進入元朝之後，因軍事鬥爭的需要，牧馬業又有新的發展。中統四年（1263年）忽必烈在朝廷專門設立了掌管馬政的郡牧所，隸屬太府監。以後又把群牧所升為尚牧監、太仆院，最後改為太仆寺，直接隸屬於中書省。在全國建立了十四個大牧場，東至朝鮮南部，西至甘肅，南暨雲南，“周回萬裏，無非牧地”。牧場設有千戶、百戶進行管理。和軍隊一樣，牧場的千戶、百戶也是世襲的，反映了元朝馬政的軍事性質。朝廷對馬政管理極嚴，每年太仆寺官員都要巡視全國各牧場，進行普遍檢查，一一核對馬匹數量。隸屬太仆寺的馬，要在左股上烙以官印，稱為大印子。由於朝廷重視、管理嚴格，官府牧場亦有很大發展，“太仆之馬，殆不可以數計。”官牧、軍牧的發展，致使元朝養馬，一時達到極盛，騎兵大有發展。蒙古軍、探馬赤軍官兵幾乎人人有馬，而且一個騎兵有三至五匹馬備用，除了用馬奶充饑外，在行軍和戰鬥中衝擊時馬匹可以輪換使用。漢軍和新附軍中也有騎兵。
官府牧場養殖的馬匹，絕大部分保障軍隊需要，隻有一小部分滿足皇家乘騎、儀仗以及生活需要。由於元朝軍隊以騎兵為主要兵種，在戰爭頻繁、軍馬消耗過大的情況下，僅官府牧馬還不能完全滿足軍事上的需要，因而官府還采取各種措施鼓勵民間養馬。元朝鼓勵民間養馬，不僅僅是為了發展經濟，增加財政收入，而且也是為了進一步擴大軍牧生產範圍，解決軍馬不足的需要。因為元廷有一個成文的規定，“軍事緊急，比及和買，誠恐遲誤”，官府可以隨時在全國各地征調軍馬。
蒙古國在牧民中征發軍馬，主要是采取“抽分”和“刷馬”的辦法。所謂“抽分”，就是在牧民中征收馬、牛、羊等。元廷規定：“探馬赤軍馬、牛、羊等一百口，抽分一口。與下戶貧乏軍接濟物力。”一般蒙古部民不足一百者，見群充分一口，探馬赤軍人所屬牧群不足一百者，則可因“軍與其餘百姓不同”而免去抽分。
“刷馬”政策，就是強奪民馬。蒙古興起於北方草原，“俗善騎射，因以弓馬之利取天下”。元朝建立之後，元軍仍以騎兵為主要兵種，南北征戰皆借助於馬力。因而馬匹對元朝來說，是至關重要的。但是，元朝中央財政十分困難，不可能提供大量經費支付巨大的購置軍馬費用。於是，元製定了在民間“刷馬”、“括馬”、“和買馬”製度，來滿足軍需。按照這種政策，每遇發生重大軍事活動時，政府可以臨時發布命令，強搜刮民間馬匹，並稱為“刷馬”、“刮馬”（也稱括馬）。也可以采取“和買馬”辦法征集軍馬。實際上，“刷馬”、“刮馬”、“和買馬”都具有強製性，政府雖然要拿出一點錢物支付，實際並不按市價交易，隻是給少量的紙鈔或實物（如布匹之類）作代價。在國家財政匱乏，而軍事需要甚急時，官府常常一點不給。這種“刮馬”製度，從元初一直貫徹到元亡。早在窩闊台汗統治起，就不時發布命令強行搜刮民間馬匹，到忽必烈時，先後五次命令“刷馬”、“括馬”，而且數目驚人。如至元十三年，二十五年兩次“刷馬”，超過二十二萬匹，最後一次是至元三十年（1293年），計劃刮馬十萬匹，由於“刷馬之故，百姓養馬者少”。結果隻刷到七萬餘匹，反映了統治者的“刷馬”政策影響了民間的養馬積極性。“刮馬”政策也是一種種族歧視政策。元政權在“刷馬”、“括馬”、“和買馬”過程中，蒙古人、漢人，以及官與民持不同的標準。一般說來，蒙古人與官員（包括蒙古、色目、漢人、南人官員）可以得到一定照顧，允許保留部分馬匹；漢人、南人百姓則往往全部征收。因為在元統治者看來，馬匹是最要的作戰工具，搜刮漢人、南人所有的馬匹，既可以保障作戰之必需，又可防止漢人、南人的反抗。所以在元末農民戰爭爆發後，統治者千方百計在民間“刮馬”。僅至正十六年（1356年），就“以今秋出師”為名，“和買馬”六萬匹。“刷馬”、“括馬”政策，實際上是不經過財政，把軍費直接轉嫁到人民身上，大大增加了人民的負擔，隻能激起更多的人民群眾起來反抗。元統治者的“刷馬”“括馬”政策也造成民間養馬業的極大破壞。為了從民間征發很多軍馬，統治者還嚴格民間馬的使用，忽必烈曾下令禁止人民用馬拉車、拖碾和耕地，嚴重影響了人民的生產和運輸。
隨著馬政的發展、軍馬的增加，蒙古貴族王公和蒙古軍隊搶奪民田，圈占牧地的事時有發生。史載：“今王公大人之家，或占民田，近於千頃。不耕不稼，謂之草場，專放孳畜。”山東濱州一帶的軍隊“多占民田為牧地，縱牛馬壞民禾稼桑棗”。這些行為，嚴重地損害了人民的利益。