《海防圖論》主要篇目有：海防圖、廣東要害論、瓊管論（原作瓊館守禦論）、廣福通番當禁論、福洋要害論、福洋五寨會哨論、福寧州論（原作福寧州守禦論）、廣福浙兵船當會哨論、浙江四參六總分哨論（原作浙洋守禦論）、舟山論、浙直福兵船當會哨論、蘇州水陸守禦論（原作蘇鬆水陸守禦論）、江北設險方略論、江淮要害論、山東預備論、遼東軍餉論、日本考略。本書鉛印本後附《陣紀》八篇：戰令、戰機、摧陷、水戰、火戰、夜戰、山林澤穀之戰、風雨雪霧之戰。以《武經七書》的言論為根據，闡述戰場律令、戰機選擇和各種天候地形條件下的作戰特點。
《海防圖論》以地形和倭情為依據，論述了沿海各地的戰略形勢和在抗倭中的戰略地位，提出了加強防禦的措施。其總的防禦思想是禦之於遠洋，殲敵於近岸，各省聯合防禦，協同會剿，內外夾持，水陸兼備。具體措施主要有加強魚船管理，除掉內奸，使倭寇失去耳目和向導；占領海上要害島嶼，封鎖倭寇必經之路；分哨和會哨緊密結合，尤其要加強防禦接合部的會哨，堵塞一切空隙；在沿岸港口設水陸把總和遊兵把總，既能水上擊敵，又能在陸上堵截殲敵；組織團練鄉兵，使處處有禦倭之兵。每篇之後有輯錄者的評論，如“蘇州水陸守禦論”後，針對原文提出的“調募客兵不如調土著之兵，可調習而有常；官造戰船不如雇民間造私船，皮堅久而省費”的主張，評論說，“蘇鬆海防所依賴者，無過兵船。第招募客兵亦未為不可，至於戰船民造，實為堅久，是當永為例雲”。
《海防圖論》是明代的重要海防文獻，所提出的禦倭方略在當時具有重要意義。據胡宗憲《籌海圖編·序》可知，此書在嘉靖年間刊印過，稱《萬裏海防》，此刊本今不可見。萬曆年間刻本改稱《海防圖說》。以後被《兵垣四編》、《長恩書室叢書》、《後知不足齋叢書》等叢書收錄，均題《海防圖論》。《武備誌》
《武備誌》是中國古代部頭最大的一部綜合性兵書。全書二百四十卷，約二百萬字，附圖七百三十餘幅，被稱為“軍事學的百科全書”。這部兵學巨著是由茅元儀曆時十五年撰成。
茅元儀（1594～1640），字止生，號石民，又號東海波臣、夢閣主人、半石址山公等，明歸安（今浙江吳興）人，明末傑出的軍事家和文學家。他出身世代書香門第，自幼好學不厭，博覽群書，尤“喜讀兵農之道”。年方十歲，他的家鄉吳興遇大災荒，太守集議賑荒，官吏及富戶無人敢應諾，獨有未成年的茅元儀請求傾盡家藏糧食數萬石，以救濟災民。他熟悉古今用兵方略，對九邊阮塞要害，口陳手畫，了如指掌。麵對後金政權崛起，狼煙頻頻，明廷政治腐敗，國運衰落，激起了發奮學習，探討“治國平天下”方略，著書立說，以振興明朝武備的雄心壯誌。他寓居南京，潛心研究曆代兵法韜略和當代國防形勢，傾注十五年的心血，撰成了《武備誌》這部古代兵學巨著，於天啟辛酉（1621）刻印成書。自此，這位年輕學子聲譽鵲起，以“知兵”之名被任為讚畫，隨大學士孫承宗督師遼東，抵禦後金。他曾出塞視察紅螺山，七天不見煙火，隨從都麵無人色，而他仍從容不迫。並到江南募集舟師戰艦，為孫承宗籌劃了遼東水軍的部署。不久，孫承宗遭排擠去職，茅元儀亦被削籍，告病南歸。崇禎帝即位後，茅元儀赴京向新帝進呈《武備誌》，“且上言東西夷情，閩粵疆事及兵食富強大計，先帝命待詔翰林”。然而卻被權臣王在晉等所中傷，以“傲上”的罪名被放逐定興（今屬河北）江村。崇禎二年（1628）冬，後金騎兵進逼京師，孫承宗於危難之際再度受命督師。茅元儀和二十四騎護衛孫承宗，從東便門突圍至通州，擊退後金軍，解除了京師之危。茅元儀被任為副總兵，督理覺華島（今遼寧興城菊花島）水師。先被權臣所忌被解職，後受遼東兵嘩之累，充軍福建。遼東軍情緊急，請求募死士勤王，遭到權臣阻撓，悲憤縱酒而亡。茅元儀文武雙全。明清之際學者稱讚他“年少西吳出，名成北闕聞，下帷稱學者，上馬即將軍”。他一生著述宏富，據《方以智茅元儀著述知見錄》（任道斌編著，書目文獻出版社1985年版）統計，其著作有《武備誌》、《督師紀略》等60餘種，數百萬言。但由於屢遭禁毀，多散佚。
《武備誌》是一部大型綜合性輯評體兵書。它體係宏大，條理清晰，體例統一。全書分類排纂史料，每類之前有序言，考鏡源流，概括內容，說明編纂指導思想和資料依據；大類之下有小類，小類之下根據需要設細目，如《軍資乘》下又分為8類64個細目；文中有夾注，解釋難懂的字詞典故，如在《孫子·行軍篇》“仗而立者”下注“依兵仗而立”；文旁有批點，用“〇”表微妙處，用“”表示緊關處，用豎空心線“”表示一篇綱領，用豎黑線“”表示分段條目，用“”表示隱微處；文上有眉批，或讚揚，或批判，不拘一格，如在《孫子·九地篇》“善用兵者，譬如率然……擊其中則首尾俱至”上批道：“千古陣法，概此一語。李藥師稍窺其端，其餘名將猶墮雲霧中。”《武備誌》完備的體例，不僅表明了著者對各個問題的看法，而且為讀者把握全書的重點提供了線索。
《武備誌》共由兵訣評、陣練製、軍資乘、占度載五大部分組成。
《兵訣評》，18卷，選錄《孫子》、《吳子》、《司馬法》、《三略》、《六韜》、《尉繚子》、《李衛公問對》全文和《太白陰經》、《虎鈐經》的部分內容，進行評點。他非常推崇《孫子》，“自古談兵者，必首推孫武子”。他還有一段名言：“先秦之言兵者六家，前孫子者，孫子不遺，後孫子者，不能遺孫子，謂五家為孫子注疏可也。”後人在引用這段話時往往掐頭去尾，隻取中間一句，來證明《孫子》是古代“空前絕後”之作，實際上是不符合茅元儀本意的。茅氏是將《孫子》與先秦其他五家兵書相對比得出的結論。盡管如此，茅氏評說仍有偏頗之處。不可否認，《孫子》的成就最高，但其他五家也各具特點，都在不同的方麵對《孫子》有所發展。
《戰略考》，三十三卷，按照時間順序，從戰略的高度選錄了春秋、戰國、西漢、東漢、三國、晉、宋、齊、梁、陳、隋、唐、五代、北宋、南宋、元等十六個朝代有參考價值的戰爭戰例。茅元儀認為，“良工不能離規矩，哲士不能離往法。古今之事，異形而同情，情同則法可通；古今之人，異情而同事，事同則意可祖”。所以作《戰略考》“以為今之資”。古代戰爭戰例資料非常浩瀚，他並非有記必錄，而是有嚴格的標準：一、不是講戰略的不錄，“非略弗錄”；二、不是奇略不錄，“略非奇不錄”；三、要能啟人心智，“每舉一事而足益人意誌”；四、要能“言之竟日而弗倦，試之萬遍而不窮”。《戰略考》共選錄六百餘個戰爭戰例，大都在曆史上以奇謀偉略取勝著稱，如馬陵之戰、赤壁之戰、淝水之戰、虎牢之戰等等。
《陣練製》，41卷，由“陣”和“練”兩大部分組成，前者強調要詳細，後者強調要通俗實用，“陣取其製，製則寧詳；練取其實，實則寧俚。”“陣”下又分94個細目，附三百一十九幅陣圖，詳細記載了從先秦至明代各種陣法陣圖，堪稱古代陣法陣圖大全。茅元儀認為，古代陣法失傳，後人便胡編亂造。本來古人量地製陣，出現方、圓、曲、直、銳之形，可後來有人便“易以旌旗之名，詭以神將之臨，重以五行之目，飾以五方之色，淆以吉凶之門”，把本來很形象實用的陣法搞得撲朔迷離。其原因是秦以來讖諱盛行，陣法也被蒙上了神秘色彩。其中“有最卑淺而無當者”。對這些詭誕不經之作，如果廢掉，有人反而會以此惑世，“故譜而存之，鮮有刪鏟，陣所掊擊，以廣學者之目。”“練”又分選士、編伍、懸令、教旗、教藝五部分，詳記士卒選練之法。有士卒的選拔淘汰，車、步、騎、水兵的編伍，賞罰律例，教兵方法，兵器訓練等，多采自唐宋以來的兵書《太白陰經》、《虎鈐經》、《行軍需知》、《紀效新書》、《練兵實紀》等。
《軍資乘》，五十五卷，由營、戰、攻、守、水、火、餉、馬八部分組成。類下又有子目，子目下又分細目，內容非常廣泛。現將子目抄錄於下：營：營製（下設十八個細目，記李靖等立營方法）、營算、營地、營規、夜營、暗營；戰：軍行、渡險、齎糧、尋水、候探、烽火、鄉導、審時、布戰、料敵、應戰、設險、入伐、受降、符契、旌旗、器械（下設三十三個細目，記弓矢刀劍等兵器）、祭榪；攻：措置條件、器具圖說；守：城製、約束、需備、措應、器式、堡約；水：水利、水平、戰船、濟水、禁涉、海候；火：製火器法（下設三十七個細目，記各種火藥製造方法）、用火器法（下設五個細目，記各種條件下火器使用方法）、火器圖說（下設四個細目，記各種火器圖式）；餉：屯田今製、屯田水利、河漕、海運、車運、騎運、人運、米鹽、宴犒、礦砂、醫藥；馬：相形、相毛、齒訣、芻水、醫藥、禁忌、簡別、結束、馳驟、征調、廄牧、貢市、虜產。從以上子目可以看出，這部分所記軍用物資完備而詳細，從攻守器械、火器火藥、車馬戰船到糧餉米鹽無不具載，堪稱古代軍用物資大全。尤其是在軍事技術方麵收錄資料更豐富，共收錄各類武器裝備六百餘種，其中僅火器即達180多種。是收錄軍事技術成果最多的一部兵書。不僅如此，它還首次輯錄了火龍出水（一種龍頭多發火箭）等他書罕載的珍貴資料。在這裏值得一提的是，“海候”部分占風、雲、霧、電、海潮等內容與《占度載》的占驗內容不同，它是當時氣象經驗的總結，沒有把自然現象與人事相附會，有一定實用價值，如“占霧門”用霧相預測天氣：“曉霧即收，晴天可求。霧收不起，細雨不止。三日霧蒙，必起狂風。白虹下降，惡霧必散。”還記載了浙東等沿海地區的潮候。
《占度載》，九十三卷，由占、度兩部分組成。“占”即占天，記天文氣象。子目有：占天、占日、占月、占星、占雲、占風雨、占風、占蒙霧、占紅霓、占霞、占雨雹、占雷電、占霜露、占冰雪、占五行、太乙、奇門、六壬、雜占、選擇、厭禳。這部分內容反映了古代人們對天文氣象的樸素認識，如“天色慘黃為風”等。但是轉而把自然現象與人事相附會，便成為謊誕迷信之說，如“天色慘白，風聲淒切，大兵起”等。