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法國軍隊於4月份攻占越南東京，越南許多地方有土匪起事。廣西的援軍開到越南太原，劉長佑派道員沈壽榕領兵出關，與廣西援軍相聯。法軍見中國大軍開到，便將東京交還給越南官員，然後毀城撤走。
譚鍾麟和劉錦棠上奏，請求在新疆設立郡縣。他們還是主張按照譚鍾麟原來所奏的方案，從哈密起始，南到吐魯番，北到精河，任命官員管理，無須另外多設官員。
在回疆東四城設兵備道一員，駐在阿克蘇。阿克蘇為古溫宿國，設溫宿直隸州知州一員，治理阿克蘇，在拜縣設知縣一員，隸屬溫宿知州。在喀喇沙爾設撫民同知一員，在庫車設撫民同知一員，在烏什設撫彝同知一員，都歸東四城巡道統轄。
西四城也設兵備道一員，駐在喀什噶爾。喀什噶爾為古疏勒國，設疏勒直隸州知州一員，治理漢城，設疏勒知縣一員，治理回城，隸屬於疏勒知州。在英吉沙爾設撫彝同知一員。葉爾羌為古莎車國，設莎車直隸州知州一員，治理漢城，設葉城知縣一員，治理回城，隸屬於莎車知州。在瑪納巴什設水利撫民通判一員。和闐為古於闐國，設和闐直隸州知州一員，治理和闐，設於闐知縣一員，治理喀拉噶什，隸屬於和闐知州。以上官員，都歸西四城巡道統轄。
左宗棠曾經提出設立一名新疆總督，駐在烏魯木齊；設立一名新疆巡撫，駐在阿克蘇。譚鍾麟的看法不同，認為設立行省，應從州縣做起，然後依次設督撫管轄。現在劉錦棠把自己的想法奏報清廷。
劉錦棠說，他自從出關辦理新疆軍務以來，到現在已曆七年。經過對關外形勢的深思熟慮，他認為除了設立郡縣，改變舊製，沒有更好的辦法。但對於將新疆另設一省，他卻不以為然。現在新設南路同通州縣，加上哈密及鎮迪道原有各廳州縣，不過二十多處，即便將來地方富庶了，也不會增加多少。
劉錦棠說，考察一下各省的州縣，最少的莫過於貴州和廣西，但新疆的州縣還不到這兩個省的一半，顯然很難自成一省。而且新疆與甘肅形同唇齒，從前左宗棠以陝甘總督的身份辦理新疆軍務，所有兵餉的製辦，都是以關內為根本。他繼任總督兩年，之所以沒把事情辦砸，全仗著譚鍾麟和楊昌濬力顧全局，所以才能勉強支持。如果甘肅省的大員搞點本位主義，那麼邊疆的事情就會一團糟了。
因此，如果將關內和關外劃為兩個省份，讓二十多個州縣孤懸絕域，勢必難以自存。然而，如果讓新疆由甘肅節製，又會鞭長莫及。他建議大致模仿江蘇建製，添設一名甘肅巡撫，授予兵部尚書的頭銜，以烏魯木齊為省會，統轄哈密以西南北兩路的道廳州縣。設一名新疆布政使，隨巡撫駐紮。鎮迪道加授按察使銜，管刑名驛傳。將迪化直隸州改為知府，添設迪化知縣，與昌吉、綏來、阜康和奇台四縣一起，都隸屬迪化知府。
關於軍隊，劉錦棠建議，伊犁的滿營采用各省駐防將軍營製，迪鎮道無須都統兼轄，伊犁將軍也不需總統全疆軍隊。將烏魯木齊提督調駐喀什噶爾，在烏魯木齊自設巡撫標兵。南北兩路另設編製軍隊，添設總兵、副將、參將、遊擊、都統、守備、千總和把總等軍官。吐魯番及南路原有的參讚、辦事和領隊各大臣，一律裁撤。從哈密以北直達伊犁的都統、辦事和領隊大臣，酌量裁撤。
劉錦棠的奏疏送達清廷後，清廷下發吏部商議執行。
沈壽榕部於8月份進駐雲南宣光的都龍，製造戰船，扼守紅河。清廷見邊疆軍情緊急，將四川道員唐炯提拔為雲南布政使，令他率領一千名川軍駐紮關外，滇軍都聽他指揮。
不久，法國與越南達成和議，法國人更加緊謀劃進入雲南。劉長佑請求入京覲見。清廷下詔，任命福建巡撫岑毓英為雲貴總督，駐軍蒙自。