當時的中國台灣民眾，被一種急功近利的思潮所籠罩，許多人上大學不是為了求知，而是為了找一份好工作。麵對這種傾向，吳大猷告誡：“教育的目的，不隻限於知識的傳授，尤其是高等教育，其主要任務是教育學生思考。”為了完成這一任務，吳先生明確提出：“高等教育的重要責任是將人文學與科學間的鴻溝蓋接起來”，這種“蓋接”，不是一種表麵的點綴，也不是“在文學院加一二科學課程，在理學院加一二人文課程”，而是要在思想觀念和政策措施上進行重大改革。拿吳先生這個觀點來衡量，近年來內地大學的”文理溝通“，恐怕還是所謂表麵點綴，算不上一種全麵”蓋接“。因為這種文理溝通，還局限在“提高學生素質”的層麵，沒有上升到“教育學生思考”的高度。前者的立意是為我所用，後者的出發點才是為人本身。
1982年，吳大猷以《科學、技術、人文學》為題，在《民生報》分三次刊登長文，進一步論述三者的關係。他說，科學和人文學是人類文明的兩個方麵。就科學而言，由於“高度專門化”和大量使用深奧的觀念和術語，它已經“成為極少數專家的私有花園”。這樣一來，連那些受過普通教育的人，也很難對科學有個基本了解，即使是受過專門教育的人，對其他專業也是隔行如隔山，根本不知道人家說啥幹啥。於是，幾乎所有的專業工作者都處於一種老死不相往來的境地。這充分說明人類文明出現了嚴重的問題，它對於社會的和諧發展和個人的生命體驗，都非常有害。他強調，人類社會已經到了一個必須將人文科學與自然科學溝通起來的時代，而這種溝通的任務，隻能由教育來承擔。不難看出，近年來有些人一再強調所謂專業教育、技術教育的重要性，顯然是要重複人家走過的彎路。
在這篇文章中，吳大猷再次強調教育的目的不應該隻限於知識的傳授，而應該訓練學生的思考。他認為隻有這樣才能啟發求知的興趣，培養學習的習慣。與此同時，他還對純粹科學、應用科學和技術科學做了比較。他說如果把科學比作一棵樹，那麼純粹科學就是樹根，應用科學就是枝葉，技術科學就是花果。他指出，假如隻想著科學技術的應用而不重視基礎理論的研究，那就好像不顧樹根枯朽、隻想著花繁葉茂果實累累一樣，是不可能的。他還指出：純粹科學的探索需要兩個條件：一是要有自由的環境，這種環境應該由大學和學術性研究機構提供；二是要有一批追求知識、追求真理、博學深思、頗具想象力的學者和青年。這兩個條件比大樓、儀器、圖書、經費等物質條件更重要，是造成學術研究氣氛的關鍵。這與梅貽琦先生提出的“所謂大學者，非謂有大樓之謂也，有大師之謂也”的觀點如出一轍。不同的是，吳大猷先生更重視學生，把希望寄托在年輕人身上。文章結束時，他語重心長地說：“一個沒有純粹科學的國家，……將永是落後。”1983年，《中國時報》以“人文與自然科學應如何均衡發展”為題，對吳大猷和餘英時進行采訪。他們二人是國際知名的自然科學家和人文學家，再加上當時人文科學與自然科學失衡的問題已經非常嚴重，因此這是一次意義重大、影響深遠的對話。對話中，吳大猷進一步分析了純科學和應用科學、技術科學的區別。他強調：研究純科學和應用科學的區別，就在於前者的動機很單純，隻是為了求知，根本不考慮實用，也不追求商業性利益；但後者卻不是這樣。應用科學是利用科學知識和科學原理，對具體的問題或目標進行探討；技術科學則是把應用科學得到的原理、方法用在更廣泛的實際問題上。按理說這本來是老生常談，為什麼吳大猷還要反複強調呢？這說明當專業教育和職業訓練甚囂塵上的時候，人們反而在常識問題上容易出錯。正因為如此，吳大猷批評中國台灣當局“隻重視下遊的技術，忽略上遊基礎科學”，在經費分配上也總是應用科學大於純粹科學、自然科學大於人文社會科學。他認為這是很不正常的現象。
緊接著吳先生又談到通才教育。他介紹說，哈佛大學在1946年成立了一個委員會，目的有兩個：一是要使沒有學過科學的人也能對科學有個基本的了解；二是要讓人人都知道，不斷研究創新是美國科學精神之所在。