四月戊申，劉蓉至醴泉，回已犯隴州。劉玉興戰不利，調蕭德揚、邱時成等自鳳翔前擊。行次汧陽，回已逼縣城。庚戌，蕭德揚等敗之寺溝，邱時成等追至新興鋪。劉蓉因汧、隴事急，移駐乾州。增調蕭德見扼縣頭鎮，移潼關防軍劉厚基、黃鼎屯鳳翔。將軍德興阿遣滿城馬隊二百助之。林壽圖率知府方鼎錄自慶陽返西安，籌甘肅東路糧運。辛亥，蕭德揚、邱時成進規鳳翔，敗回於黃裏鋪、洛城河；次日，屯鳳翔。回退踞董家河孫家堡，蕭德揚等乘夜擊破之，追至靈台之新集。甲寅，劉玉興複破之隴州境，回多散走。於是，陝西、汧、隴皆靖，惟北山、定邊尚有回蹤。楊嶽斌乃由涇州道華亭以向鞏昌。譚玉明部卒複嘩，嶽斌誅首亂者五人，餘眾以陳德隆統之。
五月，劉蓉還西安，楊嶽斌還蘭州，案誅標兵為逆者一百二十三人。餘皆寬宥，以安反側。省城大定，糧路稍通，然每鬥猶值二十金，窮民鮮有孑遺矣。回酋馬生義等複竄隴州，崔三等還踞固關，蔓延數十裏，銳意東走。劉蓉遣邱時成、黃鼎兼程迎擊，會蕭德揚、劉玉興等，連日與回戰隴州，殺傷相當。戊辰，回分向寶雞、汧陽。次日，蕭德揚、黃鼎複與戰晁家原。回小卻，分竄鳳翔、汧陽，我軍複躡敗之。適安肅道蔣凝學至涇，譚玉龍先以軍嘩罷統領，凝學勸其立功贖罪，乃招撫花家莊數營赴隴助剿。
六月庚寅，玉龍至赤延鎮，其地當華亭上下兩關。辛卯擊回於白楊林，大破之，遂克兩關。丙午複敗之暖莊川。庚戌，雷正綰、蔣凝學攻回張家原，失利。辛亥，蕭德揚、洪殿元大捷於暖莊川，毀回巢幾盡。黃鼎進攻杜家嶺，追至磨坪川，連敗之。
七月，甘回另股竄汧、隴，蔓延於崇信、華亭。劉蓉調楊得勝、鄢太愚兩軍及西蒙克西克馬隊三路夾擊，破神峪河回巢四。楊嶽斌以東南寇急，親督彭楚漢、李助發諸軍趨清水、張家川。丙子次通渭，傅先宗、王得勝等已敗回於陽坪，移駐邵家灣；彭、李兩軍移駐李家堡，距張家川三十裏。
八月己醜，回乘夜攜眷遁，走焦韓店；次日，竄張麻鎮。癸巳，回分兩股，一並歸華亭，一走隆德、靜平間。楊嶽斌令傅先宗赴通渭截之，而飭諸軍環華亭而壘。陝軍壁其東，甘軍雷正綰、張在山、蔣凝學壁其北，彭楚漢、李助發壁其南，王得勝壁其西，陳德隆壁其西南。丙午克華亭；丁未追師至馬峽口，失利，總兵杜連升、張德勝陣歿。雷正綰援至，回始退。時蕭德揚、黃鼎下尖首山，劉厚基、譚玉龍敗回於下關，雷正綰克隆德。汧、隴、華亭皆靖。而狄、河回襲陷鞏昌，楊嶽斌檄傅先宗自通渭、陳德隆自寧遠往援。壬子夜，傅先宗銜枚至鞏昌，適風雨交作，不聞馳驟聲。傅先宗令諸將暗登。天將曙，喻正祥劈南門迎軍，先宗大隊衝入，遂克鞏昌。俘斬三千餘人，獲騾馬二千八百。華亭回分竄慶陽、固原。
九月乙亥，楊嶽斌自通渭還蘭州。詔移總兵鶴齡赴肅州，提督成祿出關赴奇台，會李雲麟辦新疆軍務。戊寅，沈大興擊回洪河川，失利。譚玉龍至政平，絕糧，為回乘，全軍幾覆。時小麥一石，易銀一百六七十兩，他糧稱是。甘肅窮瘠，不能不仰給於陝。劉蓉因事罷，喬鬆年為陝西巡撫，留蓉助軍務。撚逼潼華，陝東大震。
十月丙午，洪河回陷平涼，雷正綰馳援複之。撚犯商州，自華陰走朝邑。曾國藩檄鮑超、劉鬆山西援。鮑超屢奉嚴旨催促，至魯山折還南陽。獨劉鬆山毅然請行，是為老湘營西征之始。老湘營者，王錱舊部名也。
十一月，楊嶽斌乞養，且陳病狀，詔給假一月，移閩浙總督左宗棠為陝甘總督。撚自華陰屯灞橋，西安戒嚴。十二月圍省城，陝軍戰灞橋，三十餘營皆挫。嚴旨責劉蓉寬假，褫職回籍。嶽斌請留蓉赴涇，上不許。辛亥，左宗棠行次武昌，授為欽差大臣；按察使劉典改三品卿幫辦軍務，張嶽齡為甘肅按察使。提督高連升由粵東、郭寶昌由皖赴陝，穆圖善援慶陽。庫克吉泰、德興阿先討陝撚，再赴甘肅。曹克忠乞病開缺。劉鬆山軍抵西安，屯雨花寨。甘回圍雷正綰於泰昌鎮。
六年正月，甘回自宜君深入，掠耀州、蒲城、富平、三原，東趨渭南。喬鬆年令劉厚基、劉效忠禦之。何珍璧、邱時成自臨潼援渭南，庫克吉泰、德興阿軍次朝邑。回折而北走。甲戌，雷正綰破回於泰昌。回解圍走慶陽，分黨掠鄜州。庫克吉泰、都興阿移師援涇。
二月乙酉朔，劉鬆山、李祥和、黃鼎擊撚於灃河，大破之，西安解嚴。劉原基敗回於耀州，劉效忠敗回於乾州，群回還入甘境。而西寧回陷貴德廳，殺同知承順。玉通猶袒庇之。靈州回犯鳳翔，遊騎至岐山、扶風。於是，北山、膚施、安塞、甘泉皆被回擾。回、撚僅隔鳳翔一河。各路請援，喬鬆年茫無以應，奏催左宗棠入關。宗棠募勇未集，尚在漢口。國子監祭酒車順軌、布政使林壽圖均瀝請左宗棠赴陝，宗棠乃自漢口西發。楊嶽斌聞宗棠將至，益乞歸裏。詔允之。
三月，以穆圖善署陝甘總督，豐紳權寧夏將軍。劉鬆山、郭寶昌合擊回、撚於醴泉、乾州，大破之。四月甲申朔，劉鬆山敗撚於晉成堡，次日複敗之薑彥原。撚走同州，鬆山偕李祥和、黃鼎等躡擊敗之。撚連夜走西安，鬆山、寶昌還軍援省城，戰於城南，斃撚數千。撚渡渭而北，鬆山等躡之，乃複渡渭南走盩厔、鄠。戊戌，穆圖善至蘭州，奏派蔣凝學總統諸軍。旨報可。總兵王仁和、黃祖淦破回於肅州，提督鄧全忠破回於米拉溝，皆楊嶽斌舊部也。五月，劉鬆山追撚至鄠。撚不戰而潰，還竄興平。
六月丙申，左軍度函穀關。或白宗棠：函穀神為李左車，必祀而後度。宗棠笑曰：“李左車豈足當吾哉！”向晚，軍甫出穀，忽雷雹交作，山溜暴漲，車騾弁勇漂入大河，失輜重以數萬計，死者百餘人。庚子，左宗棠抵潼關，幫辦軍務劉典、新授甘肅提督高連升並至藍田。時嶽斌部將梅開泰會鄧全忠攻克米拉溝。米拉溝者，地屬西寧，西路河運要道也。承平時，回族恃凶剽掠，招納亡命，為盜賊逋逃藪。寇興，頻掠西寧、涼州，阻遏省城糧運，及其克，群回畏威乞降。於是，河洮、狄道、西寧各回堡多反正，而南八營李得昌各部十六萬人，乞擇地安插。上慮回情叵測難信，諭穆圖善嚴備之。穆圖善乃令降回繳軍械，張榜安民。遣範銘赴洮，張瑞珍赴蕭何城，王得勝赴靜寧，辦撫事。自是，穆圖善頗惑撫議。左宗棠以撚、回麇集陝境，未能赴甘。
七月，撚走三原，劉效忠迎擊失利。甘回出華亭，入鳳翔，掠隴州、麟遊、汧陽，鄉團擊卻之。寧州回入三水，譚玉龍擊之；回走淳化，還宜君。楊和貴追及回於郃陽，回遁黃龍山。劉厚基大破土匪於甘泉，進攻橋扶峪，下之。
八月，甘回掠鄜州、宜君。壬午，劉厚基敗之羌村。己醜，回掠米脂；乙未犯榆林，竄懷遠；乙巳陷宜君，殺知縣張傑。河州回犯蘭州，穆圖善自將禦之城外，敗績。遂圍省城五日，楚軍將彭楚漢等奮擊走之。是時，左宗棠駐臨潼，大雨連旬，兵頓不進。九月辛酉，宗棠親赴涇西，分布諸軍。劉典、高連升抵高陵，劉鬆山、李祥和、郭寶昌至三原。
十月乙未，甘回陷正寧，雷正綰複之。庚子陷寶雞，乙巳楊和貴複之。劉鬆山、郭寶昌追撚至洛川。李祥和突遇回騎，戰死，以黃金友統其軍。辛醜，撚陷延川，丙午陷綏德。丁未，汧陽回犯鳳翔，總兵孫立士戰死。是時，甘肅土匪董福祥踞花馬池，潰卒遊勇互相勾結；而陝回之遁入慶陽、寧州、正寧、鎮原、清水者，絡繹奔赴。鳳、邠、汧、隴之間，寇氛殆遍，而河州東鄉回猶負嵎如故。穆圖善乃調梅開泰自碾伯赴河州，親督諸軍擊回於洮河，大敗之。梅開泰遂傍洮河而壘。
十一月辛亥，黃鼎敗回於汧陽。乙卯，楊和泰敗回於鳳翔。黃鼎適至。回悉向東北川口入山，鼎追至靈台，不及而返。己未，劉典擊回於宜君，部將郭榮經戰死。譚玉龍敗回於永樂鎮，高連升敗回於孝義村。
是時宗棠所部近百營：劉鬆山領萬餘人，郭寶昌三千人，劉厚基三千人，是為剿撚之師；高連升三千人，劉典五千人，是為剿回之師；楊和貴、周金品三千餘人屯鳳翔，周紹濂二千餘人屯宜君，吳士邁千餘人防渭；複以親兵三千餘人，水師千人，黑龍江馬隊千餘人，分布華州、華陰、潼關、渭南、臨潼間，是為兼討撚、回之師。而劉厚基克延川，劉鬆山、郭寶昌克綏德，劉典、高連升頻破回於宜君，諸軍所向克捷。
於是群撚銳意渡黃河，掠山西，以窺畿輔；壬申，自宜川之龍王辿乘冰橋北渡，連陷吉州、鄉寧。劉鬆山、郭寶昌渡河躡之，山西大擾。其餘撚之未渡者，遊弋於澄城、韓城、宜川、郃陽，時與回合。宗棠先遣喜昌、安住、全福率馬隊渡孟津，趨澤潞以援晉；令周紹濂赴宜川防黃河，截餘撚之未渡者。穆宗以山右毗連畿輔，召左宗棠親往督師。宗棠自率五千人東征，奏以劉典代督陝甘軍，與將軍庫克吉泰、巡撫喬鬆年聯銜奏事，詔允之。穆圖善親攻河州回不克，還蘭州。
十二月戊子，撚自垣曲入河南，北趨衛輝。丁酉，左宗棠自陝東行，谘劉典，自金鎖關移駐省城，諸將均聽劉典節度。是時，傅先宗敗回於禮縣，彭忠國敗回於安定，穆圖善乃令進規渭源。辛卯，王得勝、傅先宗克渭源，留兵戍之，進攻官堡。而西寧守將鄧全忠糧罄軍潰，玉通猶狃撫議，聽命於回。成祿駐肅州，屢奉嚴旨出關，逗留不敢進。黃祖淦剿賊陣亡，穆圖善奏以楊占鼇統肅州軍。雷正綰迭克土、回各堡，收降二萬餘人，慶陽解圍。
七年正月己未，穆圖善遣範銘克官堡，王得勝大捷於渭源，進規狄道。辛酉，金雞堡回竄寧條梁，掠懷遠。總兵文星明與戰失利。劉典自耀州出山，移駐三原。
二月，喬鬆年病免，劉典權陝西巡撫。乙酉，張嶽齡至鳳翔，次日擊回於亢家河，敗之。辛卯，黃鼎擊回於麟遊，小挫。癸巳，回陷鄜州，分黨掠洛川。劉端冕率師往援，與戰二十裏鋪，大敗之。劉厚基自英汪鎮來會，丙申克鄜州。高連升自宜君進攻何家莊，殛回二千餘人，擒其酋馬阿渾、禹方魁等，皆董誌原回黨也。丁酉，回犯秦州，兵備道豫師擊走之。
穆圖善遣知府舒之翰、提督黃金山等會攻狄道州。州距南北兩山，中有平川，寨卡林立。癸卯，黃金山先破川內諸回，傅先宗拔南山，梅開泰、彭忠國拔北山，遂克狄道城，於時淪陷五年矣。其酋牟弗諦懾官軍威，哀詞乞撫，穆圖善飭舒之翰等相機圖之。次日，範銘攻店子川，下之，獲糧以濟軍。時成祿攻肅州久未下，所部與王仁和營勇私鬥，焚掠河西村堡，激變居民。事下穆圖善，並促楊占鼇赴肅州，成祿克期出關。
三月辛亥，董誌原回竄宜君之馬欄鎮，分黨掠三水、淳化、三原。甲寅，高連升下馬欄鎮，追至劉店。回出達臘坪，抄我後路。高連升戰半日，回始卻。劉典遣李大有等出耀州援三原，回已走淳化之方裏。增遣夏奉朝、吳國富等攻方裏，下之。三水守將喻兆圭、陳集賢亦敗回棗池，黃鼎敗回涇河川。是役，旬日之間，破悍回五六萬，楚軍聲威益振。
辛未，穆圖善至狄道，牟弗諦率男婦三千人歸誠。官軍渡洮而西，進攻河州。河州東南鄉回亦乞撫，穆圖善受之。甘回陷鎮原、慶陽，官軍旋複之，遂圍涇州。四月甲申，黃鼎冒雨往援，涇州解圍。
閏四月，劉端冕敗回於韓村，圍紹濂擊回於洛河南北。大雨水漲，殲二千餘人，所棄牛、馬、驢、騾以萬計。丁巳，劉典移駐鹹陽，兼顧省防。其時慶陽屬境悉為回有，寧州、合水相繼失守，駐寧防軍不能製。另股由寶雞渡河而南，李輝武追至斜坡。回見官軍即遁，勢常不及。李輝武伏麥地中，令三十餘人偽作鄉民刈麥。回果大至，伏起敗之。乃折而東走，掠岐山、扶風、郿縣、渭南。道員魏光燾先至郿，黃鼎、吳士邁至扶風、岐山。回不戰而遁，還入甘境，劉厚基擊回於延安，部將劉文華、甘彰輝敗死，士卒傷亡過半，厚基亦受創。
五月丁醜朔，劉典還駐三原，張嶽齡敗回於汧陽。庚辰，李輝武至汧陽，會嶽齡援馮坊，複敗之。譚玉龍戰歿於亭口，以黃鼎兼統其軍，仍屯邠州。甲申，涇河回犯長武，閻定邦卻之。龍德回掠華亭、崇信，入靈台。吳士邁連擊敗之，獲糧萬石，牲畜萬餘頭。丙戌，涇河回複圍長武。庚寅，黃鼎自邠州援長武，擊回於水簾洞，追至染店。回二三千人方刈麥，黃鼎擊散之。適雷正綰自政平來，長武解嚴。高連升攻正寧，回先走入董誌原。魏光燾、劉厚基進軍宜川，攻雲岩鎮，下之。俘斬五千餘人，獲糧數千石，牲畜千餘頭，誅其酋張大有等八人。於是北山寇巢皆盡。
六月，西撚平。詔左宗棠入覲，所部劉鬆山、郭寶昌、喜昌等軍還陝。命金順進剿北山。隴州回竄火燒寨，羅洪德擊卻之。吳士邁敗回於麟遊，高連升、周紹濂敗回於宜君。辛酉，周紹濂擊回中部，失利。壬戌，涇河回分掠邠州、三水，黃鼎軍與戰世店，其酋馬正和受傷遁。癸亥，回攻三水西關，劉卓雲、喻兆圭等卻之。甲子，中部回竄白水，魏光燾自宜川凱還，要擊敗之。次日，回搶渡渭河，水師橫出截之，回沿洛河東走。戊辰，鳧水渡洛。值水漲，溺死過半，渡者四五千人。未渡者魏光燾、高連升追至殲焉。壬申，回攻郃陽，聞魏軍至，解圍走坊鎮，入馮原。 七月丙子朔，魏光燾追至馮原。回由黃龍山竄洛川，光燾阻洛東，弗能過。辛巳，魏軍畢渡。回已逾蒲城而西。癸未，及之曹村，截回為三：一趨同官，一趨涇陽，一趨耀州。劉典乃檄高連升自同官躡之。魏光燾遇於耀州，策回必走楊家店，高連升設伏待之。丙戌，回果至楊店，伏起，乃大奔，斃二三千人。乙未，李大有、成定康敗回淳化。庚子，金順敗回榆林。土匪扈彰詣劉厚基乞撫，劉典令延安知府趙維慶等受之。扈彰者，環縣漢民，踞保安、安定間，眾數萬人。扈彰既降，土匪稽誅者僅董福祥一股耳。 八月，金順、劉馨集擊回於綏德，大破之。毀回堡十餘，殲二千餘人。黃鼎敗回於長武，回酋白彥虎等自正寧竄三水，趨職田，餘明發、李大有敗死。乙醜，白彥虎率萬人攻職田，劉卓雲禦之。回乘夜襲營，不克而遁。 左宗棠自連鎮入覲，上詢師期，宗棠奏：五年西事可竣。乃率師還陝，自孟縣渡河，先遣卓勝軍入關。九月，雷正綰進軍靈台，回自瓦雲驛來襲，奮擊卻之。壬午，回襲綏德，成定康卻之。甲申，雷正綰、黃鼎敗回上良。十月丙辰，左宗棠至西安省城。 王定安曰：回之居中國曆千載，讀書、仕宦、耕種、商賈，視齊民無異。獨循其國俗，諷經事天，不祀鬼神，又不奉正朔，每月持齋禮拜，此其難強同者耳。自古外族內徙者眾矣。周穆王遷戎太原，漢光武遷烏桓渠帥於塞內，又徙南庭數萬人居河西美稷。至西晉劉石迭起，據有中原；然其貴族世胄，至隋唐皆為著姓，名臣將相多出其中，豈複泥守舊俗哉！而回回自隋迄今，遵其教弗稍變，畛域明矣，情亦稍異焉。禮曰：“車同軌，書同文，行同倫。”假使回回遵聖朝大同之化，循三代周孔之典禮，而以天方教儕諸浮屠、老子，偶一涉獵，固亦聖主之所不禁，而儒者之所時有，何礙於宇宙之大乎？其守之也愈篤，斯其溺之也愈深。天方教導人為善，而械鬥戕殺累百餘萬弗加悔，所謂詩禮發塚者耶？嗚呼！其可憫也已。