（1）對野生生物的影響 轉基因植物種植推廣後，釋放到自然環境中的機會多。因其具有野生植物缺少的多種抗性，將會迅速成為新的優勢種群，從而影響生態平衡。雖然利用“終止因子技術”，以及“化學催化”技術可以限製轉基因植物的擴散，但因此項技術對農業的持續發展等諸多方麵產生影響而受到多方麵的關注。
（2）對非靶標生物的影響 對非目標生物的危害將不利於生物的多樣性。Hilbeck 用轉基因Bt 玉米，Birch 用轉基因馬鈴薯進行的研究表明，轉基因抗蟲作物可減輕蟲害，也會對有益昆蟲種群產生不利影響。但英國耕地研究所（IACR）研究認為，Bt 蛋白對小菜蛾寄生蜂的生存無直接不利影響。需要對該問題進行長期細致的研究。
4.轉基因產品可能引起的社會問題
國際上對轉基因生物安全性的爭論已不是純粹的科學技術問題，包含政治、經濟、倫理等諸多方麵。一些發達國家對發展中國家在技術上加以限製，並在安全法規的製定上采取不平等的政策；為減少轉基因產品對本國可能產生的不良影響，將其研製的轉基因生物及產品輸入到發展中國家進行實驗或經營。歐美國家之間在轉基因產品進出口問題上的爭論不僅僅是安全技術，也是政治與經濟的相互製約。有人對轉基因動物器官移植給人體持有倫理學上的異議，認為這對於動物和人類兩者都是不仁道的。在轉基因產品的銷售過程中，經營者與消費者之間缺乏公平，消費者經常是在不知情或被動的情況下接受了轉基因產品。
轉基因產品對人類的影響主要取決於轉基因在受體中的表達安全性及“基因逃逸”所造成的“基因汙染”問題。但目前的科技水平還不能完全確定轉移的基因在受體遺傳背景中的全部表達情況，對“基因逃逸”的控製能力也很有限。而“基因”具有強大的增殖能力，若一旦發生由轉基因產品所引起的負麵效應，將可能是不可逆轉的和無法控製的。
12.4.2轉基因食品安全性問題
香港綠色和平組織多次在香港、北京、上海、廣州等城市對近60個著名食品品牌進行采樣檢測，結果發現16個樣品含有轉基因成分。調查結果被印製成一本小冊子，名為《如何避免轉基因食物》，並用醒目的綠、黃、紅三種顏色分別標識了這些公司對轉基因食品的不同立場。不肯做出“不使用轉基因原料”承諾的食品商，被貼上了紅色標簽，其產品因而被認為可能含有轉基因成分。
大多數人對轉基因食品了解甚少，對轉基因食品的安全性存有懷疑。西歐出現了強烈抵製轉基因食品的潮流。歐盟對轉基因食品的生產和銷售製定了一係列法規，要求基因改變不得超過基因總量的1%，市場上出售的轉基因食品必須貼標簽，要求有關國際機構對轉基因食品的無害性及其對環境的影響進行科學檢驗。對轉基因食品評估主要包括：是否有毒性、過敏反應、營養或毒蛋白特性、基因穩定性、基因改變引起的營養效果及其他不需要功能等。使用不同的基因技術可得到不同的轉基因食品，須逐個進行檢驗。目前，國際市場上的轉基因食品按照上述要求進行了嚴格審查，證明它們對人類健康無副作用。檢驗不僅在生產國進行，而且聯合國糧農組織和世界衛生組織聯合委員會負責監管。