波羅的海的海水為什麼鹽度極低？這與波羅的海的形成時間有著密切聯係。這裏在冰河時期結束時還是一片被冰川掩蓋的汪洋，後來冰川逐漸向北退去，留下的最低穀地就成了現在的波羅的海，水質本來就較好。其次波羅的海為海區閉塞，通向外海的通道又淺又窄，含鹽量較高的海水很難流入。加上波羅的海緯度較高，氣溫低，蒸發微弱，這裏又受西風帶的影響，氣候濕潤，雨水充足，年平均河川徑流量為437立方公裏，使波羅的海的淡水集水麵積比其本身集水麵積還要大4倍。以上諸多因素綜合在一起，就形成了波羅的海的海水很淡的現象。
波羅的海的海水含鹽量並不相同，而是自出口處向海內呈遞減趨勢，大貝爾特海峽和小貝爾特海峽海水含鹽度15‰，西部為8‰～11‰，默恩島以東降至8‰，中部為6‰～8‰，芬蘭灣為3‰～6‰，波的尼亞灣一般為4‰～5‰。深層和接近底層的鹽度，西部為16‰，中部為12‰～13‰，北部為10‰左右。當大西洋海水大量流入時，西部的鹽度會升至20‰。波羅的海深層海水含鹽量之所以比較高，是由於含鹽量較高的北海海水流入所導致的。
波羅的海處於溫帶海洋性氣候向大陸性氣候的過渡地帶，受盛行西風影響，秋冬季風暴較多，雨水充沛，北部的年平均降水量約500毫米，南部則超過600毫米，有些海域可達1000毫米；地處中高緯度，蒸發較少；周圍河川徑流總量豐富。波羅的海夏季雲量約6成，冬季則超過8成。南部和中部一年中的霧天平均約為59天，波的尼亞灣北部霧最少，每年有22天。
由於北大西洋暖流很難進入波羅的海，海水無法得到調節，從而導致冬季氣溫較低，而且南北差異較大，夏季氣溫不高，且南北差異很小。水溫自北向南逐漸升高。從南向北的1月平均氣溫為——1.1℃～10.3℃，7月為17.5℃～15.6℃。
波羅的海的海水淺而淡，經常發生結冰現象。北部和東部海域每年都會出現一段不利於航行的冰封期，從每年11月初起，北部開始出現冰凍，冰覆蓋的區域每年都有所相同。在一般年份中，隻有個別海灣會出現海冰。到了寒冷的冬季，整個海區都會被冰所覆蓋。海冰平均厚度為65厘米。波羅的海南部通常不結冰，但瑞典和丹麥之間的海峽偶爾也會冰封。波的尼亞灣的北部還容易形成大冰包，高度可達15米。這給海上運輸帶來了很大的不便，船隻要想通過此處，隻能在冰凍的海麵上開鑿水道，然後緩慢前進。
波羅的海的動物雖種類較少，但數量繁多。除了大西洋鯡魚的亞種外，主要魚類有鰮魚、鱈魚、比目魚、鮭魚、鰈魚、鰻、胡瓜魚、白魚、鴉巴沙、淡水鱸魚等，也有從淺水中獲取食物的波羅的海海豹等。波羅的海也蘊藏著一定的礦產資源，在德國的石勒蘇益格——荷爾斯泰因州沿岸，就在進行海上石油開采。波羅的海的琥珀在世界上最有名。
在古代時期，波羅的海是北歐商業的重要通道。二戰以後，木材和魚成為當地最主要的商品。芬蘭、瑞典和俄羅斯的軟木是出口的大宗貨源；木材加工（如造紙、製纖維和纖維板）是一項重要的經濟活動。瑞典的鐵礦、芬蘭和丹麥的造船和船舶機械、瑞典哥特堡的汽車製造和輕型機械，都是沿岸國家重要的工業支柱。波羅的海沿岸有許多大城市，包括哥本哈根、斯德哥爾摩、赫爾辛基、列寧格勒、塔林、裏加、基爾、格但斯克和什切青。主要海產品有鰈魚、鱈魚和鯡魚。其中，熏製或醃製的鯡魚是深受人們歡迎的傳統食品。
波羅的海的航運地位非常重要，是沿岸國家之間以及通往北海和北大西洋的重要水域，從彼得大帝時期起，波羅的海就是俄羅斯與歐洲的重要通道。俄羅斯與伊朗、印度等國合作醞釀連接印度洋和西歐的“南北走廊”規劃，波羅的海就在其中扮演著重要的角色。
自20世紀90年代以來，在波羅的海航行上的輪船急劇增加。現在，平均每年航行在波羅的海主航道的輪船已超過4萬艘。波羅的海使用輪渡來連通沿岸國家的各大港口，並通過白海——波羅的海運河與白海相通，通過列寧伏爾加河——波羅的海水路與伏爾加河相連。可見，波羅的海的意義十分重大。