東漢時代門閥的發展，大體經曆了三個階段：漢和帝之前，是門閥政治的雛形時期；漢和帝到漢順帝之間，是門閥政治的壯大時期；漢順帝直至東漢滅亡，是門閥製度的徹底確立時期。
漢光武帝劉秀在位時期，是門閥政治的雛形時期。這段時間，東漢帝國尚能注意權力的平衡，采取了權力收歸中央，建立中央集權的政策。比如收攏地方的兵權，地方太守帶兵、調兵職權，都被盡可能地收回中央。與此同時，漢光武帝還格外注重任用酷吏。他在位的時候，強項令董宣等人是豪強們所畏懼的人物。漢光武帝劉秀苦心建立的，是他心目中的政治平衡，即享有高榮耀的勳貴們並不掌握實權，隻有經濟上的特權和地位上的尊榮，而真正執掌國家行政權力的，卻是那些品級低微的小吏們。兩種權力相互製衡，才會有中央集權的神聖不可侵犯。
所以在漢光武帝、漢明帝、漢章帝三代，漢朝皇帝的拳頭都是向下打的，不斷地出台各種政策，盡可能地打壓勳貴勢力，不給他們掌握國家政權的機會。這時期東漢帝國的人才選拔製度也比較完善。東漢全盤繼承了西漢時期的人才選拔製度，即孝廉製度，在地方上由州郡推舉人才。從理論上來說，這種選拔人才製度，能做到相對公平公正，西漢時期的諸多人才，都是寒門出身。比如漢武帝時期，曾經做過丞相的公孫弘，原本是農村的放豬郎，擔任過丞相的主父偃，是一個遊學四方不被重用的窮儒。西漢帝國早期、中期、晚期，都有大量平民出身的才俊進入權力的最高層。但東漢帝國照搬了西漢的孝廉製度後，沒有再現西漢的情形，孝廉製度成為與門閥製度相互影響、共同發展的方式。
孝廉製度給了門閥製度坐大的機會，公正性名存實亡。孝廉製度的核心，在於地方官舉薦優秀的俊才，但是隨著門閥的壯大，豪門在地方上擁有越來越多的影響力，人才的選拔，也越來越多地受到豪門的影響，發展到最後，甚至成了豪門輪流坐莊的權力遊戲。而西漢儒家的壯大，也同樣對門閥製度影響頗深。儒家的師承關係，乃至師門關係，在東漢時代已經日益完整，結果就是孝廉舉薦往往是同一師門的自己人，不在這圈子裏混的寒門，無論如何也不可能享有機會。如此種種，門閥通過名義上公正的孝廉製度，越來越多地占據要津。這一段變化，主要發生在東漢和帝至東漢順帝時期。
東漢晚期，門閥製度正式確立，這要拜一場大起義——張角黃巾軍起義所賜。在黃巾軍起義的打擊下，東漢帝國分崩離析，原有的軍事體係徹底崩潰。為了挽救危局，東漢政府采取了允許各地自募鄉勇的政策，帶來的後果，是始料未及的。大批門閥紛紛借機擴張勢力，觸角伸到了中央集權的最後一個禁區——軍隊。結果各地的門閥成了盤踞各地的諸侯，天子則成了大家的招牌，而不再是效忠的對象。後來東漢末年天下大亂，乃至三國局麵的形成，都由此而肇始。
門閥製度沒有因為東漢的滅亡而滅亡，反而繼續發展，到了南北朝時期，更成了壟斷當時中國權力的士族階層。這樣的政治局麵一直持續了數百年，直到唐宋時期，隨著科舉製度的實行，門閥製度才日漸衰落。