東漢建國後，劉秀對內整治政治製度，對下改革地方行政製度，全國上下崇尚儒學，這麼做的目的，是穩定發展內政。在此期間，他還有一件重要的事情要做，那就是解決王莽篡漢以來肆虐已久的邊患，邊患的主角是漢帝國的“老朋友”匈奴。
西漢“昭宣中興”時期，匈奴基本消停下來了，特別是陳湯滅掉北匈奴之後，南匈奴對待漢朝，基本就像對待爹一樣。但是到了王莽時期，事情卻發生了變化。王莽稱帝後，為了強化權威，去匈奴收回了當年漢帝國授予的冊封印，改成他頒發的冊封印，但是他把原來級別是“王爵”的匈奴貴族們，降低成了“侯爵”。一字之變，引起了整個匈奴階層的憤怒。從此之後，中原與匈奴戰火重燃，兵連禍結。原本已經是漢朝國土的西域大地，也因為王莽政策失當，宣布叛漢，玉門關以西的領土，暫時不再為中國所有。更嚴重的後果是，趁著中原大地內戰之際，匈奴頻繁出兵，騷擾中國邊境，還和中國境內的各種割據勢力相互勾結，威脅中央政府的統治。劉秀在位時期，匈奴先在中國北方扶持了彭寵和盧芳兩大割據政權，在“偽軍”的引領下頻繁進犯，北方邊境遭荼毒無數。五原、朔方、定襄、雲中、雁門五郡，西漢時是中原王朝抵擋匈奴入侵的屏障，現在卻全落入了盧芳等政權手裏。這時候，東漢的處境像極了一千多年後建立初期的趙宋王朝，同樣失去了包括後來幽雲十六州的北方要地，也麵臨著遊牧民族持續的侵擾。劉秀即位早期，曾經組織過多次大規模的反擊戰。在漢軍的持續打壓下，諸路“漢奸政權”或死或降，隨著最大一股反漢勢力——盧芳的最終歸降，東漢王朝最終收回了抵抗匈奴的戰略要地。但是局勢並沒有因此好轉，在劉秀登基的前二十年裏，有曆史記錄的、萬人以上的大規模侵擾竟然達到三十七次。如此頻繁的進犯，是北方邊境的巨大威脅。原本被西漢霍去病所降服的東部烏桓等部落，也趁機和匈奴相互勾結，北方的千裏邊境上，自漢武帝以來再次戰火漫天。
為了抵抗匈奴，劉秀想了各種辦法，比如遷移北方邊民入境居住，增加兵力分兵把守，但是效果都不明顯。這時候，一個天賜的機會出現了。公元46年，匈奴草原發生了特大暴風雪災害，匈奴部落死亡大半。這時候匈奴內部分成兩派：一派主張遷居到塔裏木盆地地區，控製西域；一派主張南下投降漢朝。兩派爭論不下，最後兵戎相見。結果，匈奴再次分裂成了南北兩大部，其中南匈奴到五原郡向漢朝投降，表示願意成為漢朝藩屬，幫助漢朝抵抗北匈奴的進犯。南匈奴的內附，引起了漢朝朝廷的爭論，朝中的軍將一派主張趁機出兵，徹底消滅南匈奴，名將臧宮自請五千精兵，發誓要徹底消滅匈奴。劉秀卻做出了理智的判斷，這個時候發動戰爭，是一種不明智的行為。因此，經過反複商議，次年劉秀正式接受了匈奴人的投降，雙方訂立盟約，南匈奴恢複了自漢宣帝時代後對東漢的歸屬關係。南匈奴八部被漢帝國安置在五原地區，建立了南匈奴的王庭。為了表示忠心，南匈奴還派王子到漢朝來做人質。就在這一年的冬天，北匈奴大舉進犯漢朝邊境，急於表現的南匈奴八部火速出擊，在付出慘重傷亡後打退了北匈奴的進犯。而後為了方便統治，劉秀將南匈奴單於遷移到山西西河，在北方各個邊郡分散安插南匈奴的部落，在漢朝對北方的防禦中，他們擔當著偵查騎兵的角色。
劉秀對匈奴采取了或打或拉的政策，但對匈奴的“狗腿子”烏桓，就是打！從公元44年開始，劉秀以馬援統軍，多次發動對烏桓的戰爭，在數次重創烏桓之後，劉秀又“打個巴掌揉三揉”，主動派人招撫。到了公元49年，烏桓終於投降了漢朝，並且在漢朝的要求下遷移塞內，作為漢朝鞏固北方邊防的生力軍。劉秀用拉攏南匈奴的辦法對付北匈奴，再用拉攏烏桓的辦法，對付騷擾遼東的鮮卑，連橫合縱運用得爐火純青。
這時期的劉秀，在西域問題上也出現了一個失策。
西漢宣帝時期設立西域都護開始，西域就是西漢帝國的領土，後來雖然因為王莽政策失當，導致西域諸國叛變，但大多數的西域國家依然對漢朝懷著很深厚的感情。到了東漢初期，西域已經有五十五個國家，要求重新歸附漢朝的呼聲也日益高漲，特別是在公元44年暴風雪災之後，北匈奴移居到了今天的塔裏木盆地，開始了他們對西域大地的殘暴統治。天山北路的西域國家在匈奴的脅迫下，不得不歸順匈奴，但是他們對於漢朝的懷念依然是很強的。
西域國家中，對漢朝感情最深的是莎車國。莎車國的國王在漢元帝的時候，就曾經以人質的身份在漢朝常住，對於漢朝高度繁榮的文化非常羨慕，他臨終的時候曾有遺言“世代不可負漢家”。所以在北匈奴肆虐西域時期，莎車國是抵抗最為激烈的國家。漢朝設立在西域的西域都護府淪陷之後，莎車國主動收留了當地的漢朝駐軍近萬人。東漢建國之後，莎車國通過河西大將軍竇融，向劉秀表達了歸附之意，劉秀當時很是讚賞，派使者冊封莎車國王為建懷功德王。從此以後，莎車國以中國的臣子自居，率領天山以南的西域國家共同抗擊匈奴。當年在這裏戍邊的漢人家屬們，也因此得以保全。
但是好景不長，公元33年，被劉秀授予建懷功德王的莎車國國王王康病逝，其弟王賢來到漢朝，請求繼承哥哥的王爵。這本是漢朝重新恢複對西域統治的好機會，然而敦煌太守裴遵卻上奏，認為授予“蠻夷”大權是不妥當的。劉秀也就順水推舟，收回了對莎車國王的冊封。劉秀這麼做，顯然不止因為裴遵的上奏。這次王賢的請求，是通過大司徒竇融轉呈的，掌握河西走廊兵權的竇融，一直被劉秀所忌憚，而竇融和莎車國的關係一向非常密切，於是劉秀做出了這個決定。但這個決定卻是錯誤的。惱火的王賢回到西域後，自立為單於，開始四處擴張領土，不再聽從漢帝國的統治。西域南路在莎車國的庇佑下沒有落入匈奴的手中，但也同樣不再為東漢所有。
公元45年，長期遭受莎車國和匈奴欺淩的西域國家，聯合組成了“請願團”，車師、上善等十八個國家聯合來到洛陽請願，向劉秀哭訴匈奴和莎車在西域的暴行，請求漢帝國出兵西域。劉秀厚待了各位使臣，卻並沒有順從他們的決定，反而告訴他們，願意留在漢朝的我們歡迎，願意脫離漢朝的我們也尊重。這些請願的國家，不但沒有請來救兵，反而遭到了莎車國和匈奴的報複屠殺。此後西域各國或歸匈奴，或歸莎車，都脫離了漢朝的統治，絲綢之路也因此中斷。漢帝國重新恢複對西域的主權，是後來班超通西域的事情了。 四
雖然有失策，但是從“GDP成就”說，“光武中興”還是實至名歸的。
劉秀時期的休養生息政策，和劉邦時期最大的不同，就是劉邦“無為”，劉秀“有為”。劉邦的無為而治，其實就是政府對經濟不幹預，聽任經濟自由緩慢發展。劉秀則不然，他采取的是政府集中力量，主動投資恢複發展經濟的做法，其中作用最大的就是興修水利。東漢初期是中國曆史上興修水利工程比較多的時期，比如在河西走廊設立水官，負責開鑿溝渠，灌溉農田，河西走廊的農業因此蓬勃發展起來。
東漢時期在經濟上的另一個創舉是經濟帶的擴展。東漢時期，中國最富庶的經濟區，主要是今天的關中、河南、山東三個地區。劉秀時期，曾經在荊州、襄樊等地設立農區，招撫流民前來耕種，荊襄地區因此發展起來，成為重要的產糧區之一。三國時期荊襄之所以有如此富庶的人口和重要的戰略位置，和劉秀時期開發華中的政策很有關係。與此同時，劉秀還重新修繕了秦國時期的鄭國渠，使其恢複了水利灌溉作用，關中地區的經濟得到了恢複，但這裏已經不是中國經濟的中心了。
在農業大力恢複的同時，手工業也重新發展起來。東漢時期的手工業，最大的特點就是“國有企業化”，即由官府設立手工業作坊，包括冶煉、紡織、製鹽、土建等產業。比起漢武帝時代鹽鐵官營的高度壟斷，東漢並沒有禁止私人手工業的發展，但前提是保證官營手工業占有主導地位。 五
劉秀的各種政策，在他在世的時候就獲得了回報，經過二十多年的發展，中國的經濟重新出現起飛狀態。從發展速度上來對比，東漢建國的早期，經過光武、明帝、章帝、和帝四代皇帝，僅用了四十多年時間，就恢複到了西漢“文景之治”的最高經濟水準。中國的人口，到了東漢和帝的時候，達到了曆史的最高水準——53296219人。在劉秀統治的後期，東漢經濟已經初現繁榮，史載當時“五穀登衍，蠶麥善收”，“吏稱其官，民安其業”，以至於“天下安平”。