紐倫堡黨代會結束後，返回駐地的元首團又迅速展開了實戰，尤其夜戰的訓練。德國吞並捷克斯洛伐克蘇台德地區前夕，駐維也納的第17軍軍長兼第17軍區指揮官步兵上將基尼茨視察了元首團，並對該團的表現留下了深刻的印象。對於即將參與到這次行動中的元首團來說，由於時間緊迫，每個營隻能匆忙派出3個戰鬥連隊跟隨國防軍部隊一起入侵捷克斯洛伐克。第17軍參謀長，總參謀部上校倫杜裏克（後成為德國南方集團軍群指揮官，上將軍銜）在準備和行動前夕給予了元首團許多幫助，這讓全團上下感激不已。
1938年10月1日，德軍占領蘇台德地區的行動正式拉開序幕。元首團也從奧地利的茨韋特爾開始向捷克的茲諾伊莫地區進發。這次倉促的行動中，元首團根本沒有時間展開先期偵察，對捷克人的防禦也一無所知。幸運的是，捷克政府屈服了，德國人沒費一槍一彈就占領了居民主要為日耳曼人的蘇台德地區。在茲諾伊莫待了沒多久後，元首團就返回了原先的駐地。
在這之後，戰鬥和各項訓練再次全麵展開。從畜力拖曳的步兵單位轉變為摩托化單位的過程並不容易，但到了1939年3月，全團上下已經為即將到來的“摩托化”做好了準備，盡管此時他們還沒有任何摩托化行軍的經驗或戰術。這段期間，元首團完全納入到國防軍的動員計劃之中，在占領整個捷克斯洛伐克的行動中，元首團將負責從南麵占領普雷斯堡（即斯洛伐克首都布拉迪斯拉法）。
1939年3月14日夜，全團在萊塔河畔布魯克集結完畢。當第17軍軍長兼第17軍區指揮官步兵上將基尼茨召見克普勒團長時，團裏部分先頭單位甚至已經進入了攻擊位置。由於捷克堅固的防禦工事，基尼茨將軍又修改了最初的計劃。元首團奉命於3月15日黎明攻擊根瑟恩多夫（維也納東北）並越過捷克斯洛伐克邊境，然後再穿過喀爾巴阡山直撲濟佩諾克。控製住瓦赫河穀後，再分別向南進軍普雷斯堡和向北麵的亞布洛內茨挺進。元首團其中1個營將跟隨國防軍部隊向北進軍。經過偵察發現，一座跨越摩拉瓦河（德語為March，多瑙河左岸支流。源出捷、波邊境蘇台德山，曲折南流，大部流經摩拉維亞平原，下遊成捷克與斯洛伐克、斯洛伐克與奧地利界河，在傑溫附近彙入多瑙河）的橋梁足夠承載團裏的重型車輛。
隨後，元首團按計劃從布魯克向根瑟恩多夫方向行軍。但是一場突降的暴風雪以及路麵上的透明薄冰導致車輛的行駛變得十分困難。1營也在這個時候被加強給了一個國防軍師，盡管有著種種困難和障礙，全團還是於15日拂曉在根瑟恩多夫周圍集結完畢。不過，那座摩拉瓦河上的年久失修的橋梁是否能夠安全通過尚待檢驗，盡管這座橋完好無損，而且幾乎無人看守，天氣也對進攻的德國人相當有利，但積雪也覆蓋住了喀爾巴阡山下所有的道路，這給部隊機動客觀上帶來了極大的影響。在濟佩諾克，黨衛隊區隊長克普勒收到報告，團裏幾百台車輛中隻有一輛在暴風雪中熄火拋錨，而且不是什麼大故障，所有人都為這些年輕司機們的卓越表現感到驕傲。那天下午，團部收到一份電報，通知他們已經完成了所有任務。
3月17日，陸軍總司令布馮·勞希奇通過無線電通知克普勒團長，他將親自趕赴喀爾巴阡山附近視察元首團，以表示對這支優秀部隊的重視。包括跟隨國防軍部隊向北進軍的1營在內，元首團是當天整個德軍部隊中唯一完成任務的作戰單位。對於這個沒有經過係統摩托化行軍訓練的新部隊而言，能在如此艱苦的環境條件下圓滿完成了所有任務，實在可謂是一項非凡的成就。
1939年5月，元首團又轉移至波美拉尼亞的大波恩訓練場。這次行軍對於那些世代生活在阿爾卑斯山下的農民兒子來說，簡直就是一次大開眼界的旅行。在這裏，部隊使用重武器進行了大量的單獨和聯合的實彈演練，使全團的作戰水平上升到了魏瑪國防軍保留的那10萬陸軍官兵的平均水準，也為元首團成為精銳部隊奠定了基石。
1939年6月訓練結束後，元首團前往布拉格，負責保衛波希米亞和摩拉維亞保護國總督馮·紐賴特的安全。
1939年9月1日，波蘭戰役爆發後，元首團也接到了維持布拉格治安的命令。當時世界上政治局勢相當緊張，英法聯軍陳兵德國邊界。所有沒有參加閃擊波蘭的德軍部隊都奉命進入西線壁壘（齊格菲防線）。到了9月中旬，元首團接到了前往黑森林地區（德國最大的森林山脈，位於德國西南部的巴登符騰堡州）瓦爾德基希小鎮擔任摩托化預備隊的命令。10月初，元首團離開西線壁壘，前往位於捷克比爾森東麵的布爾迪山訓練場。它們將在這裏與黨衛隊特別機動部隊的其它單位一起組成一個嶄新的黨衛軍師，師長就是黨衛隊地區總隊長兼武裝黨衛軍中將保羅·豪塞爾。