到這時候，朱寘鐇叛亂的消息已經由陝西巡撫飛快地傳到京師了，隨這個消息一起進京的還有那紙興化兵起兵的檄文。毫無疑問，那紙起兵檄文又在第一時間落到了劉瑾的手裏。看到上麵“誅劉瑾，清君側”的口號，劉瑾那一驚可非同小可。他趕緊把那紙檄文悄悄燒毀，隻把寧夏朱寘鐇叛亂的消息報告給了朱厚照。
朱厚照聽到這個消息也大吃一驚，火速召三位內閣大臣來商量。
彼時的內閣中，一位是前朝老臣李東陽，當年朱厚照上任不久就將內閣解散重組，李東陽是唯一留下來的一位，他在朝中的地位可以想見。一位是新得勢的楊廷和，他正日漸受到正德皇帝的寵信。另一位是劉瑾的親信曹元，卻是個基本不起什麼作用的窩囊廢。三個人中，李東陽與楊廷和早已把劉瑾的行徑惱恨透了，正找不到機會對他下手呢。唯有一個曹元是站在劉瑾的立場上，可他本就言輕，根本無法與李、楊相抗衡。
內閣會議上，平叛政策很快就製定了，是李東陽和楊廷和的建議：由都禦史楊一清和太監張永率兵征討。一聽這樣的決定，曹元可急了。為何？看看這兩者的來曆就曉得了。楊一清，原任三鎮總製，現任右都禦史，他在邊地多年，熟悉掌管邊地軍務，素有謀略，深得邊關將士們的熱愛，由他擔任總兵官督率京軍去寧夏平叛自然最為妥當。可這曹元有自己的私心算盤。楊一清與劉瑾一向不和，是一對死對頭。早年間，楊一清任三鎮總製時，因不向劉瑾行賄賂，被劉瑾誣告貪汙邊費下了詔獄，若不是李東陽力保，可能連命也丟了。
那個張永，曾經是“八虎”之一，當年與劉瑾一起上位。可與劉瑾相比，這張永讀書多，明事理，顯然識時務得多。在他心中，到底還是比劉瑾多了份是非判斷。他眼看著劉瑾在朝上朝下折騰得沒了邊兒，心下早已起了隱隱的擔憂。
朝中風向正在漸漸改變，劉瑾卻絲毫感覺不出來，可張永卻能感覺得到。當年的小皇帝正在慢慢長大，他不再一味地依賴內廷了，重用外朝就是一個明顯的政治信號。他欲用外朝力量來牽製越來越膨脹無度的內廷，這一點，張永看得清清楚楚。所以，他早已在無形中慢慢讓自己與劉瑾疏遠起來。何況，現在的他，論身份地位，與劉瑾已經不相上下了。他已升為司禮監秉筆執掌神機營，在皇帝麵前也正得寵。
盡管曹元力阻力爭，最終的商定結果還是不容他改變。正德五年四月二十一日，由楊一清任總兵官提督京軍，張永任監軍，率領京軍數萬名，浩浩蕩蕩離開京城，前往寧夏。
可讓人啼笑皆非的是，那場毫無規劃的叛亂，還沒等到京師的大軍抵達，就已經被平定了。
為何？這還得慢慢從頭說起。當時，駐守寧夏的遊擊將軍仇鉞接到邊關軍報，正率軍向西北邊關——玉泉關一帶進發，接到朱寘鐇起兵叛亂的消息，急急率軍趕回來時，朱寘鐇的叛軍已經占領了寧夏城。那讓仇鉞好不煩惱。彼時，安化王起兵正盛，仇鉞手裏掌領的卻是一幫毫無準備的疲憊之師，寧夏城又被亂軍占領，仇鉞正不知如何下手。
也許是天要亡這個興化王，在那個關鍵節口，他竟然自動上門來找仇鉞。朱寘鐇手下實在太過缺少將才了，他素知仇鉞是一名猛將，就帶著“誅劉瑾，清君側”的起兵檄文前來招降仇鉞。那正給了仇鉞一個機會，他假裝受降，把兵馬也交出去了，隻留了百十號親兵在身邊。眼看著自己一天天取得了興化王的信任，仇鉞終於在某天尋機帶著一百餘名親兵衝進了王府，將個朱寘鐇活捉了。
朱寘鐇被捉，他的部下們很快作鳥獸散。到此時，黃河東岸的明軍瞅準戰機衝殺過來，如風卷殘雲，朱寘鐇的部下及謀士們被殺的殺，捉的捉，這場倉促起兵的叛亂前後總共持續了十九天就被平定了。
朱寘鐇叛亂被平定了。楊一清與張永他們的戰爭卻並沒有停止。彼時，他們都已心照不宣，去平定朱寘鐇之亂不過是一個由頭。朱寘鐇不過一個有勇無謀的小小叛賊，興不起什麼大浪。到這個時候，連昏聵至極的正德皇帝朱厚照也已經意識到，大明朝內頭號大賊是劉瑾。朱寘鐇死了，可他那紙起兵檄文，還有列舉的劉瑾的條條罪狀還在。也許這是這位朱家子孫在無意中為祖宗的江山基業做下的唯一的一件大好事。有這紙罪狀在手，正德皇帝就可以名正言順地處死劉瑾。
這劉瑾，作惡算是作到頭了。在楊一清、張永等人的密謀之下，劉瑾很快就被抓了。正德五年秋天，劉瑾被誅。
消息傳到廬陵時，王陽明正被廬陵縣的種種政務纏繞。到此時，他才慢慢明白，為何他上報減免賦稅的事情一直沒有下文。那劉瑾，原是自顧不暇了。
4.告別廬陵陽明升遷
正德五年十一月，王陽明接到去京城覲見的命令。此時，距他來廬陵剛好七個月。七個月，從未做過縣令的王陽明，把一個又亂又窮的縣整治得像模像樣了，可他覺得還是有很多遺憾，有很多事他做過了，但做得不夠好；有很多事他想做，還沒來得及做。告別前夕，他再一次鋪紙提筆，擬就了一篇告諭，這是他來廬陵縣寫給父老鄉親們的第十六篇告諭，也是最後一篇了：
諭告父老子弟，縣令到任且七月，以多病之故，未能為爾民興利去弊。中間局於時勢，且複未免催科之憂。德澤無及於民，負爾父老子弟多矣。今茲又當北覲，私計往返，與父老且有半年之別。兼亦行藏靡定，父老其各訓誡子弟，息忿罷爭，講信修睦，各安爾室家，保爾產業，務為善良，使人愛樂，勿作凶頑，下取怨惡於鄉裏，上招刑戮於有司。嗚呼。言有盡而意無窮，縣令且行矣，吾民其聽之。
——《吿諭廬陵父老子弟》（《王文成公全書》卷二十八）
寫下這篇告諭之時，王陽明隻道他去京城待個半年，他哪裏知道，此時的京城裏正在掀起一股整治閹黨的狂潮，朝局已發生翻天覆地的變化。他那一去，就再也沒能再回到廬陵來。
劉謹倒台後，他的死黨焦芳、曹元等先後被問罪，緊接著，是吏部尚書，戶部尚書，兵部尚書，刑部尚書，工部尚書……如此一清點，整個朝廷竟然全是劉瑾的人了。這三年多以來，大明王朝竟然成了劉瑾一人的天下，連正德皇帝都被這個結果大大地驚到了。如劉瑾以前清洗朝中那些正直之臣一樣，如今朝廷清洗起劉瑾的人也毫不手軟。一時間，那些人貶的貶，罷的罷，治罪的治罪，京城大大小小的監獄都被擠滿了，朝廷的六部九卿卻幾乎空了大半。與此同時，先前被劉瑾無端罷掉貶掉的那些人，又紛紛被召回朝廷，有的是官複原職，有的被重新任命。
王陽明抵達京城，距上次他被貶離京已有近四年的時間了。父親王華早已致仕還鄉，京城裏已無王陽明的立足之地，他隻得暫時到大興隆寺安頓下來。皇城跟前，天子腳下，朝中消息每天風一樣從宮裏刮出來。今天吏部尚書被抓，明天工部尚書被抓，聽那些消息，王陽明也不過淡然一笑，善惡終有報，這些人也不過是自食其果而已。
可李東陽也要致仕還鄉的消息傳來時，王陽明是真的坐不住了。這位三朝重臣、兩朝元輔、名滿京師的文壇領袖，三年來不顧自己的名節與前途，與劉瑾等閹黨混在一起，與他們鬥爭，也與他們妥協。他曾在暗中救下許多像王陽明這樣的朝臣，被劉瑾恨得咬牙切齒；可他也被許多人誤解嘲諷，被譏為是劉瑾的同黨。就這樣人不人、鬼不鬼地跟著劉瑾混了三年，李東陽也真是累了。而那個羽翼日漸豐滿的正德皇帝，麵對要他勤政治國、重振朝綱的勸諫，再也聽不進去半個字。曾帶著他花天酒地、玩翻天的劉瑾死了，又有新得勢的太監錢寧等人來到他身邊。狼走了虎來，大明朝依舊在宦官的手上。李東陽再能堅持，終究也是心灰意冷了，他遞上一紙請辭書要求致仕還鄉。朱厚照沒有再做任何挽留。
一騎瘦馬，一身布衣，曾經功績赫赫為大明皇帝治理天下立下汗馬功勞的一代名臣，就那麼黯然離京了。他走時，沒有任何人去送。有很多人是不願意去送，人走茶涼，世間從來不乏這樣的薄涼之人。有人去送，撲了空，譬如剛從廬陵風塵仆仆趕回來的王陽明，他趕到李府時，隻有一位神情落寞的老奴迎接他：“李大人走了，走了……”
王陽明原本積了多少話，想同這位前輩說的。救命之恩他還沒來得及感謝，他在龍場所悟得的格物功夫，他在貴陽給諸生講的“知行合一”，他在廬陵縣的種種施政方針……他都想與這位老先生交流探討，卻是再也沒有機會了。
王陽明感覺到一種前所未有的孤獨……
王陽明到達京城不久，就有兩個人來敲開了大興隆寺的大門。是後軍都府都事黃宗賢，在朋友儲柴墟的引薦下，特意前來拜訪王陽明。
黃宗賢，名綰，字宗賢，自號石龍，曾任禮部尚書兼翰林學士，浙江黃岩人，後作《陽明先生行狀》，也是王陽明極為得意的弟子之一。黃宗賢比王陽明小八歲，也算得彼時京城名士，他也是湛甘泉的朋友，二人常常在一起討論學問。從湛甘泉那裏，黃宗賢得知王陽明是一位修習“真學問”的真正學者，早已對他充滿仰慕之心。
那是王陽明與黃宗賢的第一次會麵。但似乎那場見麵從一開始就極融洽。麵對來訪者，王陽明顯然有些吃驚，他忍不住問：“此學久絕，子何所聞？”“雖粗有誌，實未用功。”黃宗賢老老實實回答。聽黃宗賢的語氣，王陽明越發喜歡起來，他預感到這位黃宗賢是可以與他一起探討學問的人：“人惟患無誌，不患無功。明日引見甘泉，訂與終日共學。”
王陽明曾數次跟人講起立誌的重要性，但他所言的“立誌”與黃宗賢及平常人所言的“立誌”肯定不同。王陽明的“立誌”基於“心即理”的立場，他認為所有的事物都可以歸於心，隻要相信“心”的力量，自然就會朝著目標努力，也就會自然取得成果。當年在龍場講學，在他製定的龍岡書院教條中，頭一條就講立誌。在他看來，人生最可怕的就是沒有誌向，有了誌向，就不怕沒有成就。
與黃宗賢初次見麵，彼此都給對方留下了極好的印象。第二天，王陽明又派人去把湛甘泉請了來，三人遂結成了一個修習同盟，日日相聚一起，討論學問，或者舉杯共飲。三年多以前，王陽明與湛甘泉在京城講學講得正好，卻突遭變故被下詔獄，又被貶往貴州龍場，講學活動因此被中斷。幾年來，王陽明無時不在思念著這位誌趣相投的好友。此番回到京城，二人終於再得相聚。經曆了太多世事滄桑，兩人無論在思想還是學問上都大有進步。王陽明跟黃、湛二人講起他在龍場悟得的“心即理”的格物功夫，還有他在貴陽書院向諸生宣講的“知行合一”思想，聽得黃、湛二人讚賞不已，又驚歎不已。
人說士別三日當刮目相看。幾年前與王陽明一起在京師講學時，湛甘泉就已悟到了“體認天理”，那時王陽明還隻是在執著於前輩聖人格物窮理的功夫，想不到龍場歸來，他就帶回來這“知行合一”說。細思量，這“知行合一”其實也是體認天理之道，隻是他湛甘泉為何就沒有悟到呢？想到幾年前他就曾和王陽明一起京城講學，而今他也收了些弟子，何不讓王陽明再加入起來，他們三人一起共同講學、倡導聖學呢？
那日，談到興濃處，湛甘泉不由得就把這種想法告訴給王陽明。王陽明聽湛甘泉提出這樣的要求，心裏自是歡喜。講學布道，一直是王陽明最喜歡做的事。可一轉念，那層喜氣又退去了。他已接到朝廷任命，不日就將起程離開京城到南京赴任了。
“如果先生想留在京城與湛先生一起講學倒也不難，有一個人可以幫忙。”黃宗賢見陽明先生麵露遺憾，就在旁邊提醒了一句，“如今劉瑾倒台，京城內大清閹黨餘孽，有大批官位空缺。新任戶部尚書楊一清與在下有一麵之緣，要不在下去找他問問？”
楊一清（1454—1530），字應寧，號邃庵，別號石淙，南直隸鎮江府丹徒（屬江蘇）人，祖籍雲南安寧。對這位年少時代就被稱為“神童”的當朝名臣，王陽明並不陌生。他曾任陝西按察副使兼督學，在陝西任職八年，政績不凡。弘治十五年，因劉大夏舉薦，楊一清升任都察院左副都禦史，擔任陝西巡撫，負責督理陝西馬政。在此期間，他平定邊疆進犯、彈劾貪庸總兵，並裁減鎮守中官費用，嚴明軍紀，是一位極有政治才華的朝臣。正德皇帝即位後，蒙古軍進犯，楊一清率輕騎兵自平涼晝夜行軍，擊退了蒙古軍的進犯。後來，楊一清因不肯與劉瑾同流合汙，劉瑾便誣陷他冒領浪費邊疆費用，把他打入詔獄，若不是李東陽等人從中斡旋營救，楊一清也許早已死在大獄之中。後安化城朱寘鐇起兵造反，楊一清被朝廷任命為總製軍務，與總兵官神英、督軍張永，一起領兵平叛，楊一清借此次平叛機會與張永一起計除劉瑾，滅了大明朝一大禍害。這個人的英雄事跡早已讓王陽明敬佩不已。
王陽明原本不願意借他人之力為自己謀私利的，但想著留在京城可以與黃、湛等人一起講學，也就答應下來。黃宗賢回頭就到了楊一清府上。沒用多說，事情就辦成了。王陽明的大名與傲骨，楊一清也是了解的，他們也算得是同道中人。
正德六年（1511年）正月，王陽明被提拔為吏部驗封清吏司主事，負責官吏封爵和誥敕草擬等工作。這樣，他就繼續留在京城，開始了與湛甘泉等人在京城的講學生涯。