毛澤東又在理論上把古代農民戰爭和現代無產階級領導下的農民戰爭嚴格區分為兩個不同的曆史範疇，論證了農民戰爭成敗的關鍵在於是否無產階級的領導。古代“農民起義和農民戰爭得不到如同現在所有的無產階級和共產黨的正確領導，這樣就使當時的農民革命總是陷於失敗”（《毛澤東選集》第2卷，第625頁）。而無產階級對現代農民戰爭的領導，一方麵是加強軍隊中的黨組織建設，另一方麵是加強思想領導。1965年5月，毛澤東重上井岡山，講到紅軍初期的建設時說：“為了加強共產黨對部隊的領導，首先開始在部隊中建立黨的各級組織。做到班有黨員，連有支部，營團有黨委；在連以上各級都設立黨代表，從此這支部隊完全處於黨的絕對領導之下。”（《汪東興日記》，中國社會科學出版社1993年9月版，第225—226頁）思想建軍，是毛澤東一個重要的建軍原則。他說：“無產階級思想領導的問題，是一個非常重要的問題。邊界各縣的黨，幾乎全是農民成分的黨，若不給以無產階級的思想領導，其趨向是會錯誤的。”（《毛澤東選集》第1卷，第77頁）所謂無產階級對革命軍隊的思想領導，即是用無產階級思想幫助官兵克服農民小生產者思想（包括破產的農民手工業者即遊民無產者思想）。比如，用建立根據地思想克服流寇主義思想。毛澤東指出：“曆史上的黃巢、李闖式流寇主義，已為今日的環境所不許可。”（《毛澤東選集》第1卷，第94頁）再如，用民主集中製思想克服極端民主化思想。因為極端民主化的來源，在於小資產階級的自由散漫性，等等。《毛澤東選集》中的《關於糾正黨內的錯誤思想》、《為人民服務》等著作，都是思想建軍的名篇。毛澤東對袁文才、王佐兩支農民武裝的改造，是這種思想領導的具體實踐。
毛澤東關於古代農民戰爭和無產階級領導下的農民戰爭兩個曆史範疇的理論，使中國革命戰爭避免了重蹈古代農民戰爭失敗的覆轍，從而引導無產階級領導下的農民戰爭走上了勝利的坦途。
井岡山鬥爭的初期，中央臨時政治局、湖南省委、湘南特委有“左”傾錯誤思想的領導者，不僅在總體上不懂得黨所領導的武裝鬥爭即是無產階級領導下的農民戰爭，因而把毛澤東帶領的“農軍”視為“梁山泊英雄”；而且在具體政策上更不懂得農民戰爭中一個重要的方麵是領導遊民無產者，包括改造綠林好漢（土匪武裝），因而極力譴責“農軍”的“俠義行為”，像周魯那樣視毛澤東的隊伍有“土匪式的行為”。改造“土匪武裝”問題，在無產階級領導下的農民戰爭中，即是一個非常大的問題，也是一項十分細致的工作。毛澤東初上井岡山，就聯合、改造和升編了王佐、袁文才兩支綠林隊伍，並不是突然的舉動，他有一個認識和實踐的過程。
我們知道，毛澤東和彭湃被瞿秋白稱為中共“農民運動的王”。毛澤東曾於1926年和1927年上半年，兩次開辦農民運動講習所，擔任過中共中央農委書記，多次到湖南等地考察指導農民運動，寫下了《中國農民問題》、《國民革命和農民運動》、《湖南農民運動考察報告》等一大批農運著作，對農民運動、對遊民無產者、對土匪問題都有深切的了解。
毛澤東在1926年1月發表的《中國農民中各階級的分析及其對於革命的態度》一文中說：“（遊民）這一批人很能勇敢奮鬥，引導得法可以變成一種革命力量。”“對於遊民無產階級則勸他們幫忙農民協會一邊，加入革命的大運動，以求實業問題的解決，切不可逼其跑入敵人的一邊，做了反革命的力量。”
1927年3月至6月在武昌中央農講所期間，毛澤東在其編印的《中國佃農生活舉例》中說：“中國佃農比世界上無論何國之佃農為苦，是許多佃農被擠離開土地變為兵匪遊民之真正原因。”