兩晉時期，由於戰亂不止，一方麵社會生產力遭到一定的破壞，從而阻礙了軍事手工業的正常發展；另一方麵，軍事手工業又關係到統冶者政權的鞏固與否，戰爭又促進了軍事手工業的發展。在戰亂中，冶鑄業和兵器製造業工藝改進，技術提高。如東晉時，發明了橫法鋼，用這種新鋼鐵製造的刀劍，鋒利無比。當時生產的兵器，除承襲前代的刀、矛、劍之外，增加了少數民族的雜色兵器，如鞭、鐧之類，形製比前代複雜。統治者對兵器的質量要求很高，箭鏃大多用鋼製成，特別講求穿甲力，如果箭鏃穿透力達不到官府的要求，“射甲不入，即斬弓人”。因而晉代的兵器質量比較好，尤其是弩和箭質量更優。弩比漢代大，有萬鈞神弩美稱。晉安帝義熙六年（公元410年），劉裕用萬鈞神弩，連破盧循。《晉書》載：鋼製箭鏃能將“鐵厚一寸，射而洞子。”西晉生產的鎧甲，主要是“筒袖鎧”因主要繼承三國時期蜀國的甲製，被名為“諸葛亮筒袖鎧”，東晉沿襲西晉甲製，無大變化。
兩晉的造船業已具有相當的規模，對兵船的改進有著重要影響。晉武帝在平吳之前，針對西晉水軍不足的情況，大力發展造船業，在各地興辦造船工場，從而使兵船質量和數量均大有提高。王氵睿在益州造的樓艦，可容二千餘人，船上可馳馬往來，“舟楫之盛，自古未有。”東晉時，由於南北對峙的軍事形勢，統治者非常重視修造船艦，建立水師。戰船上兩邊新裝了有作戰用的拍竿，這是一種利用杠杆原理裝置的攻擊武器，可在近距離拍擊敵艦。隨著造船業的發達，戰時可出動大批的戰船。東晉造船業的發展，一定程度上加強了南方的軍事經濟實力，在南北長期軍事對峙中，有著重要作用。
兩晉時期的軍事生產管理機構
兩晉時期的軍事農業與軍事手工業已成為國家經濟的重要組成部分，因而在中央一級由主管經濟的機構管理。兩晉的財政官職體製大體與曹魏相似。度支尚書統一掌管財政大計。大司農、少府仍存在，分別掌管糧穀和布帛。所不同的是，大司農的地位進一步降低。晉武帝鹹寧時，有人建議皇帝“若欲省官，私謂九寺可並於尚書”，當時未被最高統治者采納。但在東晉哀帝時曾一度罷省司農，反映大司農在財政方麵已失去了重要作用。
晉朝掌理經濟的也稱為度支尚書，但是屬官有些變動。武帝時罷農部、定課，置吏部、金部、倉部、客曹、駕部、屯田、度支、運部等35曹，軍事農業生產由度支尚書屬下的機構管理。東晉時減為10曹郎，康、穆以後為18曹郎。部門雖多有所更易，時增時減，但各曹之職能無多大變化。盡管大司農地位降低，但其屬官仍掌以糧穀事宜。史載，大司農“統太倉，籍田，導官三令”。屯田糧食等收獲物，送大司農下屬的官倉儲存。由於兩晉時期實行分封製，各地的軍屯管理大權落人軍事官僚手中。西晉時，關中、豫州、冀州、青徐四鎮屬軍事大鎮，每地有兵4萬以上，軍事屯田規模很大，都督刺史派員管理屯田，“資實兵甲，居朝廷之半”。“八州士眾資調，殆不為國家用”，中央機關對軍屯管理逐漸失去作用。
晉政權從中央到地方都設有管理兵器製造的機構。中央由少府總管，下屬有製造、庫藏等部門。除少府外，中央行政機關尚書省的下屬機構，也有分工主管兵器之官員，“晉宋之世……右丞掌台內庫藏廬舍，凡諸器用之物刑獄、兵器”。東晉時，少府的地位也有降低，逐漸失去管理錢帛庫藏之積，與財政管理脫節而成為專管官營手工業的機構。由於國家處於財政虛竭，“主弱臣強”狀況，各地軍事手工業生產大權落入封建割據勢力手中。