麵對新時期新形勢的新要求，麵對大學生的思想實際，我國高等院校中思想政治教育工作仍然存在一些薄弱環節，針對性不強、實效性不夠是存在的主要問題。一是在教育思想上，樹立“以人為本”的思想不牢。在當前我們的日常思想政治教育工作中，往往管理多服務少，說教多引導少，重理論灌輸輕實踐鍛煉，造成教育者和受教育者主客體錯位，教育內容和培養目標脫節，不能有效地保證學生的教育主體地位和激發學生內在深層的自我發展、自我成長的願望。二是在教育內容上，不能適應大學生成長成才的需要。當前我國高等院校的思想政治教育工作，從教育內容上看，存在著與學生成長實際脫節的現象。主要表現兩個方麵：其一是高校“兩課”教學往往雷同於一般的課程教學，僅僅注重單純的理論知識的傳授，不能有效地回答和解決大學生成長成才過程中遇到的現實問題，進而幫助和引導大學生樹立正確的世界觀、人生觀和價值觀。其二是思想政治教育工作內容單一。大學生的學習、成長成才過程是一個動態發展過程，有著自身的成長規律，特別是當前大學生在學習、生活、就業等方麵麵臨著巨大的壓力，亟須得到有效的指導、幫助、谘詢和心理疏導，而我們的思想政治教育難以為大學生的健康成長、茁壯成才提供科學的指導和服務。由於教育內容與大學生成長實際脫節，不能適應大學生成長成才的需要，必然造成思想政治教育工作的乏力。三是在教育方法上，沒有完全貼近大學生的思想實際。其主要表現為傳統的灌輸式說教多而引導、互動、參與少，思想政治教育載體創新不夠。如大學生中普遍盛行上網絡，而我們網上的思想政治教育工作還是一個薄弱環節。四是在教育環境上，沒有形成“全員育人”的氛圍。大學生的思想政治教育工作是一個係統工程，不能脫離整個教育而獨立存在，高校思想政治教育更要以大學生專業教育為載體，高校大學生思想政治教育工作不僅需要有自己的專門隊伍，更需要全體教師共同參與，全員負責，把思想政治教育融於學校教育的各個環節。目前我國高校思想政治教育工作存在一個誤區，就是認為思想政治教育是一種獨立的教育，可以脫離其他教學環節而獨立存在，把思想政治教育與大學生的業務學習、科學研究、學術探討、專業實踐以及大學生的日常管理割裂開來，造成專業教師和管理人員認識上的偏差，認為思想政治教育不是他們的教育和工作領域，他們沒有責任，導致高等院校專業教師和管理人員在大學生思想政治教育工作中作用的局限和萎縮。
三、新時期大學生思想政治教育工作麵臨的挑戰
（一）在多樣化的社會環境下培育共同的理想和信念
經濟全球化的發展和改革開放的深入，使得整個社會經濟成分、經濟利益、社會組織形式、社會生活方式、就業崗位、就業形勢出現多樣化的發展趨勢，使得社會生活麵貌呈現出全新的姿態，反映到思想領域，使得人們思想活動的獨立性、選擇性、片麵性、多元性、差異性明顯增強。社會成員尤其是大學生的思想認識、價值觀念、思維方式也必然呈現多樣化、多變化。多樣化、多變化對於社會發展和人才的培養來講，既有有利的一麵，也有不利的一麵，既有向積極健康方向變化的可能，也有向消極頹廢方向變化的可能，關鍵在於怎樣引導，怎樣教育。在這種多樣化、多變性的社會環境下如何培育社會成員特別是大學生的共同社會理想和信念，引導他們的價值觀念和思維方式向積極健康的方向發展，防止良知的麻木和精神的失落，這是新時期高校思想政治教育工作麵臨的一個挑戰。
（二）在追求科技知識的濃烈氛圍中加強思想道德意識和民族精神建設
知識經濟的發展強化了全社會“尊重知識、尊重人才”的意識，極大地激勵了全社會尤其是當代大學生努力學習科技知識的積極性。但知識經濟的發展，也產生了一些前所未有的新現象、新問題。知識經濟發展在強化科技意識的同時，弱化了以人為本的理念；對知識經濟的不懈追求，掩蓋了對理想和道德建設的重視；經濟全球化的發展和人們對科學的崇拜，淡漠了民族精神的培育。如何在知識經濟迅猛發展的濃烈氛圍中推動人們尤其是當代大學生自覺加強自身思想道德建設，如何在全球化的浪潮中培育人們的民族精神，成為新時期高等學校思想政治教育工作麵臨的第二個挑戰。
（三）在國際共產主義運動低潮時期堅定人們特別是當代大學生社會主義、共產主義理想信念