從思想方法上說，前兩打的失敗是主觀主義指揮的失敗，三打首先是宋江戰勝了自己頭腦中的主觀盲動，才取得了攻破祝家莊的勝利，亦即實事求是的勝利。
毛澤東多遍讀《水滸傳》，從中發現裏麵“有許多辯證法”。他的解讀見解是獨到的，見人所未見，言人所未言，這是他三溫四複地咀嚼的思維果實。他以此引導人們對《水滸傳》“起碼看三遍”，就是告訴人們，讀小說不隻是看故事，不隻是看熱鬧，要善於看透故事後麵的哲理。
講讀書學習，不知不覺總以三打祝家莊作為例證，可見他對這個故事印象之深。
三打解決三個矛盾
1959年2月，為總結“大躍進”的經驗教訓，提醒全黨必須重視矛盾、發現矛盾、認識矛盾和處理好現實中的問題，毛澤東在省市自治區黨委書記會議上的講話，又談到了《三打祝家莊》，他說：
《三打祝家莊》這個戲現在又不唱了，我倒很喜歡，先前就有“探莊”那個戲，是個很好的戲，把它發展一下，就成了《三打祝家莊》。這個戲就是解決幾個矛盾。頭兩次失敗了，第三次，先解決一個矛盾，由石秀化裝去探莊，弄清了盤陀路，解決道路問題。解決第二個矛盾，就是分化三莊聯盟，孤立祝家莊。祝家莊、扈家莊、李家莊，結成統一戰線，扈三娘、李應都是很厲害的。結果是各個擊破，先把李應拉過來，扈家莊是用武力解決的，作家寫李逵為了使扈三娘沒有顧慮，隻放走了她的一個哥哥，其他都統統殺了。所以李逵這個人還是有缺點的。解決第三個矛盾，就是對祝家莊這個內部堡壘情況不了解，這才有孫立的假投降，裏應外合，最後打進去了。這是很好的戲，為什麼不唱？（陳晉：《文人毛澤東》，上海人民出版社1997年12月第1版，第253頁）
在毛澤東的進一步發揮中，“三打”之於解決社會主義建設過程中的一些問題，仍然有著方法論方麵的啟發作用。
1958年，我國政治和經濟生活中的“大躍進”和“人民公社化”運動，帶來了比例失調、物資短缺、虛報浮誇、官僚主義等等弊端，“共產風”等“左”的錯誤嚴重地破壞了黨群關係和幹群關係，損害了廣大群眾的利益。同年底與第二年初，毛澤東在一定程度上發現了“共產風”、“浮誇風”等錯誤造成的損害，中央接連召開了鄭州會議、武昌會議、上海會議和八屆六中全會、八屆七中全會，統一思想，采取措施，壓縮空氣，降低指標，糾正“共產風”，狠刹“浮誇風”，使全國上下的狂熱氣氛初步冷卻下來。
但是，毛澤東本人一時之間也陷入迷惘之中，他既痛斥違背價值規律的種種錯誤，但又肯定總路線牽頭的“三麵紅旗”，堅持一些“左”的做法，這反映了毛澤東在探索社會主義建設道路遇到挫折後的徘徊和迷惘。
正是在這樣的背景下，毛澤東於1959年2月初，主持召開了省、市、自治區黨委書記和第一書記會議。他講自己喜歡《三打祝家莊》這個戲，講三打解決三個矛盾，在主觀願望上是希望眾位書記研究社會主義建設的各種矛盾，探索其特點規律，以便像梁山義軍三次攻打祝家莊解決三個矛盾那樣，一個一個地解決社會主義建設中的問題。
按照毛澤東的矛盾學說，問題就是矛盾，工作的目的就在於解決矛盾，而黨的各級領導者的任務和責任就在於能夠及時發現、透徹認識、正確處理各種矛盾，從必然王國進入自由王國，當社會主義建設的“明白人”。
三打祝家莊其實算不上個大的戰鬥，隻不過是梁山義軍攻破一處地主武裝的土圍子罷了。但是，毛澤東卻從中讀出了唯物論，提倡通過調查研究以克服主觀唯心主義；讀出了辯證法，提倡全麵認識事物以克服思想方法上的片麵性；讀出了鬥爭策略，善於把合法鬥爭與秘密鬥爭方式結合起來，齊心合力把各方麵力量都調動起來；讀出了事物的矛盾法則，問題就是矛盾，工作就是解決問題，社會主義建設在解決矛盾中前進。如此等等，三打祝家莊的故事在認識客觀、改造客觀中的作用可謂大矣。
把中國古典小說與馬克思主義哲學聯係起來，用小說故事本身所蘊含的哲理，來通俗地解釋馬克思主義哲學的原理，這是毛澤東的首創，這個首創開始於毛澤東在《矛盾論》中對“三打祝家莊”故事的引用闡發。