉責之四川總督；謀黔當以湘為本，即以籌餉責之湖南巡撫。蜀之南多與滇鄰，湘之西多與黔鄰，進剿即所以自防，勢有不得已者，義亦不得而辭。惟既令其專謀一方，則不能兼顧他省。
“試就湖南言之：近年西剿貴州，東防江西，本省之兵為數不少，而又有東征一局，以巨款解濟皖、吳。此外又有滇捐之局，黔捐之局，江西捐局，浙江捐局。各處之籌餉愈多，則本省之進款愈少，斷不能大有作為。上年惲世臨派周洪印、戈鑒等進剿貴州，連克古州、都江、上江、天柱四城，黔民已有來蘇之望。當時若能乘勝進取，北剿鎮遠，南攻都勻，即可與貴陽省城通氣，勞崇光亦不至坐困若此。因湖南餉項無幾，惲世臨不敢募勇添營，大舉深入，致負黔人之望。今皇上慨然遠慮，思出黔民於水火，飭臣與李鴻章妥為區畫。新任撫臣李瀚章，本在臣營六年之久，又係李鴻章胞兄。金陵回湘之勇，蘇軍得力之員，多與李瀚章相知相信。若令選將練兵，專圖黔事，必可次第奏功。但東征局既裁之後，隻能酌添本省之厘，以濟平黔之餉，不能多供甘肅，更不能分濟雲南。謀一則情專，餉分則力薄，此謀黔之一說也。
“又就四川論之：近年肅清本省，協濟外省，亦已悉索敝賦，杼軸久空。成都去滇省近三千裏，萬山叢雜；兵多則糧運極艱，兵少則回匪難製，即竭蜀力以圖雲南，尚恐難濟。又況川北之保寧、龍安，須以重兵防甘肅之賊，川南之酉陽、瀘州，須以重兵防貴州之賊，其勢不能專事滇境，而盡棄他處。然滇省孤懸南徼，惟四川相距稍近。昭通、東川二府，康熙以前本隸四川，雍正年間始隸雲南。皇上不忍置滇民於化外，舍蜀別無下手之方。倘使四川督臣能兼督辦滇省軍務之銜，或竟赴敘州駐紮半年，調度一切，每月專解滇餉四五萬。撫臣林鴻年進紮昭東，庶幾有恃無恐；而文武兵勇之相從入滇者，去其有往無歸之懼，乃可致其立功殺賊之心。數月之後，果能於昭東立定腳跟，修明政事，滇民感天子之不棄遐陬，信撫臣之足資保障，相率來歸，共圖剿回之法；然後開銅廠以興鼓鑄，造戰船以利轉運，或可挽回全局，此又謀滇之一說也。
“張亮基欲征兵於蘇皖，林鴻年欲分餉於長沙，其用心良苦，而其成效難期。倘蒙俯采臣言，以黔事責之湘撫，以滇事責之川督；則甘肅之餉，應責成江蘇、江西、浙江、湖北四省。臣等均不敢有所推諉。”詔允行之。
是時四川無事，授劉嶽昭雲南布政使，駱秉章以其軍援貴州。四月，進攻正安，以援遵義。五月，克正安，嶽昭遂駐軍貴西。而湖南之軍，方議合四省防粵賊汪海洋，安仁、攸縣受霆營叛卒之擾。八月，增兵防郴、桂，悉汰援黔諸軍為二十營，以周洪印領之。十二月，汪海洋及叛卒皆平，李瀚章始議援黔。
五年春，楚軍增至二萬，分三路出貴東。以兆琛、周洪印為大將，出靖州；起前按察使李元度募新軍出沅州。兆琛以知縣至湖南臬司。周洪印以千總至總兵，自黔事起，領兵幾二十年，號為諳習邊情。朝廷方憂黔亂，揀知兵者為監司，遷兆琛貴州布政使，席寶田貴州按察使，而責江西巡撫劉坤一月供寶田餉四萬。其時，寶田解兵歸裏，軍未集也。兆琛雖久領黔防，沅、靖被寇自如。元度懲前失，銳意攻呰，聞石阡、荊竹園號匪勢盛，率周洪印親攻之。匪負隅固守，官軍勇無所施。或時出戰，見大軍出，則皆走險阻自保；時乘雨夜盜掠士卒，值其臥，輒竊殺之。荊竹園久不下，苗匪往來如故，邊縣不常其得失。於是前失職者，頗議元度治兵無以異於兆琛，湖南月餉十餘萬為勞費矣！
回匪陷興義，殺漢民萬三千戶，遂掠永寧、鎮寧及普安廳，踞之。是時，劉嶽昭駐貴西，克綏陽。匪首吳元彪故練弁，嶽昭令帶千二百人自贖，進攻同心寨，克之；擊破黔仁號匪，解遵義圍。詔擢嶽昭雲南巡撫，令先清黔匪，與湖南援軍上下夾擊。嶽昭奏言：“黔中群盜如毛，飄忽無定。此次由黔西大定進兵，剿平一處，即須拔營前進，不能留兵代守。倘州縣不得其人，兵去賊來，勞而無益。應由貴州撫臣揀賢員籌善後。”上可其奏。
時貴西郡邑陸沈，苗寨匪巢，蟬聯蝟集，延袤千餘裏，不可爬梳。貴陽孤立賊中，巡撫號令不能出城外。嶽昭乃議先攻仁懷、黔西，保清鎮以達貴陽。且言：“省城重地，文報不通，譬如治病者，咽喉不能下藥，心腹不能運氣，而欲起四肢痹痿之症，雖良醫亦有所不能。”朝廷以為至論。
八月，進攻仁懷，複之。環仁懷皆號匪巢，其名者，楊閃西踞馬滾坡，周大汝踞羊窩，譚、鄭二酋踞大小，汪草登、楊四妹踞大壩、簸箕壩，各擁眾數千，遙恃黔西巨寇何正舉為聲援。正舉，烏江何得勝黨也。嶽昭遣將截黔西援匪，乃引軍深入，縋幽鑿險，轉戰五十餘日，悉破平之，仁懷肅清，留兵代戍。
十月，進黔西，克來蘇場，擊何正舉。大破之，斬千餘人，遂克平壩、山，正舉遁歸菉竹山。菉竹山者，高五六裏，孤峰削立，三麵嶄絕無路，四圍密箐，繚以石垣。嶽昭先遣人斷其汲道，揀敢死士數百，乘夜攀藤緣磴上，比逼巢，列炬鳴鼓，匪愕而炮擊，士卒仰攻者多傷亡。而山後伏兵火起，照耀岩穀，群匪多墜崖死，遂克菉竹山。是時，楚軍聲威大振，群匪爭乞款。十一月，仁黔苗號二十餘洞歸誠，解散萬餘人。十二月，襲破沙窩，黔西解嚴。嶽昭遣將護餉入省，貴陽運道始通。於是，駱秉章、崇實、張亮基、嚴澍森爭疏留嶽昭緩赴雲南。
澍森時以廣西臬司奉命查黔事，因陳三路進兵之策。以大定為西路，劉嶽昭任之；貴東各郡為東路，李瀚章、兆琛等任之；遵義為中路，席寶田任之。且言：“東路鎮遠、思州、都勻、黎平四府困於苗匪，銅仁、石阡、思南三府困於號匪，中路貴陽、平越、遵義三府州則苗、教雜處。或寨堅巢險，一夫當關，萬夫莫越；或蟻聚蜂屯，一人響應，萬醜景從。湘軍血戰於荊棘之叢，效命於虎狼之穴；即使尺攘寸收，間有所得，而朝取暮失，退守無從。攻苗匪則號匪梗其中，擊號匪則教匪繼其後。劉嶽昭、兆琛兩軍，相距千數百裏，遠者二千裏；陸有崇山峻嶺之阻，水有重安、清水、烏江之隔，此限於地勢不能遽合者也。嶽昭部兵才七千，以之通仁懷，剿黔西，清大定，攻豬拱箐，前有林立之強寇，後無可靠之勁旅；隻此孤軍，奔馳數百裏，即使事機順手，非經年累月不能成功。若再令折回遵義，則大定軍事付之何人？事機一失，嶽昭永無赴滇之日，湘軍終無夾擊之期。此席寶田之所以必出中路者也。”詔下其議於李瀚章，且促席寶田募舊部六千，道常德以達遵義。
六年二月，嶽昭克修文之大、朵朵壩，解平遠圍。豬拱箐苗酋陶新春見官軍日逼，約號匪魏洪發、黃洪順，糾苗教萬人，自安順、安平橫出平遠。平遠牛場花苗與之合，遂入黔西腹地，肆焚掠。騎賊栗疾，一日夜行三百裏至沙窩，將襲黔西城。嶽昭遣總兵沈茂勝等扼仁懷要隘，鄒複勝堵牛場花苗，自督總兵吳安康等迎戰，連敗之楊店、羊場、狗場。群匪懾楚軍威，並聚龍安，為石壘拒我；圍三日，破其壘，匪奔三重堰。道員林肇元等伏起，擒魏洪發、黃洪順，獲馬三百餘。三月，吳安康等乘勝攻蔡板苗寨，克之，擒汪草登等駢戮之，黔西肅清。魏洪發、黃洪順自鹹豐五年倡亂，曆十有三載，僭號王侯，攻掠城堡不可勝數。及其誅，遠近稱快。
四月，安平匪掠清鎮，遣謝景春擊走之。六月，雲南布政使岑毓英攻克豬拱箐。豬拱箐者，隸畢節，毗連滇之鎮雄，蜀之敘永，山廣數十裏，峭壁千尋，僅一麵可通徑。五年冬，其苗犯鎮雄，勞崇光以其毒害三省，遣毓英率大兵討之。毓英圍豬拱箐半載，毀柵壘逾百，遂逼山巔而壘。劉嶽昭策匪巢垂克，乃攻平遠花苗，杜外援。滇軍番休迭擊，苗酋陶新春、張黃蓋督萬人傾巢出戰，圍營多陷。毓英親率楊玉科陷陣，截賊數段，擲火箭燒其棚，會天雨退軍。越日，束草填濠，毓英揮戈先登，諸將士從之。群苗驚潰，陣斃及墜岩澗者萬餘。乃使土目呼曰：“降者免死。”眾皆棄械乞命。遂克豬拱箐，擒偽元帥陶新春及黨魁四人，賊目三百餘人，悍賊千二百人，皆梟誅。拔難民五千餘，悉給資安插。豬拱箐既平，三省邊患始稍紓矣。
七月，嶽昭軍攻平遠苗，進圍牛場，破其月城。滇軍攻海馬姑苗，大破之。是時勞崇光薨，張凱嵩為雲貴總督，未至，以臬司宋延春暫權之。而迤西寇急，嶽昭奏令毓英回師曲靖，朝旨亦促嶽昭赴滇。嶽昭益督諸軍攻牛場，九月克之；擊定南關苗於河滸，盡殲其眾，白泥苗反正。於時，貴西漸靖。嶽昭率楚師赴滇，曾壁光為貴州巡撫。
貴東援軍三萬，歲糜餉二百萬，久出無功。湖南巡撫劉崑疏劾：兆琛身任黔藩，鎮遠失守，不審機宜；周洪印駐軍沅州，賊至移屯托口，賊退托口複回沅州，取巧避兵，曾不知恥。請免兆琛官，議洪印罪，遣散所部，酌留三營屯防。布政使銜李元度攻荊竹園，曠日無功，先奪一階，而更薦席寶田募萬人援貴東。駱秉章亦言：兆琛等剿辦一年，無成效；薦席寶田、王永章、成大吉各募勇五千。詔皆報可。又以劉嶽昭赴滇，飭川軍出遵義，援應貴陽。
十月，寶田軍至沅州。十一月，天柱苗出攻會同，寶田部將席啟庚戰死。李元度聞寶田至，則急攻荊竹園，破旁寨二十五，水師破旁寨七，益作壘逼之。十二月，寶田進軍石阡，與元度察地形。寶田曰：“若據北岡，荊竹園可破也。”元度依其法作二壘，寶田列陣待戰。號匪來爭，攻元度新壘。席軍遽退，新壘潰。明日，寶田獨率軍屯新壘，匪複來攻，奮擊走之。既得北岡，寨匪無固誌矣。