王佐的進步，直接影響著部隊的改造工作，部隊的進步又促進了王佐的進步，上下相促，內外相通，諸多因素，終於促使這支綠林隊伍走向了新生。1928年4月中旬的一天，王佐的願望實現了。他莊嚴地舉起右手，在黨旗下宣誓。他成了一名共產黨員，也成為一個紅軍將領。
對袁文才、王佐兩支農民武裝的成功改造，是井岡山鬥爭史上的一篇傑作，不僅使工農革命軍站穩了腳跟，而且壯大了力量，人心歸向，軍民空前團結，造成了很好的政治影響。由這兩支農民武裝隊伍升編的工農革命軍第一軍第一師第2團和以後改編的第32團，在創建和堅持井岡山根據地的鬥爭中，作出了重要貢獻，同時也為改造舊軍隊提供了寶貴的經驗。
然而，後來這支升編隊伍的軍事領袖袁文才和王佐，卻在毛澤東、朱德離開井岡山地區後，慘遭殺害。這其中雖有複雜的曆史原因，但與“左”傾錯誤始終蔑視毛澤東所帶領的“農軍”，把他們視為“土匪式”的舊軍隊大有關係。
1928年六七月間在莫斯科召開的中共六大的決議中，在《關於蘇維埃政權組織問題決議案》裏，對於土匪武裝的問題，做出了這樣的規定：“與土匪武裝類似的團體聯盟（指與其結成統一戰線的聯盟）在武裝起義前可以利用，武裝起義後宜解除其武裝，並嚴厲鎮壓他們”；“他們的首領應當作反革命首領，即令他們幫助武裝起義亦應如此，這類首領均應完全殲除。”
這個決議案對“土匪武裝”不加區別，一律采取“嚴厲鎮壓”的政策，對其首領“完全殲除”，顯然不符合有些地方的實際情況。這給井岡山上毛澤東的隊伍帶來災難性的後果。
1929年年初，在紅四軍（朱毛會師後合編為紅四軍）前委討論六大決議案的擴大會議上，永新縣委的王懷和寧岡縣委的龍超清等人，殺氣騰騰地站了起來，他們說道：“現在看來，殺掉袁文才、王佐完全符合中央的政策。”這些人明明知道毛澤東對袁、王的一貫政策和態度，此時顯然是在借用中央的精神壓製毛澤東。
毛澤東意識到問題的嚴重性。他一麵指示關於六大決議案的這一規定暫不讓袁、王知道；同時，再一次耐心地做當地領導人的工作。毛澤東用力地擺動夾著紙煙的大手，堅毅而鎮靜地說道：“我請幾位坐下來，靜下來，要殺人嗎，很簡單，你手裏有刀，有槍，砍掉腦殼或者用一顆子彈就解決了。”毛澤東問道：“你們以為殺掉人就能了事嗎？沒那麼簡單！後果和責任，我們必須想到。六大決議案是中央的，你說的沒錯，你們的問題在於機械地理解和執行六大決議案對土匪首領一概加以殲除的政策。”王懷等人睜大眼睛，一時講不出什麼話來。
為了統一認識，毛澤東在小範圍內召開的由朱德、陳毅、彭德懷、譚震林、陳正人和永新、寧岡縣委負責人參加的會議上，反複強調：“凡事都要作具體分析，對袁、王也要做具體分析，袁文才本來就是黨員，不能殺。王佐原來不是黨員，但過去跟豪紳對立，現在經過改造，入了黨，並且擁護和支持了我們，幫助我們安了家，紅軍醫院、修械處等不都設在茨坪王佐這裏嗎？因此，王佐也不能殺。總之，他們都是共產黨員，都是紅軍領導人，都不能殺！”經過毛澤東多次做工作，會議決定，不殺袁、王，同時將他們二人調開。袁文才改任紅四軍參謀長隨軍出發贛南，王佐仍留在三十二團與紅五軍堅守井岡山，以緩和袁、王與永新、寧岡等地方黨的負責人的矛盾。