在李鴻章眼裏，慈禧是為數不多的能理解並信任他的人，所謂“士為知己者死”，李鴻章心甘情願為其賣命，當她的替罪羊，簽下不平等條約，成為眾人眼中的“賣國賊”。
於是，在晚清朝廷的權力構架中，李鴻章和慈禧之間形成了這樣一種關係：知李鴻章者，慈禧也；助慈禧者，李鴻章也。兩人互相信任，大有惺惺相惜之意。其實，李鴻章清晰的了解，慈禧在內心深處對他存在戒心，自古以來功高震主的例子數不勝數，慈禧作為一朝真正的統治者怎麼會不明白這個道理，李鴻章很多時候都隻是充當清廷的門麵，真正的決策權和話語權還是掌控在慈禧手中。
另外，慈禧還很重視張之洞、劉坤一、王文韶這三位晚清時代的重臣，企圖讓這些漢族大臣心甘情願為自己賣命，但是她的疑心病不允許太多大臣掌握大權，這會威脅到她的統治，於是她就玩弄政治平衡術，雖然官帽很高，但從未讓他們擔任過核心職務，當然也不會免除他們的官銜，可是如果一位臣子的權力威脅到了她的安全時，慈禧就會狠下心來，不論關係的親疏遠近，不擇手段，痛下殺手。其中最典型的例子就是恭親王，當恭親王自以為功高蓋主的時候，慈禧狠心地打碎了他得意揚揚的美夢，沒有絲毫猶豫地處置了她的第一個合作者，典型的過河拆橋。
當李鴻章等人領導洋務運動時，慈禧身為守舊派的代表，卻沒有阻止李鴻章的一係列變革，追其原因，其一是對李鴻章的信任，其二是改革的效果的確提高了國家的力量。慈禧也就當睜一隻眼閉一隻眼，任其施為了，畢竟兩人都為了維護皇室，保護衰弱的大清。
1903年2月，也就是在李鴻章逝世16個月後，他的遺體被運回了自己的家鄉安徽合肥，葬在東鄉夏小郢，讓其飄搖的人生有了最終的歸宿。
朝廷為了追悼李鴻章，紀念他的豐功偉績，贈他太傅稱號，晉一等肅毅侯，諡號文忠，賜白銀五千兩治喪。在他的原籍和立功省建祠10處，京師祠每年都由地方官員祭祀，他是清代漢族官員在京師建祠的第一人，慈禧太後更是稱讚他是“再造玄黃”之人。