與《南船紀》以戰船為主線展開記述的方式不同，《龍江船廠誌》則是以與建廠有關的問題為主線展開記述，各有特點。
卷三官司誌
本卷主要論述全廠人員的來源、組成、分工等內容，並指出官員的設置是遵循“有是事而後有是官”的原則進行的。
“官司誌”指出：明朝建立後朝廷設立六部，故“政無旁出”，兩直隸的河渠舟楫之事，均有都水司郎中主其事，而設於衛河、清江、龍江三個造船廠的分司提舉司則隸屬於都水司。其中衛河、清江兩廠建置於永樂年以後，也專理漕務用船的業務。隻有“龍江（廠）則肇自洪武初年，專為（建造）戰艦而設也”。
廠的行政機構為龍江提舉司，司設正八品提舉1人，正九品副提舉2人，典史1人未入流。正德十三年（1518），裁撤副提舉與典史各1人。嘉靖七年（1528），隻保留提舉1人。提舉專掌戰船、巡船之政令，每月初一與十五日，向南京中軍都督府與操江都察院彙報請示工作。副提舉協助提舉工作。典史職掌廠內公文往來收發之事。全廠的辦事機構為幫工指揮廳，廳設幫工指揮千戶、百戶各1人，每5年考核選拔一次，由清廉勤奮者充任，受中軍都督府與操江都察院約束，主要督率駕船官軍在廠協濟小工；戰船建成後，要統計上報中軍都督府與操江都察院，聽候驗收與調撥。
廠內工匠招募自浙江、江西、湖廣、福建、南直隸等地臨海濱江府縣的居民，初有400餘戶，隸籍於提舉司，編為四廂，廂設廂長1人。第一廂為船木梭櫓索匠，第二廂為船木鐵纜匠，第三廂為胎匠，第四廂為棕篷匠。每廂下編10甲，每甲設甲長1人，統10匠戶。又從400餘匠戶中選擇下力有餘、行為端正的45人當作頭，在技術上督促與檢查工匠的工作，分布於各工種之中。其中木作、船作各4人，篷作、索作各2人，鐵作、纜作、細木作各1人。此外，廠內還要奉工部之命，派出造船工匠至其他部門充當工役，如充內官監匠38人、禦馬監匠4人、丁字庫匠3人、寶船廠2人、酒醋麵局匠3人、後湖水夫74人、看料匠丁20人、更夫15人、橋夫4人、腳頭1人，共170人。他們或完工後返回廠內，或常年充役不回。除固定造船匠外，還招用一些船戶駕船，招用一些佃戶充當船廠起船、出船、車水、作壩等臨時雜役。從工部其他所、局調配一些工匠，參與完成新增造戰船之工役。這些工匠被稱作上作頭，以便與廠內之作頭有所區別，其中搭罩篷作3人、旗作、油畫作、鼓作、銅作、絛作、鑄作、蜊殼作、穿椅作、貼金作、纓作、旋作各1人，箍桶作2人，共16人。
卷四建置誌
本卷主要論述龍江造船廠設置的年代、廠區四至道裏、廠內設置的各部門及沿革大要，為今人考證龍江造船廠的確切位置，提供了極具說服力的原始佐證。
據“建置誌”記載：“洪武初，即都城西北隅空地開廠造船，其地東抵城壕，西抵秦淮街軍隊塘地，西北抵儀風門第一廂民住官廊房基地（闊一百三十八丈），南抵留守右衛軍營基地，北抵南京兵部苜蓿地及彭城伯張騏（此字原文不清，《明史·表第九·外戚恩澤侯表》為騏）田（闊三百五十四丈，闊原為深，似誤，故改），經多方考證，該廠廠址約於今南京漢中門與挹江門之間，靠近長江邊。“廠地外縈天塹，內倚石城，衍沃四望，盧龍、馬鞍、掛榜諸峰，前後拱揖，足稱形勝”之地。
廠內建有提舉司堂、寢。廡、門，幫工指揮廳辦公用房，以及篷廠、細木作、油漆作、艙作、鐵作、索作、纜作、看料鋪舍等房舍。
船廠對於進料、管料、用料、成品檢驗、財務收支等，都有嚴格的製度，明細的規定，違者要受到處罰。龍江造船廠創辦後，即由工部直接掌握。到永樂年間，因鄭和下西洋所乘寶船在該廠建造，故又被稱為寶船廠。據《龍江船廠誌·訓典誌》記載：“永樂五年，改造海運船二百四十九隻，鄭和畫像備使西洋諸國”，為三寶太監鄭和組織龐大船隊出使西洋作了充分準備。明代兵書著述家茅元儀在其所編纂的《武備誌》卷二百四十中所列的“鄭和航海圖”，其全名為“自寶船廠開船從龍江關出水直抵外國諸藩國”（圖名似指寶船廠設在龍江關）。永樂十九年（1421），朱棣因奉天等三大殿發生火災，內心惶懼不安，故下令停造寶船。鄭和第六次下西洋結束後，即留在南京。朱棣死後，朱高熾即位，重申停造寶船之令。此後，龍江造船廠便遂行一船造船任務。
卷六孚革誌
本卷主要論述治廠的首要問題在於官員的嚴格律己和慎重用人，要力求革除種種弊端。雖然革除弊端並不容易，但必須下大力革除。
1.官員要革除弊端必須嚴於律己
官員律己必須要做到慎任使、杜請托、平市價、略勢分、察扣減等五條。其一是慎任使，即對所任用的人，要親自選拔才智兼備者充，其二是杜請托，即不徇私情而要秉公擇人，其三是平市價，即要掌握市場行價情況，不受采購者蒙蔽，其四是略勢分，即要了解全廠情況，對下屬要“恩威兼著，情法並行，使彼畏我而不敢欺，愛我而不忍欺”，這樣才能使下屬“樂於趨事而大有功矣”，其五是要察扣減，即必須嚴禁官吏克扣工匠的辛勞所得。廠內官員隻有嚴於律己，秉公治廠，才能將廠辦好。
2.革除收料中的八種弊端
廠內在驗收入廠材料時經常有八種弊端需要革除：其一是燭（識破）容隱，即送料人用財物賄賂收料人，收料人便容忍材料短缺、以次充好等情況，故意視而不見，“容隱不舉”，隱瞞不報，因此必須“稽考嚴密”，嚴懲不殆；其二是預儲蓄，即要在春夏木料上市充裕時多加采購，以便在秋冬時不缺木料，避免商人在此時哄抬物價；其三是戒濫惡，即廠內采辦人員在收購楠木、杉木等木料時，必須按標準擇優選購，濫惡差次不合標準的木料一律不收；其四是僅權度，即對購買的木料要嚴格量衡、烙號，隨時勘查，以防挪移；其五是禁需求，即要在商人向廠內交貨驗收時，付清貨價，否則辦事人會拖到完工時才交付貨款，並巧立名目刁難敲詐商人，從中漁利；其六是量貼息，商家交貨時常變換手法加價貼息，對此要嚴加稽查，除加付送貨的腳力錢外，其他不得隨意貼息加價；其七是稽抵換，即物料在送往場庫路中，有時會被人用次料抵換好料，故應先派辦事人前往場庫烙號回驗，方可入庫；其八懲勒，即廠內作頭赴場庫支料時，看守人常勒索小錢，凡遇此種情況便嚴加懲處。
3.革除造船中的弊端
廠內在造船過程中也有十種弊端需要革除：其一是以薄板衝厚板；其二是釘稀，即減少船釘的密度，從中偷取釘料；其三是不精，即施工粗製濫造；其四是不式，即不按規定的製式施工；其五是故板，即用破朽盈縮的舊船板，冒充好船板，用在新建造的船上；其六是省艙，即克扣新船用於舟念縫的舟念料；其七是稽延，即拖延新造船交付使用的時間；其八是克減，即克減造船所用的各種物料；其九是詐，即船廠作頭強迫監督人接收不合格的新船；其十是賠補，即廠內在給匠作支付工錢時，隻付正工工薪費而不付雜工工薪費，至使匠作日貧，不堪忍受，應加賠補。上述造船過程中出現的十種弊端，嚴重影響了新造船隻的質量，所以必須嚴加革除。
4.革除收船中的兩種弊端