康熙帝即位之初，剪除了以鏊拜為首的滿族貴族中的保守勢力。強調“滿漢一視”，緩和民族矛盾，奠定了百年盛世的基礎。他在位期間。致力於鞏固邊疆，消除割據，反對分裂。先後平定三藩之亂，統一台灣；兩度親征蒙古準噶爾部的叛亂；抗擊沙俄的侵略，取得雅克薩戰役的勝利，與俄國簽訂劃定中俄東段邊界的《尼布楚條約》。維護和鞏固了國家的統一，為清朝社會的發展，提供了相對穩定的社會環境。雍正帝在位期間，繼續平定準噶爾部叛亂。為了加強對西藏地區的管理，在西藏設置了駐藏大臣。乾隆帝最終平定準噶爾部叛亂，挫敗沙俄對我國西北領土的擴張野心。之後又於天山南北路分置伊犁將軍、參讚大臣，對新疆地區實施統治和管理，還擊敗廓爾喀（尼泊爾）對西藏的入侵。頒行《欽定西藏章程》，對西藏的政治、經濟、軍事實施重大改革，提高駐藏大臣的職權。規定達賴、班禪及其他活佛轉世的“金本巴瓶掣簽”儀式，均須在駐藏大臣監視下進行，並星請中央朝廷欽定批準。
經康、雍、乾三代平定叛亂，反擊侵略的鬥爭，最終鞏固了統一的多民族國家。在經濟方麵，三個皇帝都注意發展生產，采取廢除滿族貴族的圈地、獎勵墾荒、實行更名田（即將原明代藩王莊田免價給予原佃戶耕種，佃戶改為民戶，田地永為世業）等措施；並調整賦役製度，推行“攤丁人畝”的賦稅製度。此外三帝還經常大規模地蠲免錢糧，減輕農民的賦稅負擔。為發展生產，三帝在位期間，先後對黃河、永定河進行了治理，並在江、浙修築近300裏長的海堤，以治理水患，保護農業生產。經過百餘年的恢複和發展，至乾隆中葉，社會經濟水平已達到並超過明代。康熙、雍正、乾隆三帝，在國家統治方麵，進一步加強皇權，設軍機處，實行奏折製度，根絕宦官幹政，製定嚴刑峻法，殘酷鎮壓反叛；且大興文字獄，實行文化專製，自中央到地方。建立嚴密的統治網絡，極大地強化了專製主義中央集權的統治。
在康、雍、乾三代的百餘年間，國力強盛，國內局勢相對穩定，社會經濟持續發展，國家的統一得到極大的鞏固，而被史家譽為“康乾盛世”。
閉關政策
清政府實行閉關政策，外國商品很難打入中國市場，主要是中國自給自足的自然經濟結構對外國商品有強大的抗拒力。清政府一方麵對中國人出洋貿易和居住進行嚴格限製，規定出洋船隻的大小、型製與裝載貨物的品種、數量，水手客商人數及往返期限。另一方麵對來華外國人的活動也加以限製，指定在廣州一口通商。規定進出口貨物的種類，對外國商人在中國的行動、起居製定規條，稽查防範。特別是設立行商製度，使來華的外商隻能和指定的行商交易，不準和其他人往來。這種閉關政策建立在落後的自然經濟的基礎上，力圖與外部世界隔離，以保存、維護封建主義的統治。然而清政府實行的閉關政策並不能消除或減輕外國的侵略，反而窒息了本國對外貿易和航海事業，妨礙了中國學習世界先進的思想文化和科學技術。
三藩之亂
清朝入關後，封明朝三位降將吳三桂、尚可喜（後為其子尚之信）、耿繼茂（後為其子耿精忠）為王。康熙十二年（1673），康熙帝下令撤藩，結束其各擁兵自重、獨霸封地的局麵。
朝廷的撤藩令下達後，“三藩”之首的吳三桂非常氣憤，便密謀叛清。康熙十三年（1674）一月，吳三桂殺死雲南巡撫朱國治等清朝官吏後，自稱周王，並向湖南進兵，清兵措手不及，節節敗退。隨即，靖南王耿精忠、平南王尚之信等部紛紛起來呼應。至此，三藩之亂形成。
三藩之中，吳三桂的勢力是最強的，給清政府造成了極大的威脅，但他目光短淺，並沒有乘勢追擊，貽誤戰機。康熙帝從容迎敵，並清楚地認識到三藩之中吳三桂是禍首，三桂滅、諸藩散。戰鬥進行了兩年多，戰場形勢逐漸發生逆轉，西麵叛軍王輔臣投降；東麵耿精忠作戰不力，勢窮乞降；不久廣東、廣西的尚之信也放下武器。在這期間，吳三桂病死，其子吳世藩繼位。康熙二十年（1681），昆明被清軍攻陷，吳世藩自殺。尚之信在1680年被賜死，耿精忠被俘後解至京師處死。這場曆時8年、蔓延10省的“三藩之亂”終於被平定下來。
施琅收複台灣
公元1662年，民族英雄鄭成功將荷蘭殖民主義者一舉擊敗，收複了台灣，被封為延平郡王。鄭成功死後，其子鄭經繼任。此時，清朝的統治日趨鞏固，全國統一已是人心所向，同時，鄭經集團日益腐化，並勾結荷蘭殖民主義者，妄圖把台灣從祖國的懷抱裏分離出去。公元1681年，鄭經病死，次子鄭克爽繼任延平郡王，台灣處於“人人思危”、“眾皆離心”的局麵。
在這種形勢麵前。康熙皇帝啟用愛國將領施琅再次擔任福建水師提督。命他收複台灣。施琅抱定收複台灣的決心，製定了“先取澎湖，又扼其喉”的進軍戰略。於公元1683年6月14日，率領大小戰艦300餘艘，水師2萬餘人，直取澎湖。在激烈的海戰中。施琅身先士卒，勇猛殺敵，在右眼被銃擊傷後，“以帕浸血”，“督戰益力”。清軍將士受他的鼓舞，舍生忘死，一舉攻克澎湖諸島，首戰告捷。