第二次鴉片戰爭
1856年，太平天國起義達到高潮的同時，英法兩國在俄國和美國的支持下再一次對中國發動了侵略戰爭，即第二次鴉片戰爭。
1856年10月，廣東水師在黃埔停泊的中國船“亞羅”號上逮捕了12名海盜，英國以此為事由，稱這是一條英國船，懸掛了英國國旗，並且國旗還遭到了中國士兵的侮辱。10月，英國艦隊進犯廣州，當地人民和清軍奮起反抗，擊退英軍。
同時，法國也借口天主教神甫馬賴在廣西被殺而率軍來華。美國和俄國則對英法兩國表示支持，四國結成了侵略中國的聯合戰線。
1857年，英法兩軍向兩廣總督葉名琛發出通牒，令其讓出廣州城，葉名琛執行清朝廷的息兵方針，不事戰守，後被俘虜，英法軍進駐廣州。當地人民在佛山鎮成立了團練局，集合數萬人武裝攻城，香港以及澳門等地的人民也開展了抗英鬥爭來支援廣州。
在侵占廣州之後，英軍隻有小部分留守，其主力軍乘軍艦繼續北上，於1858年4月到達大沽口外。5月，英法聯軍炮轟大沽炮台，並進逼天津城下，揚言要進攻北京。清朝廷畏懼侵略者武力，隨即派出大學士桂良和吏部尚書花沙納為欽差大臣前去求和。後桂良和花沙納分別與英法兩國訂立了《天津條約》，後又在英法兩國脅迫下訂立了《通商章程善後條約》。在此之前，俄國和美國也早已分別迫使清朝廷和其訂立了《天津條約》，從中獲得許多特權。
《天津條約》的簽訂並未讓英法侵略者感到滿足，1859年，英法兩國公使借口到北京與清朝廷交換條約的批準書而分別率軍艦到達大沽海口，並突襲大沽口炮台，清軍被迫進行還擊，擊退侵略者。
1860年，英法兩國再次率領艦隊前往中國，發動了侵略戰爭。俄國和美國公使也都隨即先後趕到，以“調停人”的身份配合英法聯軍進行侵略。8月，英法聯軍在北塘登陸，隨即攻占了塘沽和大沽等地，並進一步占領了天津。鹹豐皇帝帶領一批官員逃往熱河，恭親王奕留守北京負責與侵略軍議和。10月，英法聯軍侵占安定門，控製了北京城，一路燒殺搶掠，並占領了清朝廷經營了150餘年的圓明園，將其洗劫一空之後，放火進行焚燒，將號稱“萬園之園”的圓明園化成了斷壁殘垣。
清朝廷在侵略者的武力逼迫下再次屈服，奕再次簽訂了喪權辱國的不平等條約《北京條約》。中國領土遭到了進一步的掠奪，主權的喪失進一步加深了中國半殖民地化的程度。
第二次鴉片戰爭以後，清朝廷與西方資本主義列強的外交關係已經不可避免，1861年，清朝廷正式設立了總理各國事務的總理衙門，由恭親王奕、大學士桂良和戶部左侍郎文祥擔任大臣，總攬所有洋務事宜。
1861年8月，鹹豐帝在熱河病死，其子載淳繼位，怡親王載垣、鄭親王端華、戶部尚書肅順等八人為“讚襄政務王大臣”，總攝朝政。載淳的生母被尊為慈禧皇太後，而鹹豐帝皇後則被尊為慈安皇太後。
11月，兩位皇太後攜載淳回北京，並開始逐步解除攝政大臣們的職務，拉攏握有兵權的大臣。隨後，慈禧太後等人捕殺了載垣、端華和肅順，將其餘五大臣革職治罪，並將載垣等人所擬定的皇帝年號“祺祥”改為“同治”，慈禧太後奪取了實際上的最高統治權，被稱為“辛酉政變”，也稱“祺祥政變”或“北京政變”。
慈禧太後等人為鞏固其統治地位，開始重用曾國藩集團。曾國藩集團逐漸得以發展成為地主階級當權派中最大的實力派，並於1864年攻陷天京。
隨著太平天國的失敗，清朝廷政局的穩定，慈禧太後的統治地位也日益鞏固。1865年，慈禧太後以“目無君上”和“暗使離間”等罪名將奕革職查辦，後在眾大臣的請求下恢複了奕的職務，但取消了議政王的稱號。從此，慈禧太後獨攬大權。
太平天國的後期鬥爭
在太平天國定都天京之後，一部分領導人滋長了享樂腐化的傾向，繼而開始了對權位名利和奢華生活的追求。太平軍在進入南京之後，就立即大興土木對都城進行擴建，而領導人之間的關係也因爭權奪利而日漸疏遠。
隨著戰爭形勢的發展，太平軍的隊伍中成分也日益複雜，除了農民以外，還混入了不少的地主、士紳、商人等，甚至暗藏了一些敵對分子以及投機分子。
1856年，太平天國在軍事上達到全盛的時候，領導集團內部卻發生了公然的分裂。太平天國的領導人之一楊秀清開始居功自傲，逼迫洪秀全封其位“萬歲”，洪秀全隨即密詔韋昌輝和石達開返回天京。韋昌輝一直對楊秀清不滿，在接到密令後立即率領心腹部隊趕到天京，將楊秀清及其眷屬全數殺害，天京城內發生混戰，後韋昌輝控製了天京，獨攬軍政大權。
8月中旬，石達開回到天京後譴責韋昌輝的行為，韋昌輝因此企圖殺害石達開，後石達開聞訊而逃，並在安慶起兵討伐韋昌輝。韋昌輝在天京的屠殺和暴橫早已激起廣大將士的不滿，洪秀全在將士們的要求下殺死了韋昌輝，結束了韋昌輝對天京的統治。