曾國藩的舉動，不僅遭到國人的聲討，法國人也不領情，在內罵外討聲中，他身心疲憊，舊病複發，不得不向朝廷提出請假養病的要求，請朝廷另調大臣續辦此案。
慈禧太後緊急把恭親王傳進宮來商量此事。叔嫂二人經過一番周密的論證，話題漸漸集中到正在陝西督辦軍務的李鴻章身上。
慈禧太後說：“曾國藩這次替咱們挨了一頓罵，看樣子，他在直隸是不能再待下去了。”
恭親王感歎道：“太後說得是，曾國藩這幾年是累壞了，他是該歇一歇了。”
慈禧太後又道：“直隸非同尋常，地處京師，畿輔要區，幹係重大，非一般督撫可比，一定要挑一個可靠又肯任事的人才可以。你看誰行啊？李鴻章怎麼樣啊？我記得他剛到上海不久，就趕上白齊文鬧餉的事。他不僅頂著洋人的壓力辦了，還辦得不錯，洋人都挺服他。我看這直督啊，就放他吧。讓他接辦天津教案，也替曾國藩分擔一些毀謗。何況，洋兵雲集天津，我們也要有所防範。”
恭親王答：“太後所言極是，臣下去後就讓軍機處緊急給李鴻章擬旨，讓他帶兵北援京津，以防洋人有變。”
慈禧太後想了想道：“湖廣總督就放李瀚章吧。人老實厚道，又跟了曾國藩多年，你讓軍機處擬旨吧。”
恭親王剛從宮裏下來，江寧又遞進來一份八百裏快騎專折。
慈禧太後看後大驚，忙又著人把恭親王二次傳進來，她把折子遞給恭親王道：“真是怪事，馬新貽好好的，怎麼就被人給刺死了呢？看樣子，這曾國藩還不能歇著，這兩江啊，還得他去。這馬新貽一案也來得蹊蹺，先讓張之萬到江寧去查辦此案。事關總督被刺，不能草率呀！”
派曾國藩回任兩江總督、李鴻章調補直隸總督的聖旨，火速由京師遞出。李鴻章此時剛剛抵達西安七日，尚未與陝甘總督左宗棠會麵。聖旨命李鴻章快速率軍起程，不準延誤，先行赴津辦案。
李鴻章接旨後，長出一口大氣，他一麵傳令隨行各營連夜拔寨回援京津，一麵奏請調派江蘇巡撫丁日昌赴津會辦津案。
接旨不過兩日，李鴻章隻給左宗棠留了一封告別函便離開西安，行動極其迅速。赴津途中，李鴻章在給楊禮南的信中這樣寫道：“中國不亟圖強兵經武，徒紛紛遇事張皇，事後苟且粉飾，必至失國而後已，可為寒心。”
這一年六月，曾國藩、李鴻章這對師徒，終於在洋艦雲集的天津會麵了。望著憔悴不堪倒在床上的曾國藩，李鴻章淚如泉湧，雙膝跪倒在恩師的床榻前，哽咽著說道：“恩師，門生來晚了，讓您老受累了！”
曾國藩伸出顫抖的右手，指著旁邊的一把椅子說道：“少荃，你總算來了！你起來坐下，老夫要跟你講幾句話。”
李鴻章忍悲爬起身來，搬過椅子坐在床前，說道：“恩師，您老先歇口氣，慢慢說。門生來前，已托雨生在上海請了兩名洋醫生，估計這幾日就能到。”
曾國藩點了點頭，緩緩說道：“少荃哪，津案事起倉促，至今想來猶在夢中。天津風氣剛勁，人多好義，加之地方官與法領事豐大業均處置不當，以致一哄而起，傷及英、美、俄諸國多人。列強專講戰爭，一言不合，便動刀槍。道光庚子以來，莫不如此。眼下和局來之不易，正可發憤圖強，萬莫逞一時之勇，妄開釁端。
“你來之前，老夫已奏明聖上，將天津道、府、縣各官革職交刑部問罪。法國公使羅淑亞得知情況，已同老夫鬧過三次，定要拿道、府、縣各官抵命。老夫已斷然回絕於他，萬難允從。洋人詭譎成性，得寸進尺；遇事專論強弱，不論是非，兵力愈多，挾製愈甚。此次津門詭譎之變，若我國無備，洋勢則焰張，若有備，和議或稍議定。少荃哪，你來之前，老夫已暗調湘軍張秋全隊九千人，趕赴滄州一帶駐防，以防不測。你是否也有兵力布置？講講看。”
李鴻章答：“恩師所論極是，也與門生暗合。門生接旨的當日，即令張樹聲、潘鼎新各營向直隸推進，又令丁日昌率江蘇境內湘、淮各路兵勇乘船而來。此非為戰，實為讓洋人看，希望和議成功。”
曾國藩頷首說道：“少荃，你做得對。你記著，兵端決不可自我而開，以為保民之道；時時設備，以為立國之本。二者不可偏廢。”
李鴻章道：“恩師說的是，門生下去後，就去會那些洋人，恩師隻管在此安心養病，門生隨時過來稟報進展。”
曾國藩笑道：“少荃，見到你來，老夫亦心安了。老夫雖病，但交接印綬尚能支持。你手無直隸督篆，辦起事來難免不順，也讓洋人生疑。何況，兩江督篆虛懸，馬榖山一案也要盡快查明，老夫還是到金陵養病為好。”
李鴻章忙道：“恩師容稟，門生以為，朝廷已著江寧將軍魁玉暫護督篆，馬榖山一案，又著刑部尚書張之萬馳赴江寧查辦。恩師就算緩兩個月赴任也不為遲！何況，丁日昌帶著兩名洋醫正向這裏趕來。”
曾國藩道：“少荃哪，你與老夫相處日久，老夫心中所想你該知道。老夫急欲離津，為的就是能使你放開手腳辦理此案。你久與洋人打交道，深諳交涉之理。何況，湘軍自被裁遣以後，你所部淮軍已成我大清勁旅。洋人與你交涉，必心存懼畏，當不致索求無限，和議可成焉。老夫到金陵養病，不是更好嗎？”
李鴻章含淚說道：“恩師如此說，門生不敢違拗，門生隻是擔心您老的身子骨啊！”
曾國藩果斷地說道：“少荃，你安排一下，我們午後就交印吧。”午飯過後，稍事歇息，曾國藩便與李鴻章在總督行轅舉行了交接儀式。
法國公使羅淑亞同著英國公使威妥瑪、俄國公使布策、美國公使衛廉士，氣勢洶洶地來到總督行轅，三次要求與曾國藩會麵，均遭門外親兵攔阻。
威妥瑪等人又嗷嗷叫著去三口通商大臣衙門找崇厚論理，卻被告知，崇大人已於前一日進京到總理衙門去稟告案情，曾中堂與剛到任的直隸李爵相正在行轅辦交接。
羅淑亞等人於是恍然大悟。
英國公使威妥瑪頓足道：“怪不得這幾天京津一帶增兵無數，原來是李鴻章來了！李鴻章的淮軍可不大好惹。李鴻章來直隸任總督，我們的事情可要有些棘手。這個人可是有膽子的。”
其他人默然無語，怏怏散去，決定明天再向李鴻章交涉。
交印完畢，曾國藩仿佛肩頭卸下一個大包袱，精神頓見好轉。
他一麵著人作速打點行裝，一麵把李鴻章召進密室，說道：“少荃哪，直隸雖隻十府、十二州、一百餘縣，但卻事簡而位重，靠近畿輔，有拱衛京師之責，非其他督撫所能及，是各地督撫的首領。朝廷放你來這裏，一是看好了你所部淮軍，二是看好了你這個人。你正可借機一展身手，實實在在地為國家辦幾件事情，使外洋懼我國力，不敢言戰。
“老夫垂垂老矣，剩下的日子不多了，已經辦不了幾件事。今年你我在此話別，明年此時老夫或已作古。更多的話，老夫也不去說它了，總歸不過半由人力半由天意罷了。”
李鴻章聽後心酸不已，小聲說道：“恩師的話，門生已一一記在心裏。但有一句話，門生卻一直想問您老，雨生曾向您老說過的選幼童留洋的事，究竟可行不可行呢？”
曾國藩道：“這件事，老夫並沒有忘掉，也曾向衛廉士、威妥瑪等人提起過，大致可行，但眼下不宜提起。待津案了結後，老夫一定尋機起奏，不過須你我聯合起奏才有效力。”
曾國藩當日即起程離開天津，李鴻章親自送到城門外方灑淚相別。
就在曾國藩離開天津的當日，法國與普魯士王國爆發了大規模的戰爭，史稱普法戰爭。法國政府窮於應付，連夜將停泊在天津、煙台一帶的部分軍艦，悄悄調回國內。
大清國總理衙門信息閉塞，對法國的事情並不知曉，李鴻章自然更無從知道。他基本上按照曾國藩擬定的方案，終結此案。
選撥官員
羅淑亞等人第二天照常若無其事地來會李鴻章。
互相禮畢，羅淑亞仍照前議不變，口氣十分強硬，聲稱不將天津一應官員正法，法國萬萬不肯與大清甘休。
李鴻章笑著說道：“羅公使容稟，我家曾中堂已向貴公使承諾，重修教堂，將肇事之人犯問罪正法，以消解貴國民怨。何況，天津一應官員正法，有悖常情，亦不合我大清律例，本部堂不能答應。”
“若非地方官暗中慫恿，豐大業、西蒙等人又焉能殉職？不將地方官員正法，我國斷難答應！”羅淑亞大叫道，“李大人，如果天津地方官府處置妥當，我所建教堂焉能被毀！”
李鴻章答道：“羅公使不要如此性急。不錯，津案發生，天津地方官府確有不周詳之處。但是，如果貴領事豐大業先生不開槍射人，西蒙不揮槍恫喝，豈能激起如此事變？貴我兩國既然通好，就該心平氣和地坐下商議後事，不可一味糾纏，徒生妄念。”
英國公使威妥瑪這時道：“李大人，津門事件，我國也有二人喪生。貴國曾中堂與崇大人雖已允諾厚葬，但恤銀一項尚未答複。我國公民屬無辜受害，貴國若處置不當，我國實難答應。我國外務部已三次查問此事。”
李鴻章答道：“我家曾中堂已將貴公使的請求奏明聖上，至今尚未有旨。若有旨下來，本部堂豈能不知會足下？貴我兩國通好最久，設若本部堂有意拖延，我家朝廷也不肯答應。請公使好生回複貴國朝廷，我國一定遵照所請，盡快辦理就是了。”
當日會談沒有談出什麼結果，但羅淑亞的口氣算是有所緩和，不再執意把天津一應地方官員正法。
很快，丁日昌率身邊的幾位諳洋事的隨員趕到天津，加入談判的行列，最終達成如下結果：將肇事凶犯正法，向死傷洋人遺屬賠償撫恤費，向法、英、俄、美等國支付賠償費，共五十萬兩白銀。所有搗毀之教堂、領事署所等，由清國負責修建如初。津案因對法國及法國民眾傷害過重，大清國必須派大臣赴該國度道歉，以示修好。因天津道、府、縣等一應官員已經革職問罪，這裏就不再提及。
不久，聖旨頒下，命崇厚為欽差大臣代表朝廷赴法國道歉。於是崇厚調選一應隨員，又到同文館選了剛剛期滿的生員張德彝等幾人擔任翻譯，雇輪渡出洋。
經李鴻章奏請，崇厚所遺之三口通商大臣缺分暫由丁日昌署理。
天津教案了結以後，李鴻章這才趕到保定視事，並派差官赴武昌去接一家大小到保定居住。
代表朝廷赴法國道歉的欽差大臣崇厚是何許人也？
崇厚字地山，滿洲鑲黃旗人，完顏氏，道光舉人，選知州，鹹豐十年（公元1860年）署鹽政，大撈了些黃白之物，把他抖得不行。經過一番打點，年底實授三口通商大臣署直隸總督。不久，因撈得太甚，遭禦史彈劾，免直隸總督，赴天津專任三口通商大臣。轉年初授大理寺卿，年底以兵部侍郎參直隸軍事，仍駐天津專幹通商一事。
李鴻章在上海創辦江南機器製造總局的同時，崇厚在天津奏請創設北洋機器局。不久，崇厚在天津組織洋槍隊，由英國人薄朗任領隊，在煙台和減地河北岸與撚軍對抗。
崇厚任三口通商大臣十餘年，深得總理衙門信賴和兩宮太後賞識，恩寵可想而知，也很是發了幾筆大財。若不是天津教案爆發，這三口通商大臣的肥缺，真不知要讓他幹到何年才休。
崇厚一行人眾由上海出發，曆經五十幾天的航行，終於到達馬賽。但這時的法國正與普魯士打得難解難分，政府無法接待他們。崇厚雖然一連叫了三聲“真正不巧”，卻也無可奈何，隻好歇在馬賽的一家客棧裏耐心等待召見。
清同治十年（公元1871年）三月十五日，崇厚讓翻譯張德彝奔赴巴黎打探消息，希望早日見到國君。張德彝馬上搭火輪趕往巴黎，一下火輪，巴黎恰巧發生巴黎公社起義，兩支軍隊打得異常激烈。
隔日，巴黎公社宣布成立，並組織軍隊向政府軍發起攻擊，結果失敗。法國當局這才騰出手來，安排遠來道歉的中國使節。
張德彝成了目睹法國巴黎公社從起義到失敗唯一的中國人。崇厚帶上隨員正式起程趕往巴黎的時候，遠在保定的李鴻章，卻正在總督簽押房裏，與丁日昌、許鈐身等人，計議成立天津機器製造局的事情。
此時，差官已將李鴻章的家屬由武昌接到了保定。
李瀚章已抵武昌湖廣總督衙門拜印視事，三弟鶴章、四弟蘊章、五弟鳳章、六弟昭慶等人，按著李鴻章的安排，統統留在原籍合肥，讀書的讀書，料理家務的料理家務，各有事幹，倒也不寂寞。
直隸原本事少，加之道、府、縣均肯任事，更促使李鴻章抱定宗旨，決定放開手腳在洋務上大幹一番。
他為了使事情辦得順利，又奏調薛福成、黎庶昌、吳汝綸到自己身邊任職，讓這些人也能一展身手，有一番作為。
使李鴻章信心倍增，決意在洋務上大幹一番的，還有另外一個因素：在崇厚出國月餘的時候，總理衙門大臣毛昶熙便上奏朝廷，援兩江總督兼署南洋通商大臣之例，請裁撤三口通商大臣，著歸直隸總督經管，頒給欽差大臣關防，以昭信守。
此奏遞上不久，朝廷便頒下聖旨：“改三口通商大臣為北洋通商大臣，由直隸總督兼署並頒欽差大臣關防；改天津三口通商大臣衙門為直隸總督行館。該督於每年海口春融開凍後移紮天津，至冬令封河再回省城。如天津遇有要件亦不必拘定封河回省之製。”
丁日昌自不必再署三口通商一缺，仍回任江蘇巡撫。李鴻章卻不想這麼快叫丁日昌回任，他背著丁日昌上折奏請，留丁日昌會辦津案未了之事。朝廷自然無不照準。
丁日昌於是就留了下來，幫著李鴻章籌辦天津機器製造局的事。
這天午飯後，李鴻章同丁日昌一邊在簽押房喝茶，一邊就議起天津機器製造局成立後的總辦人選一事。丁日昌掰著手指頭，點出江南製造總局和金陵製造局幾位比較能幹的官員。
李鴻章聽後一一否決，他說：“雨生，你久曆洋務，應該知道這樣一個道理。製器與練兵相為表裏，練兵而不得其器，則兵為無用；製器而不得其人，則器必無成。天津機器製造局成敗與否，關鍵在於用人一項。試想，江南製造總局與金陵製造局，若無你與容閎二人，豈能有現在這種局麵？”
丁日昌笑著問道：“爵相，您老同下官繞來繞去，這天津機器製造局，您老究竟想委誰總理其事呢？”
李鴻章放下茶杯道：“雨生，本部堂說了你可不許不同意。本部堂想把江南製造總局的會辦沈保靖調派過來，出任天津機器製造局的總辦。你看如何？”
“沈保靖？”丁日昌聞言一愣，馬上回道，“您老調誰都行，怎麼非調他呢？您可能還不知道，沈保靖已經辭缺多時了！他走時發了大誓，今後不再涉足任何洋務。”
這回輪到李鴻章愣住了：“這是為什麼？”
丁日昌答道：“下官也是聽人傳說，並非沈保靖親口所言。沈保靖一次告假回籍省親，鄉裏人都罵他是假洋鬼子，聽說他的母親也跟著罵。他去祠堂祭祖，卻被族長給轟了出來，鬧了個沒臉見人。沈保靖一氣之下便趕了回來，隨後便向下官和容閎告了長假。爵相您想想，沈保靖的一家大小，全靠他的俸祿過活，不僅起了大屋，還置辦了幾十畝的田產，如今這樣不分青紅皂白地罵他，他怎能不傷心呢？”
李鴻章長歎了一口氣道：“國門雖開，偏偏民智不開；民智不開，又如何能自強呢？我大清若能多幾個容純甫、薛叔耘這樣的人，離富強也就不遠了！雨生，你還沒有講，沈保靖現在在哪裏呢？”
丁日昌道：“他倒是沒有離開上海，但住進一家寺廟裏，每日看書寫字，抵死不肯回任。看樣子，沈保靖是讓‘洋務’二字給鬧怕了。”
“嗯，”李鴻章點了一下頭，沉思著說道，“那就這樣，先將他調到直隸隨營差遣。他到了這裏，做不做機器局的總辦，可就由不得他了。沈保靖堅明耐苦，不欺不苛，最可信賴，實為不多見之能員。雨生，這事就這麼定了。”丁日昌點頭稱是。
李鴻章又道：“還有一個人，也對洋務傷透了腦筋，立誌不再涉足官場半步，埋首鄉間做學問。我大清洋務原本乏人，偏偏又把一些有用之士閑置到一邊不理不問！真不知朝廷究竟是怎麼想的！”
丁日昌笑道：“下官沒有猜錯的話，爵相說的這個人，當是郭嵩燾郭中丞。說起來，您老的這個同年，官運真是不順。好不容易放了廣東巡撫，偏偏又和瑞麟鬧起了意氣。督撫不合，曆來是朝廷忌諱的事。瑞麟久曆封疆，又是滿人，自然不能動，就隻有動您老的這個同年了。”