其一是練膽理論的提出和闡發。前人認識到士氣對作戰的重要作用，但曆代兵家所重視的隻是臨陣激發士氣而已。戚繼光則明確提出了士氣來源於平時訓練的理論，並認為“練膽氣乃練之本也”。膽氣有真與客之分，“出諸心者為真氣，格於物而發者為客氣”。從而找到了膽氣的不同來源，為膽氣的訓練提供了理論依據。
其二是提出了“練將”的概念，明確指出隻有通過嚴格的培養、訓練才能造就優秀的將領。他將將領的素質概括為德、才兩個方麵，並提出了26條具體的要求，使練將變得切實可行。培養將領，首先要經過院校的教育，即將有誌於武事的青年集中起來，入武學進行學習。學習的內容包括儒家的經典著作、《武經七書》等兵學著書和行伍、器械、營陣等，以培養他們的品質，增長他們的軍事才幹。其次，“置諸桴鼓實用之間”，讓他們在實踐中鍛煉成才。
其三是使軍事訓練思想體係化、完備化。由於“練膽”、“練將”的提出，彌補了以往訓練要素不完備的缺陷，從而導致了中國曆史上第一個完整的軍事訓練理論體係的誕生。軍事訓練包括練兵和練將兩大部分。練兵包括練藝（技藝訓練）、練陣（陣法訓練）和練膽（膽氣訓練）三個方麵；練將則區分為練將德與練將才兩個方麵。不僅如此，他還對訓練各要素的相互關係作了比較全麵、辯證的論述。如對於練兵與練將的關係，他認為士兵是戰爭的主體，沒有大批訓練有素的士兵，就不可能取得戰爭的勝利。然而，練兵畢竟是由將領來組織進行的，沒有德才兼備的將領，沒有一批優秀的軍事骨幹，就不可能練出訓練有素的精兵。因此，戚繼光強調練兵與練將並重，而以練將為軍事訓練的關鍵所在。這標誌著中國傳統軍事訓練思想已走向成熟。
十四卷本《紀效新書》現存的主要版本有：明萬曆十二年（1584）、十六年、二十年、三十二年刻本，明崇禎十七年刻本和一種不明時間的明刻本，此外還有一種手抄本。這些版本目前存數極少，多數已為孤本。其原因可能是《四庫全書》對十四卷本《紀效新書》既未收錄，也未存目，卻全文收錄了十八卷本《紀效新書》和《練兵實紀》。由於十八卷本《紀效新書》和《練兵實紀》的廣泛流傳，這部真正集中反映戚繼光軍事思想的兵書卻漸為後人所不知了，這不能不說是一件十分遺憾的事。